235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0023 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  65.07 
 
 		 271 aa  362  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  59.25 
 
 		 275 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000441439  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  49.83 
 
 		 283 aa  282  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  48.79 
 
 		 283 aa  276  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  46.95 
 
 		 271 aa  250  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  45.11 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  33.98 
 
 		 266 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  31.48 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  27.74 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  47.9 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  28.62 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  28.37 
 
 		 258 aa  105  8e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0750  tol-pal system protein YbgF  32.18 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000117019  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0862  membrane lipoprotein lipid attachment site  31.43 
 
 		 256 aa  102  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.349098  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2158  tol-pal system protein YbgF  28.31 
 
 		 262 aa  99.4  6e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.198251  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  29.96 
 
 		 239 aa  95.5  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0617  hypothetical protein  25.58 
 
 		 267 aa  95.1  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.144875  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  28.21 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 312 aa  92.8  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  40 
 
 		 325 aa  92.4  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  25.37 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  37.29 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  33.89 
 
 		 232 aa  89.4  6e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  35.38 
 
 		 285 aa  89  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  30.62 
 
 		 243 aa  87.8  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  34.25 
 
 		 377 aa  87.8  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  35.25 
 
 		 343 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  34.13 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  28.31 
 
 		 265 aa  86.3  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  31.65 
 
 		 335 aa  85.9  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  35.38 
 
 		 285 aa  85.5  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  26.54 
 
 		 318 aa  85.5  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  36.04 
 
 		 222 aa  85.1  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  29.67 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  36.44 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  34.15 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  36.13 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0016  hypothetical protein  26.09 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  25.27 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  26.91 
 
 		 253 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  35.16 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  26.05 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  28.25 
 
 		 261 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  28.25 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  32 
 
 		 253 aa  79.3  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  33.33 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  32.77 
 
 		 333 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  28.37 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  33.67 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.11 
 
 		 236 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  32.48 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  32.48 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  33.9 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  31.36 
 
 		 271 aa  75.9  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3402  Tol-Pal system YbgF  29.64 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.517203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  35.24 
 
 		 265 aa  74.7  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  31.36 
 
 		 271 aa  75.5  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  27.48 
 
 		 252 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  27.63 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  30.71 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  24.24 
 
 		 262 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  31.36 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  24.3 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  25.81 
 
 		 229 aa  73.2  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  32.03 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  30.46 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 		 269 aa  72  0.000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  36.27 
 
 		 266 aa  72.4  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  36.44 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  36.44 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  24.35 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  32.08 
 
 		 322 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  29.17 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  28.07 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  33.9 
 
 		 487 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.43 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.38 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  31.87 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  29.58 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  32.32 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  30.43 
 
 		 345 aa  68.9  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  35.29 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  32.35 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  32.35 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  28.68 
 
 		 274 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  32.35 
 
 		 263 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>