More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4517 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4517  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
172 aa  341  2.9999999999999997e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.045561  normal  0.882671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3666  MarR family transcriptional regulator  79.47 
 
 
156 aa  217  6e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2885  MarR family transcriptional regulator  77.48 
 
 
156 aa  207  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.311419  normal  0.195919 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3683  transcriptional regulator, MarR family  75.16 
 
 
153 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0815  transcriptional regulator, MarR family  61.33 
 
 
171 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.134488  normal  0.259947 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0418  MarR family regulatory protein  65.73 
 
 
149 aa  176  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0480  MarR family transcriptional regulator  65.73 
 
 
149 aa  176  1e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0928  transcriptional regulator, MarR family  61.49 
 
 
148 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155001  normal  0.455534 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3956  MarR family transcriptional regulator  63.76 
 
 
158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.210234 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4489  MarR family transcriptional regulator  64.03 
 
 
146 aa  171  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.364343 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3564  MarR family transcriptional regulator  63.09 
 
 
155 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.7607  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5112  MarR family transcriptional regulator  64.34 
 
 
155 aa  170  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522104  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1623  MarR family transcriptional regulator  59.86 
 
 
145 aa  169  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0513961  normal  0.0977166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2559  MarR family transcriptional regulator  64.08 
 
 
155 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5298  MarR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
155 aa  169  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3476  MarR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
155 aa  168  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125769  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2731  MarR family transcriptional regulator  61.03 
 
 
148 aa  162  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3484  MarR family transcriptional regulator  62.16 
 
 
150 aa  160  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.643399  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2486  MarR family transcriptional regulator  65.28 
 
 
148 aa  157  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0993114  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  58.7 
 
 
154 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3838  MarR family transcriptional regulator  58.7 
 
 
154 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0968  MarR family transcriptional regulator  62.22 
 
 
145 aa  144  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.798685 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3628  hypothetical protein  56.62 
 
 
149 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0952966  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4116  transcriptional regulator, MarR family  50.41 
 
 
149 aa  122  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3793  regulatory protein MarR  49.59 
 
 
149 aa  121  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.280773  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1112  putative transcription regulator protein  57.14 
 
 
139 aa  117  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169999  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3199  transcriptional regulator, MarR family  47.93 
 
 
149 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1142  MarR family transcriptional regulator  41.48 
 
 
153 aa  97.1  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11067  transcriptional repressor  38.97 
 
 
148 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.314337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0078  MarR family transcriptional regulator  42.74 
 
 
138 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0914  transcriptional regulator, MarR family  37.93 
 
 
156 aa  87  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3544  MarR family transcriptional regulator  37.78 
 
 
165 aa  86.3  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212056  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2003  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
144 aa  86.3  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2789  transcriptional regulator, MarR family  38.46 
 
 
156 aa  86.3  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.591127 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0049  MarR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.68738  normal  0.0302985 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2812  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
137 aa  84  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0746607  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1235  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.236148  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1281  MarR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
134 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4036  MarR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
134 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1683  MarR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.857494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1241  MarR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248752  normal  0.852338 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4105  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 
137 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727609  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3519  MarR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
163 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0211  MarR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
145 aa  77.4  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.739168  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1572  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1519  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.713594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0804  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1760  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0162725  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3155  transcriptional regulator, MarR family  34.88 
 
 
132 aa  73.2  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1827  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
153 aa  72.4  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.331239  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4605  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
142 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3758  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
142 aa  72  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715353  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4972  MarR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
142 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229805  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1651  MarR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
134 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467491 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3765  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
142 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.81029  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47580  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
149 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1346  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
155 aa  70.9  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1595  MarR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.714194  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5489  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
154 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.914161 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3996  transcriptional regulator protein  33.88 
 
 
159 aa  68.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2341  MarR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
154 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3635  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4492  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.257685  normal  0.150503 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4395  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
139 aa  65.5  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5260  MarR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
164 aa  65.1  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000229053 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4415  transcriptional regulator, MarR family  36.7 
 
 
140 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.75195  normal  0.537773 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0735  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  33 
 
 
138 aa  64.7  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2350  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
212 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.196227  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5550  transcriptional regulator, MarR family  36.94 
 
 
175 aa  61.6  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0734  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 
140 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4493  MarR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.118843  normal  0.205359 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2978  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
170 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.575889  normal  0.158224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4414  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 
140 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.552703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4115  MarR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
146 aa  58.9  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1910  MarR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
152 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0578168  normal  0.331204 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3003  transcriptional regulator, MarR family  40.22 
 
 
142 aa  57.8  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1297  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
132 aa  57  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0409  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
153 aa  57  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1068  transcriptional regulator, MarR family  38.71 
 
 
164 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.388349  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0330  MarR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
173 aa  57  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  33.9 
 
 
155 aa  56.6  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  35.96 
 
 
142 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2725  putative transcription regulator protein  37.61 
 
 
157 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.612085  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2919  MarR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
142 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.130906  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1454  MarR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
166 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6446  transcriptional regulator, MarR family  34.82 
 
 
170 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0172  transcriptional regulator, MarR family protein  30.91 
 
 
151 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0290  transcriptional regulator, MarR family protein  30.91 
 
 
151 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2670  regulatory protein MarR  31.78 
 
 
132 aa  55.5  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2466  Transcriptional regulators-like protein  37.37 
 
 
145 aa  55.1  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0564534  normal  0.0878491 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3110  transcriptional regulator, MarR family  38.61 
 
 
142 aa  54.7  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
172 aa  54.7  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  31.97 
 
 
149 aa  54.3  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
171 aa  54.3  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0886  transcriptional regulator, MarR family  32.5 
 
 
179 aa  54.7  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2196  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
146 aa  54.3  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
146 aa  54.3  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3696  transcriptional regulator, MarR family  32.46 
 
 
151 aa  54.3  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5827  MarR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
176 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000586451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>