140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2961 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004310  BR1199  isocitrate dehydrogenase  82.92 
 
 		 404 aa  716    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4413  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  77.72 
 
 		 404 aa  665    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2568  isocitrate dehydrogenase  74.63 
 
 		 406 aa  642    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1294  isocitrate dehydrogenase  77.67 
 
 		 403 aa  676    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.471014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0446  isocitrate dehydrogenase  87.56 
 
 		 404 aa  744    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1559  isocitrate dehydrogenase  87.56 
 
 		 404 aa  745    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2164  isocitrate dehydrogenase  79.9 
 
 		 403 aa  690    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0263756  normal  0.0589058 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0356  isocitrate dehydrogenase  75.43 
 
 		 405 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3732  isocitrate dehydrogenase  77.92 
 
 		 408 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1282  isocitrate dehydrogenase  74.19 
 
 		 407 aa  635    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0393913  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2372  isocitrate dehydrogenase  80.69 
 
 		 404 aa  678    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.661778 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1576  isocitrate dehydrogenase  78.7 
 
 		 407 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00524741 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1737  isocitrate dehydrogenase  78.61 
 
 		 407 aa  677    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1623  isocitrate dehydrogenase  77.92 
 
 		 405 aa  681    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1964  isocitrate dehydrogenase  78.47 
 
 		 404 aa  664    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.431704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1267  isocitrate dehydrogenase  82.43 
 
 		 404 aa  709    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0911  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  74.69 
 
 		 404 aa  638    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1011  isocitrate dehydrogenase  74.57 
 
 		 411 aa  641    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1281  isocitrate dehydrogenase  76.73 
 
 		 404 aa  650    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000588967  normal  0.175146 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2961  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 404 aa  838    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0688602  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0743  isocitrate dehydrogenase  77.23 
 
 		 404 aa  685    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.262028  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3530  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 407 aa  689    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00918215 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0210  isocitrate dehydrogenase  87.81 
 
 		 404 aa  746    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.718507  normal  0.866818 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2099  isocitrate dehydrogenase  88.06 
 
 		 404 aa  748    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.369839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2367  isocitrate dehydrogenase  89.36 
 
 		 404 aa  760    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3039  isocitrate dehydrogenase  89.85 
 
 		 404 aa  765    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1254  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  77.97 
 
 		 404 aa  661    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0908682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5427  isocitrate dehydrogenase  77.48 
 
 		 405 aa  676    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.444249  normal  0.188851 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1161  isocitrate dehydrogenase  83.17 
 
 		 404 aa  718    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0457  isocitrate dehydrogenase  73.95 
 
 		 406 aa  638    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0527606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7976  isocitrate dehydrogenase  76.56 
 
 		 410 aa  649    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1519  isocitrate dehydrogenase  81.68 
 
 		 404 aa  705    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.997525 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3988  isocitrate dehydrogenase  74.26 
 
 		 404 aa  647    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.324969 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1992  isocitrate dehydrogenase  82.43 
 
 		 404 aa  711    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0665  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  76.24 
 
 		 405 aa  646    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0826839  normal  0.106014 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2580  isocitrate dehydrogenase  77.23 
 
 		 407 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0101084  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4569  isocitrate dehydrogenase  80.94 
 
 		 404 aa  695    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119875  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4814  isocitrate dehydrogenase  78.96 
 
 		 404 aa  682    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0820117  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3463  isocitrate dehydrogenase  81.14 
 
 		 404 aa  664    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3141  isocitrate dehydrogenase  81.14 
 
 		 404 aa  662    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120498  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3527  isocitrate dehydrogenase  79.95 
 
 		 404 aa  687    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43028  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1953  isocitrate dehydrogenase  80.89 
 
 		 403 aa  696    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123809  normal  0.403096 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1913  isocitrate dehydrogenase  80.2 
 
 		 404 aa  697    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5765  isocitrate dehydrogenase  81.34 
 
 		 404 aa  694    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.842512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2631  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 404 aa  684    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1133  isocitrate dehydrogenase  79.65 
 
 		 405 aa  684    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.994412 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2545  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 405 aa  681    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3338  isocitrate dehydrogenase  80.89 
 
 		 404 aa  664    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4362  isocitrate dehydrogenase  78.86 
 
 		 407 aa  681    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6478  isocitrate dehydrogenase  74.45 
 
