227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0201 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
275 aa  559  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  57.09 
 
 
271 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  59.25 
 
 
278 aa  312  3.9999999999999997e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  53.5 
 
 
283 aa  310  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  53.15 
 
 
283 aa  305  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  52.22 
 
 
271 aa  254  8e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  43.82 
 
 
272 aa  229  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  30.47 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  44.54 
 
 
263 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  28.67 
 
 
275 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 
264 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 
287 aa  102  7e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  27.94 
 
 
292 aa  102  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  26.74 
 
 
267 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  29.39 
 
 
258 aa  95.9  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  29.02 
 
 
255 aa  94.7  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  38.05 
 
 
257 aa  92  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  37.7 
 
 
343 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  27.68 
 
 
301 aa  90.5  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  27.41 
 
 
262 aa  87.8  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  25.09 
 
 
271 aa  87.4  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  36.07 
 
 
261 aa  87  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  36.21 
 
 
285 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  24.73 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  37.07 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  39 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  33.58 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  28.04 
 
 
253 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  28.51 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  31.93 
 
 
312 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  31.36 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 
257 aa  79  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  23.17 
 
 
318 aa  79  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  23.27 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  32.2 
 
 
265 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  34.96 
 
 
285 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
377 aa  77.8  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  28.97 
 
 
263 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  39.56 
 
 
222 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  31.54 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
269 aa  76.6  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  23.53 
 
 
293 aa  76.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  36.84 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
350 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  24.62 
 
 
253 aa  75.9  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.3 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  36.84 
 
 
322 aa  75.9  0.0000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  33.67 
 
 
269 aa  75.5  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
262 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  28.81 
 
 
272 aa  75.5  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  36.73 
 
 
262 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  37.1 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
487 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  34.69 
 
 
272 aa  73.9  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  33.67 
 
 
264 aa  73.2  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  34.45 
 
 
279 aa  72.4  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  27.41 
 
 
243 aa  72.4  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  31.09 
 
 
321 aa  72  0.000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  31.09 
 
 
333 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  34.19 
 
 
269 aa  71.2  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 
294 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  31.67 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  25.81 
 
 
249 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.36 
 
 
274 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  35.79 
 
 
258 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  34.74 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  26.17 
 
 
261 aa  70.1  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  35.79 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.36 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  26.42 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  26.27 
 
 
284 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  32.2 
 
 
272 aa  68.9  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 
272 aa  68.9  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 
270 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  32.38 
 
 
265 aa  68.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 
265 aa  68.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  29.17 
 
 
488 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  24.06 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  24.6 
 
 
261 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
252 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  31.36 
 
 
273 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  22.92 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  29.17 
 
 
488 aa  67.4  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>