184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2625 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2625  Tol-Pal system YbgF  100 
 
 		 345 aa  701    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.610072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3493  tol-pal system protein YbgF  53.44 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.250731  normal  0.0902147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3198  tol-pal system protein YbgF  54.82 
 
 		 329 aa  318  9e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3624  tol-pal system protein YbgF  49.16 
 
 		 333 aa  303  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3169  tetratricopeptide TPR_2  42.63 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1221  Tol-Pal system YbgF  36.1 
 
 		 505 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1693  hypothetical protein  37.88 
 
 		 488 aa  165  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1637  TPR repeat-containing molluscan rhodopsin  37.88 
 
 		 488 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5489  tol-pal system protein YbgF  32.88 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39153  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4143  hypothetical protein  30.31 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1315  tol-pal system protein YbgF  30.72 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  30.79 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4333  tol-pal system protein YbgF  28.4 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.105755 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  31.31 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2713  TPR repeat-containing protein  32.05 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0957329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  30.03 
 
 		 395 aa  123  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4842  tol-pal system protein YbgF  29.43 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.29028  normal  0.989146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5388  tol-pal system protein YbgF  29.01 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.986897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5310  tol-pal system protein YbgF  29.43 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3508  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  40.8 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0281  tol-pal system protein YbgF  37.88 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.433103  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  38.58 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  38.21 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  43.65 
 
 		 283 aa  97.8  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0778  tol-pal system protein YbgF  35.54 
 
 		 386 aa  90.9  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0520444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  24.74 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  31.91 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  34.55 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  32.17 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  33.33 
 
 		 281 aa  72.4  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  28.03 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  31.71 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  36.94 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  36.94 
 
 		 274 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  36.94 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  29.27 
 
 		 487 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  30.43 
 
 		 278 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 258 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 		 343 aa  68.2  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  32.43 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  30.37 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  34.23 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  33.33 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  30.1 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  32.2 
 
 		 272 aa  65.5  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000143705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.36 
 
 		 269 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  32.06 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  32.86 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0590  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  30.43 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  29.37 
 
 		 270 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  30.93 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  29.66 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.03 
 
 		 274 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  31.75 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3115  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.479676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  26.19 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  27.45 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0388  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 325 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0022084  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  30.09 
 
 		 350 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  30.12 
 
 		 263 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  30.66 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  29.86 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  30.77 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  30.37 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1209  hypothetical protein  28.8 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  31.82 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  30.77 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  29.06 
 
 		 304 aa  57.8  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  28.33 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  28.33 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  28.33 
 
 		 269 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  28.83 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  28.83 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  27.59 
 
 		 268 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  28.83 
 
 		 253 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  28.04 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  31.37 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3402  Tol-Pal system YbgF  27.13 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.517203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  26.06 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>