More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0344 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  100 
 
 		 362 aa  686    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  59.83 
 
 		 370 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  67.16 
 
 		 360 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  64.91 
 
 		 358 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  61.1 
 
 		 371 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  61.06 
 
 		 370 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  66.96 
 
 		 357 aa  347  3e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  63.19 
 
 		 365 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  54.04 
 
 		 366 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  63.11 
 
 		 379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  52.94 
 
 		 361 aa  288  7e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  53.77 
 
 		 354 aa  288  9e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  52.67 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  53.08 
 
 		 358 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  54.64 
 
 		 356 aa  280  3e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  50.83 
 
 		 343 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  51.34 
 
 		 356 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  52.92 
 
 		 354 aa  272  5.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  53.11 
 
 		 361 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  53 
 
 		 362 aa  271  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  52.76 
 
 		 365 aa  268  8.999999999999999e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  60.14 
 
 		 350 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  45.77 
 
 		 345 aa  261  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  43.6 
 
 		 345 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  45.07 
 
 		 368 aa  260  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  54.74 
 
 		 340 aa  259  7e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  50 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  43.99 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  51.04 
 
 		 338 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  48.16 
 
 		 351 aa  249  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  51.75 
 
 		 345 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  49.48 
 
 		 338 aa  247  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  45.76 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  47.08 
 
 		 345 aa  246  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  42.3 
 
 		 355 aa  243  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  47.85 
 
 		 345 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  47.52 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  47.52 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  47.52 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  51.55 
 
 		 341 aa  239  5.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  45.64 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  47.9 
 
 		 351 aa  236  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  45.1 
 
 		 340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2349  transport system permease protein  52.94 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.055128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  44.97 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  47.26 
 
 		 343 aa  233  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  46.31 
 
 		 347 aa  232  7.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  51.88 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  39.14 
 
 		 337 aa  230  4e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  47.77 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  44.52 
 
 		 452 aa  229  6e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  47.77 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  45.36 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4552  transport system permease protein  49 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00635879  hitchhiker  0.000000015041 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  46.61 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  40.83 
 
 		 330 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2410  transport system permease protein  51.36 
 
 		 360 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.442744  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  47.48 
 
 		 338 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  47.48 
 
 		 338 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  46.44 
 
 		 337 aa  225  9e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4688  transport system permease protein  49 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.54 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  39.94 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4686  transport system permease protein  48.71 
 
 		 345 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165164  hitchhiker  0.0000000000187173 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  49.49 
 
 		 338 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  45.34 
 
 		 429 aa  222  6e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  41.14 
 
 		 363 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.58 
 
 		 334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.58 
 
 		 334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  45.3 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  45.3 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  43.92 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.9 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  46.13 
 
 		 360 aa  217  2e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  40.94 
 
 		 315 aa  218  2e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  52.57 
 
 		 327 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  53.29 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 		 373 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  49.67 
 
 		 373 aa  215  8e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 		 373 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 		 409 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 		 373 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  49.67 
 
 		 373 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  47.54 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  45.58 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  44.17 
 
 		 334 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  45.97 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1831  transport system permease protein  41.04 
 
 		 376 aa  210  3e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.38 
 
 		 373 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  35.82 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  40.74 
 
 		 345 aa  210  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  44.52 
 
 		 366 aa  209  6e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  45.53 
 
 		 361 aa  209  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.6 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  48.91 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  52.61 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  42.66 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  38.49 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  44.59 
 
 		 367 aa  206  6e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1451  vtamin B12-transporter permease  45.42 
 
 		 326 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>