More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2461 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  100 
 
 		 334 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  94.31 
 
 		 334 aa  541  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  72.64 
 
 		 334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  72.64 
 
 		 334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  72.64 
 
 		 334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  68.58 
 
 		 334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  60.73 
 
 		 330 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  64.59 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  64.59 
 
 		 318 aa  364  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  63.88 
 
 		 329 aa  330  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2833  transport system permease protein  61.61 
 
 		 329 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  45.45 
 
 		 370 aa  255  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  45.05 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  52.13 
 
 		 356 aa  248  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  44.6 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  40.29 
 
 		 368 aa  247  2e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  49.29 
 
 		 356 aa  244  9.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  48.75 
 
 		 337 aa  242  6e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  47.24 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  44.71 
 
 		 367 aa  237  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  47.62 
 
 		 354 aa  235  8e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  45.43 
 
 		 333 aa  232  7.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  44.9 
 
 		 340 aa  231  1e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  46.62 
 
 		 343 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  47.18 
 
 		 358 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  47.74 
 
 		 326 aa  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  43.28 
 
 		 351 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  46.34 
 
 		 370 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  42.15 
 
 		 368 aa  225  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  43.86 
 
 		 452 aa  224  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  48.94 
 
 		 365 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  44.26 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  49.28 
 
 		 354 aa  223  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  47.49 
 
 		 341 aa  223  4.9999999999999996e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  48.67 
 
 		 351 aa  222  6e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  46.05 
 
 		 345 aa  222  8e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  48.39 
 
 		 340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  44.1 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  44.9 
 
 		 345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  46.1 
 
 		 338 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  37.72 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  49.12 
 
 		 361 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  39.35 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  44.37 
 
 		 367 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  42.01 
 
 		 373 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  37.98 
 
 		 337 aa  216  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  46.62 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  45.42 
 
 		 361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4112  iron compound ABC transporter, permease  39.09 
 
 		 345 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  45.66 
 
 		 357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4501  iron compound ABC transporter, permease protein  39.39 
 
 		 342 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  43.84 
 
 		 363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  43.49 
 
 		 363 aa  212  7e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.95 
 
 		 350 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  43.69 
 
 		 378 aa  212  9e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  43.79 
 
 		 315 aa  210  3e-53  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  48.76 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.63 
 
 		 330 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4449  iron compound ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 		 342 aa  209  5e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  50 
 
 		 343 aa  209  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  36.07 
 
 		 362 aa  209  7e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1179  iron compound ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 		 325 aa  208  1e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00674105  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4264  iron compound ABC transporter permease  39.09 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4101  iron compound ABC transporter, permease  39.09 
 
 		 345 aa  208  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4448  iron compound ABC transporter, permease protein  39.09 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4596  iron compound ABC transporter permease protein  39.09 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4215  transport system permease protein  40.46 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0749  iron compound ABC transporter, permease protein  38.48 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  46.42 
 
 		 345 aa  206  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4487  iron compound ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 		 342 aa  206  6e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  40.5 
 
 		 380 aa  205  7e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.81 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.81 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.83 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  41.84 
 
 		 360 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  45.33 
 
 		 365 aa  205  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  43.37 
 
 		 360 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  39.65 
 
 		 346 aa  205  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  40.39 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  40.85 
 
 		 359 aa  203  3e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  48.93 
 
 		 338 aa  203  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  48.58 
 
 		 338 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  35.26 
 
 		 343 aa  202  5e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  39.66 
 
 		 331 aa  202  6e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  41.39 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  48.06 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  48.23 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  45 
 
 		 367 aa  200  3.9999999999999996e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  47.46 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  48.61 
 
 		 345 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  45.33 
 
 		 390 aa  198  9e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  47.87 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  47.87 
 
 		 338 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  33.43 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  42.76 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  42.11 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 		 356 aa  197  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  44.97 
 
 		 362 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  44.97 
 
 		 362 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  42.25 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>