More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4552 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4688  transport system permease protein  99.13 
 
 		 345 aa  645    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4552  transport system permease protein  100 
 
 		 345 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00635879  hitchhiker  0.000000015041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  91.86 
 
 		 345 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4686  transport system permease protein  96.8 
 
 		 345 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165164  hitchhiker  0.0000000000187173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  83.14 
 
 		 345 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  82.21 
 
 		 327 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  80.23 
 
 		 345 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  81.16 
 
 		 346 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42600  transport system permease protein  76.83 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0785088  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  49.7 
 
 		 343 aa  295  8e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  50.72 
 
 		 345 aa  292  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  51.03 
 
 		 371 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  50.93 
 
 		 345 aa  286  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  52.43 
 
 		 358 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  50.31 
 
 		 354 aa  279  6e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  51.18 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  51.9 
 
 		 338 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  52.17 
 
 		 370 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  48.12 
 
 		 340 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  52.43 
 
 		 338 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  52.9 
 
 		 356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  49.41 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  49.2 
 
 		 366 aa  268  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  52.21 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  52.21 
 
 		 338 aa  266  5e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  51.42 
 
 		 338 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  51.92 
 
 		 338 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  51.92 
 
 		 338 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  47.69 
 
 		 345 aa  261  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  49.69 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  47.52 
 
 		 368 aa  255  8e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  44.78 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  53.4 
 
 		 356 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  45.59 
 
 		 355 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  48 
 
 		 326 aa  250  2e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  53.45 
 
 		 370 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  52.56 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  44.16 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  53.61 
 
 		 340 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  52.56 
 
 		 358 aa  243  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  54.24 
 
 		 360 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  53.58 
 
 		 365 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  50.52 
 
 		 365 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  53.54 
 
 		 341 aa  238  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  46.26 
 
 		 330 aa  238  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  47.08 
 
 		 334 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  47.08 
 
 		 334 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  47.08 
 
 		 334 aa  236  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  47.04 
 
 		 347 aa  235  6e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  50 
 
 		 351 aa  235  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  52.68 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  54.64 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  54.64 
 
 		 362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  48.8 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  50.68 
 
 		 361 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  44.51 
 
 		 351 aa  230  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  44.88 
 
 		 330 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  45.21 
 
 		 318 aa  227  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  39.2 
 
 		 337 aa  226  6e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  52.98 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  54.14 
 
 		 361 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  54.08 
 
 		 373 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  54.08 
 
 		 373 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  54.08 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  54.08 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  54.08 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  54.08 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  45.66 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  53.87 
 
 		 342 aa  222  8e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  43.38 
 
 		 452 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  54.48 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  51.19 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  46.18 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  50.61 
 
 		 379 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  46.23 
 
 		 429 aa  217  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  45.49 
 
 		 334 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  34.51 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  47.91 
 
 		 365 aa  216  5e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  54.52 
 
 		 350 aa  216  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  41.26 
 
 		 350 aa  216  5e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  43.88 
 
 		 360 aa  216  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  46.71 
 
 		 334 aa  216  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  51.37 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  42.91 
 
 		 315 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2142  hemin ABC transporter, permease protein  54.58 
 
 		 406 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  48.75 
 
 		 329 aa  212  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  53.74 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.2 
 
 		 373 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2093  hemin ABC transporter, permease protein  48.98 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0218  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  54.67 
 
 		 362 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  39.76 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  37.46 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.65 
 
 		 350 aa  209  6e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  37.46 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  35.29 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  39.69 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  42.51 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.28 
 
 		 390 aa  206  4e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  38.98 
 
 		 344 aa  206  4e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  38.7 
 
 		 344 aa  206  5e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>