 		 406 aa  629  1e-179  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3960  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  74.07 
 
 		 405 aa  627  1e-179  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.797377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4173  isocitrate dehydrogenase  73.76 
 
 		 404 aa  628  1e-179  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.374158  hitchhiker  0.00222704 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3007  isocitrate dehydrogenase  75.62 
 
 		 405 aa  630  1e-179  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.375346  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3793  isocitrate dehydrogenase  73.27 
 
 		 404 aa  627  1e-178  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0923125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4210  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  73.76 
 
 		 407 aa  624  1e-178  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3730  isocitrate dehydrogenase  72.79 
 
 		 403 aa  619  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377053  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1222  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  73.76 
 
 		 405 aa  618  1e-176  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0593452  normal  0.0592242 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2528  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  73.27 
 
 		 422 aa  618  1e-176  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.000000300783  normal  0.0692405 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05050  isocitrate dehydrogenase  72.84 
 
 		 407 aa  619  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.178369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0685  isocitrate dehydrogenase  73.15 
 
 		 406 aa  617  1e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0388  isocitrate dehydrogenase  71.11 
 
 		 407 aa  611  9.999999999999999e-175  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0565  isocitrate dehydrogenase  70.3 
 
 		 409 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1228  isocitrate dehydrogenase  70.62 
 
 		 410 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0398  isocitrate dehydrogenase  71.36 
 
 		 406 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.287914  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1117  isocitrate dehydrogenase  71.29 
 
 		 404 aa  603  1.0000000000000001e-171  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.448977 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4767  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.76 
 
 		 405 aa  594  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6592  isocitrate dehydrogenase  68.47 
 
 		 410 aa  589  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.685911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13371  isocitrate dehydrogenase  69.48 
 
 		 409 aa  586  1e-166  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.510485 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04090  isocitrate dehydrogenase (NADP+), putative  65.69 
 
 		 449 aa  558  1e-158  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00968554  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02999  Mitochondrial NADP-dependent isocitrate dehydrogenase (EC 1.1.1.42) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96UN7]  64.69 
 
 		 493 aa  549  1e-155  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.626077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72104  Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial precursor (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (NADP(+)-specific ICDH) (IDP) (CtIDP1)  65.67 
 
 		 434 aa  542  1e-153  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0593553 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43870  Isocitrate dehydrogenase [NADP] peroxisomal (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (PS-NADP-IDH) (CtIDP2)  63.3 
 
 		 410 aa  531  1e-149  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.521244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0285  isocitrate dehydrogenase  55.7 
 
 		 402 aa  465  9.999999999999999e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.432651  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3254  isocitrate dehydrogenase  54 
 
 		 402 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0327  isocitrate dehydrogenase  54.73 
 
 		 403 aa  457  1e-127  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2878  isocitrate dehydrogenase  52.76 
 
 		 400 aa  448  1e-125  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.367797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1523  isocitrate dehydrogenase  53.25 
 
 		 403 aa  444  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.030562  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2576  isocitrate dehydrogenase  53.58 
 
 		 402 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.050087  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06080  isocitrate dehydrogenase  52.76 
 
 		 397 aa  436  1e-121  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.54235 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1459  isocitrate dehydrogenase  52.55 
 
 		 400 aa  433  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.362836  normal  0.369512 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1602  isocitrate dehydrogenase  50.87 
 
 		 399 aa  425  1e-118  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0212  isocitrate dehydrogenase  51.63 
 
 		 401 aa  425  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0938573  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1668  isocitrate dehydrogenase  51.12 
 
 		 399 aa  424  1e-117  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_14762  isocitrate dehydrogenase  31.58 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29641  predicted protein  31.94 
 
 		 409 aa  155  9e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_47417  predicted protein  31.77 
 
 		 397 aa  152  7e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0133  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  31.44 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0450  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  29.05 
 
 		 362 aa  100  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0575  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  29.23 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.879672  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2072  isocitrate dehydrogenase (NADP)  29.13 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.311168  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3538  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  28.12 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3677  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  29.07 
 
 		 363 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  26.29 
 
 		 360 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  26.61 
 
 		 360 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  26.61 
 
 		 360 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  28.97 
 
 		 364 aa  51.6  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  27.27 
 
 		 389 aa  50.4  0.00005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  30.34 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  25.93 
 
 		 340 aa  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  28.36 
 
 		 364 aa  47.4  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>