More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0865 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  100 
 
 		 322 aa  591  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  58.81 
 
 		 340 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  59.12 
 
 		 340 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  60.9 
 
 		 349 aa  325  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  59.29 
 
 		 341 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  64.34 
 
 		 349 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  64.34 
 
 		 349 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  50.32 
 
 		 343 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  49.21 
 
 		 331 aa  295  9e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  47.71 
 
 		 344 aa  295  9e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  53.76 
 
 		 372 aa  292  4e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  62.9 
 
 		 337 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  58.2 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  49.21 
 
 		 332 aa  282  6.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  49.64 
 
 		 369 aa  281  9e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  52.31 
 
 		 339 aa  281  1e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  53.85 
 
 		 326 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  49.84 
 
 		 349 aa  277  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  48.88 
 
 		 336 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  53.42 
 
 		 331 aa  276  5e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  47.72 
 
 		 336 aa  275  1.0000000000000001e-72  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  51.54 
 
 		 350 aa  270  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  48.88 
 
 		 349 aa  265  7e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  46.47 
 
 		 354 aa  263  2e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  45.19 
 
 		 336 aa  260  2e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  49.82 
 
 		 337 aa  260  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.24 
 
 		 362 aa  256  4e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  43.73 
 
 		 346 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  41.18 
 
 		 335 aa  249  4e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  50.35 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  48.55 
 
 		 338 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.93 
 
 		 358 aa  242  7.999999999999999e-63  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  44.16 
 
 		 350 aa  241  1e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  53.35 
 
 		 332 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  41.61 
 
 		 368 aa  239  4e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  41.53 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  44.87 
 
 		 334 aa  232  6e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2329  transport system permease protein  44.74 
 
 		 348 aa  229  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  37.61 
 
 		 356 aa  227  3e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  41.22 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3222  transport system permease protein  51.66 
 
 		 358 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  39.39 
 
 		 348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  40.13 
 
 		 344 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  46.73 
 
 		 338 aa  225  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0418  transport system permease protein  57 
 
 		 350 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  42.05 
 
 		 347 aa  222  4.9999999999999996e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  41.72 
 
 		 326 aa  222  7e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  41.89 
 
 		 333 aa  221  9e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1542  transport system permease protein  43.36 
 
 		 340 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  40.78 
 
 		 336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  39.2 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  36.89 
 
 		 347 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47150  transport system permease protein  51.71 
 
 		 334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  40.85 
 
 		 327 aa  211  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  37.84 
 
 		 341 aa  211  9e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  40.85 
 
 		 327 aa  211  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  50.35 
 
 		 356 aa  209  7e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  44.62 
 
 		 345 aa  208  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0154  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.21 
 
 		 351 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  37.14 
 
 		 324 aa  207  3e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3031  transport system permease protein  46.46 
 
 		 337 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  46.34 
 
 		 332 aa  205  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  42.55 
 
 		 363 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  44.34 
 
 		 339 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1462  transport system permease protein  44.18 
 
 		 339 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.868  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2075  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  47.16 
 
 		 333 aa  197  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3703  transport system permease protein  40.78 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.912274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0529  transport system permease protein  42.94 
 
 		 342 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.550834  normal  0.720175 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0279  ABC transporter permease  39.87 
 
 		 326 aa  192  9e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.590868  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1514  transport system permease protein  40.43 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  36.82 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2005  transport system permease protein  39.69 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0934692  normal  0.372795 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  43.65 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  41.56 
 
 		 347 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  41.01 
 
 		 354 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  37.92 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2064  transport system permease protein  40.36 
 
 		 338 aa  186  5e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  42.39 
 
 		 346 aa  185  9e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  38.83 
 
 		 339 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  42.75 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  43.79 
 
 		 367 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1213  transport system permease protein  45.24 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0536991  hitchhiker  0.0000000935619 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1495  ABC transporter, permease protein, FecCD family  45.24 
 
 		 341 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.48 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  43.64 
 
 		 358 aa  179  7e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.44 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  33.75 
 
 		 329 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.06 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  34.11 
 
 		 367 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  40.91 
 
 		 429 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.51 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  43.49 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  36.2 
 
 		 355 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.15 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  38.23 
 
 		 452 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  35.38 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  37.72 
 
 		 330 aa  172  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  40.49 
 
 		 353 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  40.49 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  34.26 
 
 		 331 aa  170  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>