220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_06080 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_1459  isocitrate dehydrogenase  81.98 
 
 
400 aa  686    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.362836  normal  0.369512 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06080  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 
397 aa  825    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.54235 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2576  isocitrate dehydrogenase  73.79 
 
 
402 aa  628  1e-179  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.050087  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1523  isocitrate dehydrogenase  71.65 
 
 
403 aa  618  1e-176  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.030562  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3254  isocitrate dehydrogenase  71.03 
 
 
402 aa  616  1e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0327  isocitrate dehydrogenase  69.29 
 
 
403 aa  597  1e-170  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0285  isocitrate dehydrogenase  69.15 
 
 
402 aa  597  1e-169  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.432651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2878  isocitrate dehydrogenase  69.27 
 
 
400 aa  596  1e-169  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.367797  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1602  isocitrate dehydrogenase  57.93 
 
 
399 aa  497  1e-139  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1668  isocitrate dehydrogenase  57.43 
 
 
399 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0565  isocitrate dehydrogenase  56.14 
 
 
409 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0212  isocitrate dehydrogenase  54.91 
 
 
401 aa  459  9.999999999999999e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0938573  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3530  isocitrate dehydrogenase  55.22 
 
 
407 aa  454  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00918215 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1281  isocitrate dehydrogenase  54.68 
 
 
404 aa  456  1e-127  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000588967  normal  0.175146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3988  isocitrate dehydrogenase  54.89 
 
 
404 aa  457  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.324969 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0685  isocitrate dehydrogenase  54.52 
 
 
406 aa  451  1.0000000000000001e-126  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1964  isocitrate dehydrogenase  54.8 
 
 
404 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.431704  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3730  isocitrate dehydrogenase  55.25 
 
 
403 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377053  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2528  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  55.42 
 
 
422 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.000000300783  normal  0.0692405 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7976  isocitrate dehydrogenase  54.57 
 
 
410 aa  452  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4413  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.59 
 
 
404 aa  449  1e-125  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0911  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.14 
 
 
404 aa  449  1e-125  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3732  isocitrate dehydrogenase  54.59 
 
 
408 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1737  isocitrate dehydrogenase  54.85 
 
 
407 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0665  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.03 
 
 
405 aa  448  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0826839  normal  0.106014 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0398  isocitrate dehydrogenase  54.8 
 
 
406 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.287914  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2580  isocitrate dehydrogenase  54.41 
 
 
407 aa  445  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0101084  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3527  isocitrate dehydrogenase  54.29 
 
 
404 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43028  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0356  isocitrate dehydrogenase  54.14 
 
 
405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1282  isocitrate dehydrogenase  53.63 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0393913  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1228  isocitrate dehydrogenase  54.5 
 
 
410 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.661186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4767  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.46 
 
 
405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6478  isocitrate dehydrogenase  53.79 
 
 
406 aa  445  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2367  isocitrate dehydrogenase  54.29 
 
 
404 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.666765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4362  isocitrate dehydrogenase  54.06 
 
 
407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1254  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  53.79 
 
 
404 aa  448  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0908682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2631  isocitrate dehydrogenase  53.54 
 
 
404 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.205618 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1117  isocitrate dehydrogenase  53.79 
 
 
404 aa  442  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.448977 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3793  isocitrate dehydrogenase  53.38 
 
 
404 aa  442  1e-123  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0923125  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4210  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.66 
 
 
407 aa  443  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0457  isocitrate dehydrogenase  52.51 
 
 
406 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0527606  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1519  isocitrate dehydrogenase  54.2 
 
 
404 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.997525 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05050  isocitrate dehydrogenase  54.55 
 
 
407 aa  439  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.178369  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2568  isocitrate dehydrogenase  53.25 
 
 
406 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1294  isocitrate dehydrogenase  54.08 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.471014  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1576  isocitrate dehydrogenase  53.57 
 
 
407 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00524741 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4173  isocitrate dehydrogenase  53.13 
 
 
404 aa  439  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.374158  hitchhiker  0.00222704 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1267  isocitrate dehydrogenase  53.69 
 
 
404 aa  440  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0388  isocitrate dehydrogenase  53.38 
 
 
407 aa  440  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1953  isocitrate dehydrogenase  52.67 
 
 
403 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.123809  normal  0.403096 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4569  isocitrate dehydrogenase  53.32 
 
