115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5085 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5085  hydratase/decarboxylase family protein  100 
 
 		 246 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5380  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  34.78 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.506501  normal  0.128473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0110  2-oxopent-4-enoate hydratase  34.87 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00322536  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4042  hydratase/decarboxylase family protein  28.64 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1322  hydratase/decarboxylase family protein  35.19 
 
 		 254 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.831556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3930  hydratase/decarboxylase  35.27 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0554783  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.16 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6932  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  33.18 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.228017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3024  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  31.06 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.332921 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.21 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.8 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3602  hydratase/decarboxylase family protein  27.03 
 
 		 271 aa  58.5  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1911  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  28.87 
 
 		 256 aa  58.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123637 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2148  putative hydratase/decarboxylase  31.53 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3428  hydratase/decarboxylase family protein  27.03 
 
 		 280 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0524  hydratase/decarboxylase family protein  27.03 
 
 		 280 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0572  hydratase/decarboxylase family protein  27.31 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5795  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  34.17 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5798  hydratase/decarboxylase family protein  30.18 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000214426  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.39 
 
 		 288 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0623  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.05 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.4 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0633  hydratase/decarboxylase family protein  28.05 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1767  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  27.78 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0577  hydratase/decarboxylase family protein  27.31 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5715  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.7 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.480508 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0548  hydratase/decarboxylase family protein  27.31 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0042  hydratase/decarboxylase family protein  32.44 
 
 		 366 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1441  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  32.23 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6387  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.23 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3762  hydratase/decarboxylase family protein  27.78 
 
 		 267 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1543  hydratase/decarboxylase family protein  32.44 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.112303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.65 
 
 		 280 aa  54.3  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7051  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.23 
 
 		 253 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1231  putative hydratase/decarboxylase  26.83 
 
 		 253 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.2162  normal  0.357566 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  30.19 
 
 		 260 aa  53.5  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2159  hydratase/decarboxylase  29.75 
 
 		 261 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.65 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3153  hydratase/decarboxylase  30.25 
 
 		 261 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1455  hydratase/decarboxylase family protein  32 
 
 		 254 aa  52.4  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.44965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2652  hydratase/decarboxylase  29.75 
 
 		 261 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4745  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.36 
 
 		 270 aa  52.4  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2133  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase  31.68 
 
 		 261 aa  52  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.64 
 
 		 261 aa  51.2  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01662  putative hydratase protein  36.76 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.103932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5499  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.97 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0911  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.25 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.625128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  30.19 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.19 
 
 		 260 aa  50.1  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.72 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.72 
 
 		 261 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.13 
 
 		 260 aa  50.1  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6468  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  30.92 
 
 		 253 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391434 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0061  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  23.32 
 
 		 259 aa  49.7  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.394693  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.94 
 
 		 261 aa  49.7  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  34.46 
 
 		 261 aa  49.3  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3044  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  27.54 
 
 		 260 aa  48.9  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3056  hydratase/decarboxylase family protein  30.66 
 
 		 271 aa  48.9  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1982  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.81 
 
 		 264 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5145  putative hydratase  32.21 
 
 		 257 aa  48.5  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0494321  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  33.83 
 
 		 261 aa  48.5  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.57 
 
 		 260 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.72 
 
 		 261 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.57 
 
 		 260 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0561  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  34.45 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.08 
 
 		 260 aa  47.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.85 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.48 
 
 		 261 aa  46.6  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1477  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.63 
 
 		 264 aa  47  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00304  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.503312  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.39 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.75 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.75 
 
 		 274 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5236  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.03 
 
 		 261 aa  46.6  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  31.39 
 
 		 269 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1621  2-oxopent-4-enoate hydratase  27.24 
 
 		 264 aa  46.2  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.79 
 
 		 263 aa  46.2  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3854  hydratase/decarboxylase  32.35 
 
 		 264 aa  46.2  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.595722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5207  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.58 
 
 		 273 aa  45.8  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0425  2-keto-4-pentenoate hydratase  31.39 
 
 		 269 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2958  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.17 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.351017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3325  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.59 
 
 		 266 aa  45.8  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1520  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.31 
 
 		 261 aa  45.8  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0742  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.31 
 
 		 281 aa  45.8  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1510  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.98 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1149  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.37 
 
 		 269 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.363401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.65 
 
 		 262 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15110  2-keto-4-pentenoate hydratase  34.27 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.473426  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5513  putative hydratase/decarboxylase  29.88 
 
 		 263 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.560438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.57 
 
 		 263 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  28.57 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.77 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9115  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.33 
 
 		 265 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.89 
 
 		 260 aa  43.5  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2003  putative hydratase/decarboxylase  28.5 
 
 		 253 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4209  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.78 
 
 		 264 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>