More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1489 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  100 
 
 		 373 aa  749    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  53.24 
 
 		 378 aa  326  4.0000000000000003e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  38.3 
 
 		 366 aa  231  2e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.5 
 
 		 356 aa  230  3e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  43.4 
 
 		 330 aa  229  8e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  43 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  40.48 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  42.55 
 
 		 338 aa  222  9e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  40.52 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  40.52 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  40.52 
 
 		 334 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  39.69 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  37.35 
 
 		 368 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  40.34 
 
 		 361 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  40.77 
 
 		 345 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  41.84 
 
 		 365 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.74 
 
 		 354 aa  215  8e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  41.58 
 
 		 358 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  43.54 
 
 		 329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  41.92 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  40.7 
 
 		 345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.26 
 
 		 347 aa  213  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  38.37 
 
 		 340 aa  210  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  37.67 
 
 		 330 aa  209  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  39.12 
 
 		 370 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  41.32 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  37.67 
 
 		 318 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  36.47 
 
 		 371 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  40.97 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  38.44 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  37.92 
 
 		 368 aa  203  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  40.77 
 
 		 343 aa  202  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.04 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  38.55 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  39.94 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  39.94 
 
 		 338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  39.94 
 
 		 338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  39.94 
 
 		 338 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  37.25 
 
 		 354 aa  199  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  42.81 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  40.21 
 
 		 315 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  38.87 
 
 		 356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  41.28 
 
 		 341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  35.58 
 
 		 355 aa  197  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  40.77 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  40.67 
 
 		 338 aa  195  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  34.21 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1179  iron compound ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00674105  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  40.2 
 
 		 365 aa  193  5e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  40.62 
 
 		 345 aa  193  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  34.49 
 
 		 348 aa  193  5e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  34.2 
 
 		 348 aa  192  1e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  42.11 
 
 		 345 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  39.12 
 
 		 370 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  43.56 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  40.53 
 
 		 345 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  37.41 
 
 		 367 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  31.82 
 
 		 362 aa  189  5e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37.23 
 
 		 363 aa  189  5e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  39.42 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  39.37 
 
 		 345 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  35.05 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  34.39 
 
 		 344 aa  187  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.54 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  34.77 
 
 		 344 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2833  transport system permease protein  41.11 
 
 		 329 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.13 
 
 		 337 aa  186  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  38.46 
 
 		 336 aa  186  8e-46  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  39.66 
 
 		 380 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  42.71 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  37.5 
 
 		 452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.46 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  39.46 
 
 		 334 aa  184  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  37.98 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  41.4 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.34 
 
 		 363 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  35.17 
 
 		 347 aa  183  5.0000000000000004e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  33.13 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  32.28 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  39.75 
 
 		 367 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  39.45 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  37.1 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  32.92 
 
 		 373 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  32.3 
 
 		 359 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  42.12 
 
 		 333 aa  179  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  38.67 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  35.36 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  40.14 
 
 		 358 aa  178  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  34.39 
 
 		 357 aa  177  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.57 
 
 		 390 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  41.2 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  34.21 
 
 		 338 aa  177  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  34.21 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  34.21 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  34.21 
 
 		 338 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.59 
 
 		 360 aa  176  5e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  34.23 
 
 		 383 aa  176  7e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  36.92 
 
 		 315 aa  176  7e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  35.19 
 
 		 331 aa  176  7e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>