 
404 aa  440  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119875  normal  0.19569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3960  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.5 
 
 
405 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.797377  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5427  isocitrate dehydrogenase  53.32 
 
 
405 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.444249  normal  0.188851 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1161  isocitrate dehydrogenase  53.03 
 
 
404 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1992  isocitrate dehydrogenase  53.44 
 
 
404 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1199  isocitrate dehydrogenase  52.78 
 
 
404 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1133  isocitrate dehydrogenase  52.67 
 
 
405 aa  435  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.994412 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2164  isocitrate dehydrogenase  52.67 
 
 
403 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0263756  normal  0.0589058 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1011  isocitrate dehydrogenase  53.15 
 
 
411 aa  437  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4814  isocitrate dehydrogenase  52.53 
 
 
404 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0820117  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1913  isocitrate dehydrogenase  53.28 
 
 
404 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72104  Isocitrate dehydrogenase [NADP], mitochondrial precursor (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (NADP(+)-specific ICDH) (IDP) (CtIDP1)  53.48 
 
 
434 aa  435  1e-121  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0593553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3007  isocitrate dehydrogenase  53.4 
 
 
405 aa  436  1e-121  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.375346  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3039  isocitrate dehydrogenase  53.03 
 
 
404 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6592  isocitrate dehydrogenase  52.75 
 
 
410 aa  436  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.685911  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02999  Mitochondrial NADP-dependent isocitrate dehydrogenase (EC 1.1.1.42) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96UN7]  53.5 
 
 
493 aa  431  1e-120  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.626077  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0446  isocitrate dehydrogenase  52.27 
 
 
404 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1559  isocitrate dehydrogenase  52.02 
 
 
404 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1623  isocitrate dehydrogenase  53.57 
 
 
405 aa  433  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0210  isocitrate dehydrogenase  52.27 
 
 
404 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.718507  normal  0.866818 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2099  isocitrate dehydrogenase  52.27 
 
 
404 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.369839  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1222  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  52.5 
 
 
405 aa  430  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0593452  normal  0.0592242 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2961  isocitrate dehydrogenase  52.76 
 
 
404 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0688602  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0743  isocitrate dehydrogenase  51.65 
 
 
404 aa  429  1e-119  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.262028  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2545  isocitrate dehydrogenase  52.42 
 
 
405 aa  431  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104779  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43870  Isocitrate dehydrogenase [NADP] peroxisomal (Oxalosuccinate decarboxylase) (IDH) (PS-NADP-IDH) (CtIDP2)  52.87 
 
 
410 aa  429  1e-119  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.521244  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2372  isocitrate dehydrogenase  53.03 
 
 
404 aa  427  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.661778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5765  isocitrate dehydrogenase  51.52 
 
 
404 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.842512  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13371  isocitrate dehydrogenase  51.89 
 
 
409 aa  426  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.510485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3463  isocitrate dehydrogenase  53.03 
 
 
404 aa  420  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3141  isocitrate dehydrogenase  53.03 
 
 
404 aa  420  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.120498  normal  0.532882 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04090  isocitrate dehydrogenase (NADP+), putative  53.42 
 
 
449 aa  418  9.999999999999999e-116  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00968554  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3338  isocitrate dehydrogenase  52.53 
 
 
404 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_14762  isocitrate dehydrogenase  34.46 
 
 
357 aa  170  4e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29641  predicted protein  29.78 
 
 
409 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_47417  predicted protein  29.61 
 
 
397 aa  152  7e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3677  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  28.19 
 
 
363 aa  96.7  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0133  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  28.57 
 
 
359 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0450  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  27.25 
 
 
362 aa  91.3  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0575  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  29.89 
 
 
358 aa  90.5  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.879672  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3538  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  28.04 
 
 
368 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2072  isocitrate dehydrogenase (NADP)  29.14 
 
 
358 aa  80.1  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.311168  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2330  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  26.76 
 
 
420 aa  54.3  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  25.25 
 
 
357 aa  53.1  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  26 
 
 
362 aa  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  29.17 
 
 
371 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  21.47 
 
 
389 aa  51.6  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0001  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  22.38 
 
 
412 aa  50.8  0.00004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0183219  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  25.93 
 
 
356 aa  50.8  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  26.53 
 
 
362 aa  50.8  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>