More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2846 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  100 
 
 		 345 aa  667    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  93.04 
 
 		 339 aa  529  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  68.9 
 
 		 338 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  54.55 
 
 		 344 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  69.75 
 
 		 332 aa  340  2.9999999999999998e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  58.33 
 
 		 324 aa  307  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  46.71 
 
 		 344 aa  295  7e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  42.49 
 
 		 343 aa  285  8e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  44.21 
 
 		 324 aa  279  5e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  44.38 
 
 		 347 aa  274  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  42.41 
 
 		 369 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  44.96 
 
 		 338 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  44.64 
 
 		 339 aa  264  1e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  50.94 
 
 		 339 aa  261  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  44.35 
 
 		 368 aa  258  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  43.45 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  44.74 
 
 		 354 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  51.96 
 
 		 363 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  43.53 
 
 		 336 aa  251  9.000000000000001e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  49.22 
 
 		 354 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  44.02 
 
 		 340 aa  250  3e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  42.95 
 
 		 347 aa  249  4e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  39.88 
 
 		 359 aa  249  7e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  43.41 
 
 		 336 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  42.86 
 
 		 336 aa  247  3e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  40.46 
 
 		 372 aa  246  3e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  40 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  39.64 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  42.6 
 
 		 332 aa  242  6e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  41.18 
 
 		 331 aa  238  1e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  41.16 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  43.48 
 
 		 334 aa  238  1e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  38.3 
 
 		 350 aa  236  3e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  44.74 
 
 		 349 aa  236  4e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  38.95 
 
 		 367 aa  235  8e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  45.13 
 
 		 349 aa  235  9e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  45.89 
 
 		 349 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  41.74 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  45.71 
 
 		 341 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  39.02 
 
 		 356 aa  231  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  42.72 
 
 		 349 aa  229  5e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  44.67 
 
 		 350 aa  229  8e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  35.59 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.14 
 
 		 358 aa  225  1e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  42.68 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  39.58 
 
 		 326 aa  223  4e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  40.49 
 
 		 359 aa  218  7.999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  39.81 
 
 		 337 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3703  transport system permease protein  40.19 
 
 		 341 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.912274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  41.47 
 
 		 340 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  46.18 
 
 		 353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  39.76 
 
 		 356 aa  213  4.9999999999999996e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  37.9 
 
 		 337 aa  213  5.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  44.48 
 
 		 346 aa  209  6e-53  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2329  transport system permease protein  39.05 
 
 		 348 aa  209  7e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  38.32 
 
 		 341 aa  209  7e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0154  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  39.56 
 
 		 351 aa  209  8e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  42.96 
 
 		 358 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  43.21 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  44.72 
 
 		 332 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  44.62 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  38.82 
 
 		 327 aa  206  7e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  38.82 
 
 		 327 aa  206  7e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  43.17 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  39.26 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2064  transport system permease protein  42.76 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1542  transport system permease protein  37.46 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.9 
 
 		 354 aa  203  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  37.87 
 
 		 341 aa  202  6e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1462  transport system permease protein  40.29 
 
 		 339 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.868  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2005  transport system permease protein  37.46 
 
 		 349 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0934692  normal  0.372795 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  41.61 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  44.33 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  45.58 
 
 		 383 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  38.87 
 
 		 340 aa  197  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  42.22 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2075  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  39.25 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  38.9 
 
 		 354 aa  196  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  37.68 
 
 		 381 aa  195  8.000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.43 
 
 		 346 aa  194  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  37.1 
 
 		 333 aa  193  4e-48  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  40.96 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0529  transport system permease protein  39.32 
 
 		 342 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.550834  normal  0.720175 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  40.84 
 
 		 343 aa  192  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.62 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  40.97 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.8 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  40.66 
 
 		 380 aa  191  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  38.82 
 
 		 341 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.92 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  41.61 
 
 		 338 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  40.69 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.28 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.28 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  43.46 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  39.02 
 
 		 452 aa  188  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.27 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  39.18 
 
 		 361 aa  186  4e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  40.94 
 
 		 346 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>