177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4842 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  98.53 
 
 		 341 aa  672    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 341 aa  680    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  90.21 
 
 		 339 aa  552  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  62.68 
 
 		 304 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  60.65 
 
 		 329 aa  352  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  59.66 
 
 		 313 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  42.98 
 
 		 386 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  40.65 
 
 		 395 aa  198  9e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  40 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  36.09 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6876  hypothetical protein  35.61 
 
 		 348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.617207  normal  0.0553562 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  34.22 
 
 		 345 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  35.96 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  37.38 
 
 		 336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  34.03 
 
 		 345 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  38.7 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  31.96 
 
 		 333 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  31.19 
 
 		 334 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  31.96 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  31.99 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  32.39 
 
 		 345 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  37.5 
 
 		 301 aa  96.7  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  26.36 
 
 		 505 aa  92  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  24.01 
 
 		 488 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  35.54 
 
 		 488 aa  87.4  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  32.54 
 
 		 269 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  31.68 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  31.48 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  32.46 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  31.06 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  32.54 
 
 		 272 aa  79  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  34.21 
 
 		 279 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  33.58 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  34.38 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  34.51 
 
 		 262 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  32.48 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  30.7 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  34.23 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  33.94 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  33.94 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.35 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  34.38 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  33.64 
 
 		 258 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  31.16 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  32.84 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  34.92 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  32.41 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  33.65 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  31.45 
 
 		 243 aa  63.5  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 257 aa  62.4  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.13 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  29.91 
 
 		 255 aa  62.4  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  35.19 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  28.33 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.13 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  28.3 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  30.28 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  36.19 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 		 274 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  28.45 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  28.3 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  31.71 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  25.47 
 
 		 268 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  33.03 
 
 		 241 aa  58.5  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  31.58 
 
 		 265 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  30.4 
 
 		 283 aa  58.9  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.63 
 
 		 236 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 		 270 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  29.2 
 
 		 268 aa  59.3  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  25.47 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  27.14 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  29.81 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 		 265 aa  58.5  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  29.92 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  25.47 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  32.71 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  31.37 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  30.58 
 
 		 272 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  25.47 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0890  hypothetical protein  28.47 
 
 		 281 aa  57  0.0000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.679116  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  28.85 
 
 		 283 aa  56.6  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  31.78 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>