200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0686 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 		 261 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  98.85 
 
 		 261 aa  531  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  88.51 
 
 		 274 aa  475  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  74.29 
 
 		 252 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  73.06 
 
 		 252 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  66.12 
 
 		 284 aa  350  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  56.6 
 
 		 249 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  54.94 
 
 		 249 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  54.08 
 
 		 252 aa  255  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  55.56 
 
 		 249 aa  254  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  55.11 
 
 		 234 aa  251  7e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  55.11 
 
 		 249 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  53.74 
 
 		 249 aa  248  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  53.74 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  53.74 
 
 		 249 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  53.74 
 
 		 249 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  53.74 
 
 		 249 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  53.74 
 
 		 249 aa  245  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  52.24 
 
 		 249 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  43.62 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  42.51 
 
 		 253 aa  202  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  43.15 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  42 
 
 		 260 aa  195  6e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  43.91 
 
 		 259 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  42.8 
 
 		 253 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  44.21 
 
 		 261 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  42.86 
 
 		 268 aa  188  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  44.21 
 
 		 261 aa  188  9e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  42.31 
 
 		 265 aa  186  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  42.62 
 
 		 249 aa  184  9e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  40 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  42.46 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  37.55 
 
 		 265 aa  141  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1942  tol-pal system protein YbgF  33.2 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  31.13 
 
 		 274 aa  125  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  30.57 
 
 		 265 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  31.82 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  31.36 
 
 		 271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  30.4 
 
 		 285 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  30.84 
 
 		 268 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  30.3 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  34.67 
 
 		 273 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  38.14 
 
 		 304 aa  101  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  30.04 
 
 		 265 aa  99.4  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  28.8 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  30.58 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  31 
 
 		 272 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  32.83 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  31 
 
 		 248 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  32.32 
 
 		 268 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  29.72 
 
 		 279 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  31.31 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  32.52 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.55 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  27.64 
 
 		 276 aa  86.7  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  29.56 
 
 		 271 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  28.38 
 
 		 278 aa  86.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  38.02 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  28.5 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000166415  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  41.84 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  35.25 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  38.78 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  26.5 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  31.38 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  30.15 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  37.76 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  25.63 
 
 		 322 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  37.76 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  33.88 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  37.76 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  35.59 
 
 		 266 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  33.88 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  37.76 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  37.76 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  33.88 
 
 		 269 aa  77.4  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  25.11 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  25.96 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  28.33 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  24.24 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  25.58 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  25.7 
 
 		 232 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  23.05 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  23.96 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  23.96 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  33.91 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  32.8 
 
 		 263 aa  72  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  24.45 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000523116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>