188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3508 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 336 aa  679    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  80.52 
 
 		 305 aa  488  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  65.24 
 
 		 321 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  62.18 
 
 		 345 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  63.96 
 
 		 323 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  59.6 
 
 		 345 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  58.53 
 
 		 348 aa  345  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  43 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  37.43 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  37.98 
 
 		 386 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  36.52 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  36.15 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  35.8 
 
 		 329 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  37.42 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  38.75 
 
 		 395 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  35.67 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  34.98 
 
 		 328 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  50 
 
 		 313 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  29.61 
 
 		 333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.33 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  38.64 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  28.94 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  30.65 
 
 		 505 aa  92.8  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  30.6 
 
 		 488 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  34.15 
 
 		 279 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  30.6 
 
 		 488 aa  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  27.87 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  45.98 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  35.45 
 
 		 283 aa  72.8  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.3 
 
 		 239 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  31.03 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  35.94 
 
 		 293 aa  69.7  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  36.78 
 
 		 487 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  34.51 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  27.81 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  35.09 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  31.73 
 
 		 325 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  30.83 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 255 aa  62.8  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  31.15 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  33.33 
 
 		 285 aa  62.4  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  34.21 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.45 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.45 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  34.82 
 
 		 258 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  29.25 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  32.95 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000582291  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  32.95 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000167584  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  32.95 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  26.63 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  30.07 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  30.07 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  29.25 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  29 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  30.56 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  30.56 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  26.9 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  29.25 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  31.91 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  29.25 
 
 		 271 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  29.55 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  31.82 
 
 		 250 aa  59.3  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  31.09 
 
 		 272 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  35 
 
 		 254 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  29.55 
 
 		 263 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  27.81 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  32.26 
 
 		 318 aa  58.9  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  29.55 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  29.5 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  38.36 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  29.25 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  27.14 
 
 		 271 aa  58.2  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  29.53 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  29.41 
 
 		 188 aa  58.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  31.82 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  31.82 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  31.82 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  31.82 
 
 		 249 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3402  Tol-Pal system YbgF  34.41 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.517203  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  27.61 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  30.53 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  32.52 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  31 
 
 		 254 aa  57  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  29.25 
 
 		 248 aa  57  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 287 aa  57  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  29.41 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>