174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4747 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  100 
 
 		 323 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  66.67 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  58.77 
 
 		 345 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  61.38 
 
 		 321 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  64.86 
 
 		 336 aa  357  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  61.61 
 
 		 345 aa  346  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  56.94 
 
 		 348 aa  337  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  44.33 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  37.28 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  37.62 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  41.97 
 
 		 395 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  39.3 
 
 		 386 aa  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  34.18 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  33.7 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  36.11 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  36.42 
 
 		 339 aa  159  8e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  32.12 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  30.94 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  31.09 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.06 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  31.68 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  38.64 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  35.12 
 
 		 505 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  32.84 
 
 		 488 aa  95.1  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  32.84 
 
 		 488 aa  95.1  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  33.87 
 
 		 279 aa  92.8  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  27.78 
 
 		 291 aa  90.9  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  32.41 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  35.45 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  42.53 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  35.78 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  35.16 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  36.56 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  34.51 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  33.02 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  36.45 
 
 		 258 aa  65.5  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  29.52 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  29.55 
 
 		 335 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  27.64 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  31.78 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  27.62 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  33.33 
 
 		 322 aa  59.3  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  27.27 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  38.18 
 
 		 281 aa  59.3  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  27.78 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  31.21 
 
 		 243 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  30.84 
 
 		 269 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  26.79 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  29.89 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  29.82 
 
 		 325 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  28.69 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  30.77 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  26.77 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  26.79 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  26.77 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  30.53 
 
 		 263 aa  57  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  32.46 
 
 		 322 aa  57  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  29.86 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 250 aa  57  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 		 271 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  31.2 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0078  hypothetical protein  29.84 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  28 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  32.58 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  27.48 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  27.48 
 
 		 272 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  28.21 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  33 
 
 		 254 aa  55.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  29.41 
 
 		 304 aa  55.8  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  27.62 
 
 		 248 aa  55.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  27.03 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  26.79 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3402  Tol-Pal system YbgF  32.26 
 
 		 291 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.517203  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  26.89 
 
 		 278 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  30.4 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  28.97 
 
 		 350 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  31.31 
 
 		 188 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  31.25 
 
 		 254 aa  53.5  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  32.14 
 
 		 262 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  33.01 
 
 		 272 aa  53.5  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 287 aa  53.1  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  31.71 
 
 		 264 aa  53.1  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  27.2 
 
 		 279 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  29.03 
 
 		 271 aa  52.8  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>