More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0167 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  100 
 
 
361 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2349  transport system permease protein  93.35 
 
 
361 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.055128  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  74.09 
 
 
365 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  70.41 
 
 
365 aa  421  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2410  transport system permease protein  78.67 
 
 
360 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.442744  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  52.38 
 
 
371 aa  317  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  55.29 
 
 
370 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  55.33 
 
 
361 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  54.27 
 
 
370 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  50.51 
 
 
354 aa  280  2e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  51.17 
 
 
366 aa  278  8e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  50.51 
 
 
358 aa  276  3e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  57.91 
 
 
365 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  53.68 
 
 
358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  54.23 
 
 
356 aa  268  7e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  50.87 
 
 
343 aa  268  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  50.67 
 
 
326 aa  266  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  50.17 
 
 
356 aa  264  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  43.97 
 
 
345 aa  264  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  48.94 
 
 
340 aa  263  4e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  48.95 
 
 
340 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  49.16 
 
 
338 aa  260  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  45.29 
 
 
345 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  51.03 
 
 
360 aa  260  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  45.75 
 
 
338 aa  260  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  44.23 
 
 
354 aa  258  8e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  48.88 
 
 
362 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  53.49 
 
 
379 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  43.48 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  55.62 
 
 
350 aa  252  6e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  50.46 
 
 
357 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  50 
 
 
341 aa  251  2e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  52.78 
 
 
362 aa  250  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  43.94 
 
 
367 aa  249  4e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  46.48 
 
 
343 aa  249  5e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  42.12 
 
 
368 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  48.82 
 
 
334 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  48.04 
 
 
347 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  48.65 
 
 
338 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  48.65 
 
 
338 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  48.32 
 
 
351 aa  246  6e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  48.87 
 
 
338 aa  246  6e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  43.52 
 
 
351 aa  245  9e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  48.65 
 
 
338 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  42.13 
 
 
368 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  48.65 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  49.85 
 
 
345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  48.06 
 
 
334 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  48.06 
 
 
334 aa  243  5e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  48.06 
 
 
334 aa  243  5e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  47.18 
 
 
345 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  38.53 
 
 
367 aa  237  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  46.6 
 
 
360 aa  237  2e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  43.4 
 
 
338 aa  237  2e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  47.88 
 
 
390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  39.94 
 
 
337 aa  236  7e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  47.15 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  44.22 
 
 
355 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  43.06 
 
 
337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  50.7 
 
 
342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  45.21 
 
 
330 aa  233  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  41.52 
 
 
315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  45.21 
 
 
318 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.5 
 
 
336 aa  230  3e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  48.46 
 
 
367 aa  228  1e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.34 
 
 
373 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  46.39 
 
 
429 aa  226  4e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  36.86 
 
 
346 aa  226  6e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3079  transport system permease protein  47.21 
 
 
353 aa  226  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21025  normal  0.33846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  41.84 
 
 
330 aa  225  8e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.22 
 
 
338 aa  224  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  47.06 
 
 
345 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  37.94 
 
 
330 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  37.43 
 
 
330 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  46.18 
 
 
362 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  46.18 
 
 
362 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.71 
 
 
350 aa  223  4e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  44.88 
 
 
380 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  40.62 
 
 
378 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  42.09 
 
 
315 aa  219  6e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0603  transport system permease protein  42.52 
 
 
316 aa  218  2e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39796  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  45.54 
 
 
333 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  40.36 
 
 
363 aa  218  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  52.78 
 
 
346 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  50.76 
 
 
327 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  47.52 
 
 
334 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  46.8 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1831  transport system permease protein  44.67 
 
 
376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  39.81 
 
 
363 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  52.76 
 
 
345 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  38.98 
 
 
356 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  46.29 
 
 
334 aa  209  5e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  35.82 
 
 
331 aa  209  6e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  48 
 
 
365 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  42.51 
 
 
341 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4688  transport system permease protein  47.04 
 
 
345 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.55 
 
 
373 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  48.55 
 
 
373 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  48.55 
 
 
409 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  37.15 
 
 
362 aa  206  4e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>