More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0125 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  100 
 
 		 356 aa  667    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  56.23 
 
 		 358 aa  322  6e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  53.01 
 
 		 354 aa  319  5e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  50.45 
 
 		 368 aa  314  9.999999999999999e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  54.98 
 
 		 354 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  50.6 
 
 		 370 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  53.39 
 
 		 371 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  45.33 
 
 		 366 aa  287  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  50.91 
 
 		 368 aa  286  4e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  50.59 
 
 		 351 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  51.86 
 
 		 326 aa  280  2e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  49.72 
 
 		 370 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  53.72 
 
 		 361 aa  271  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  51.9 
 
 		 365 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  54.27 
 
 		 360 aa  268  8e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  48.84 
 
 		 340 aa  267  2.9999999999999995e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  53.71 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  53.71 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  53.71 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  51.41 
 
 		 343 aa  266  4e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  52.19 
 
 		 341 aa  265  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  51.03 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  55.02 
 
 		 358 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  50.34 
 
 		 330 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  46.77 
 
 		 367 aa  259  3e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  47.15 
 
 		 347 aa  258  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  45.7 
 
 		 330 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  41.61 
 
 		 350 aa  255  7e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  44.24 
 
 		 452 aa  255  7e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  45.7 
 
 		 318 aa  255  8e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.74 
 
 		 361 aa  252  6e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  48.77 
 
 		 345 aa  252  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  48.77 
 
 		 345 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  54.71 
 
 		 345 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  51.94 
 
 		 379 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  45.35 
 
 		 355 aa  250  3e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.25 
 
 		 390 aa  250  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  57.1 
 
 		 350 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  49.82 
 
 		 365 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  55.21 
 
 		 362 aa  245  6.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  51.57 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  50.17 
 
 		 361 aa  242  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  54.83 
 
 		 362 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  54.83 
 
 		 362 aa  242  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  55.29 
 
 		 345 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  52.92 
 
 		 357 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  46.32 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  45.97 
 
 		 338 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  49.24 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  45.48 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  48.37 
 
 		 429 aa  236  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  41 
 
 		 363 aa  236  4e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  39.69 
 
 		 330 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  44.08 
 
 		 337 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  39.69 
 
 		 330 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  39.46 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  53.18 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  53.18 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  53.18 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  53.18 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  53.18 
 
 		 409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  53.18 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  47.44 
 
 		 334 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  44.81 
 
 		 365 aa  230  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  45.74 
 
 		 360 aa  229  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  47.65 
 
 		 350 aa  229  5e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.17 
 
 		 363 aa  229  6e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  38.69 
 
 		 373 aa  229  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  46.9 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  47.78 
 
 		 362 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  43.34 
 
 		 315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4686  transport system permease protein  50.57 
 
 		 345 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165164  hitchhiker  0.0000000000187173 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  46.92 
 
 		 345 aa  225  7e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  49.29 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  53.79 
 
 		 361 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2093  hemin ABC transporter, permease protein  49.68 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  51.9 
 
 		 363 aa  222  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  48.64 
 
 		 329 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  58.1 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0218  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.96 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  46.06 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4552  transport system permease protein  54.11 
 
 		 345 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00635879  hitchhiker  0.000000015041 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.75 
 
 		 345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  52.28 
 
 		 343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  57.38 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  54.36 
 
 		 365 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  48.58 
 
 		 378 aa  218  8.999999999999998e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  57.99 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4688  transport system permease protein  54.11 
 
 		 345 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  41.16 
 
 		 366 aa  217  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  47.69 
 
 		 367 aa  216  2.9999999999999998e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  43.96 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  44.91 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  42.3 
 
 		 369 aa  216  5.9999999999999996e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  43.3 
 
 		 380 aa  215  8e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3903  transport system permease protein  40.96 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.68 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  37.86 
 
 		 355 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0603  transport system permease protein  47.02 
 
 		 316 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39796  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5318  transport system permease protein  54.26 
 
 		 365 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>