More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1942 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  100 
 
 
347 aa  648    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  48.66 
 
 
367 aa  271  1e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  47.18 
 
 
452 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  47.28 
 
 
358 aa  263  3e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  47.6 
 
 
354 aa  263  4e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  47.32 
 
 
354 aa  256  4e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  47 
 
 
370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  41.27 
 
 
368 aa  251  9.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  45.53 
 
 
340 aa  251  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  44.52 
 
 
366 aa  246  3e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  46.02 
 
 
356 aa  246  6e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  47.64 
 
 
371 aa  242  9e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  45.85 
 
 
326 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  43.54 
 
 
343 aa  241  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  48.05 
 
 
429 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  41.45 
 
 
351 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.88 
 
 
390 aa  237  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  47.99 
 
 
370 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  44.69 
 
 
340 aa  233  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  42.12 
 
 
345 aa  232  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  41.74 
 
 
345 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  46.2 
 
 
365 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  45.4 
 
 
338 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  43.12 
 
 
338 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  49.66 
 
 
358 aa  228  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  48.04 
 
 
361 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  37.24 
 
 
337 aa  226  4e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  41.97 
 
 
366 aa  224  1e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  41.76 
 
 
363 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  39.36 
 
 
367 aa  222  6e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  40.51 
 
 
368 aa  222  9e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  46.49 
 
 
356 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  46.2 
 
 
338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.1 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  46.2 
 
 
338 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  45.9 
 
 
338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  49.12 
 
 
333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  45.9 
 
 
338 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  48.98 
 
 
365 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  44.68 
 
 
363 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.12 
 
 
336 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  43.71 
 
 
365 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  42.81 
 
 
330 aa  216  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  42.81 
 
 
318 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  36.11 
 
 
330 aa  216  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  44.25 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  45.4 
 
 
338 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  47.34 
 
 
345 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  34.52 
 
 
359 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  44.25 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  50 
 
 
338 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  44.25 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  44.54 
 
 
343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  50.35 
 
 
329 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  43.57 
 
 
360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  39.17 
 
 
355 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  48.82 
 
 
341 aa  213  4.9999999999999996e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  40.65 
 
 
344 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.58 
 
 
350 aa  212  7e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  44.68 
 
 
334 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  44.68 
 
 
334 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  41.16 
 
 
361 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.19 
 
 
330 aa  211  2e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  43.73 
 
 
330 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  37.04 
 
 
369 aa  210  3e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  42.9 
 
 
334 aa  209  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  48.31 
 
 
351 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.9 
 
 
338 aa  207  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  37.24 
 
 
343 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  41.64 
 
 
315 aa  206  4e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  46.56 
 
 
342 aa  206  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  39.09 
 
 
373 aa  205  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  39.76 
 
 
369 aa  204  1e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  48.68 
 
 
360 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  37.59 
 
 
343 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  39.37 
 
 
355 aa  204  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  46.08 
 
 
367 aa  204  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  40.11 
 
 
383 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.24 
 
 
361 aa  203  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  33.82 
 
 
373 aa  204  3e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  39.75 
 
 
338 aa  204  3e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  45.89 
 
 
362 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  45.89 
 
 
362 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  40.53 
 
 
345 aa  202  5e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  37.06 
 
 
360 aa  202  6e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  37.96 
 
 
353 aa  202  7e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  38.91 
 
 
356 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2493  corrinoid ABC transporter permease  49.11 
 
 
373 aa  202  7e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  39.47 
 
 
372 aa  202  8e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  34.74 
 
 
350 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  43.61 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  34.68 
 
 
362 aa  200  3e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  37.19 
 
 
346 aa  199  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  40.91 
 
 
351 aa  199  7.999999999999999e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  40.06 
 
 
380 aa  199  7.999999999999999e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  41.37 
 
 
360 aa  199  7.999999999999999e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  40.21 
 
 
345 aa  199  7.999999999999999e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.01 
 
 
343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  42.3 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0603  transport system permease protein  45.64 
 
 
316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>