More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_7223 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  100 
 
 		 351 aa  672    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  50 
 
 		 368 aa  315  8e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  49.86 
 
 		 358 aa  301  8.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  52.4 
 
 		 354 aa  301  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  51.84 
 
 		 356 aa  300  3e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  47.56 
 
 		 370 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  50.29 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  46.92 
 
 		 371 aa  281  9e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  45.24 
 
 		 330 aa  275  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  47.95 
 
 		 340 aa  275  8e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  46.63 
 
 		 366 aa  272  5.000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  46.42 
 
 		 370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  42.81 
 
 		 347 aa  259  6e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  44.29 
 
 		 368 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  41.6 
 
 		 367 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  47.88 
 
 		 341 aa  253  2.0000000000000002e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  47.06 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  47.06 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  47.06 
 
 		 334 aa  253  3e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  44.28 
 
 		 326 aa  252  7e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  47.54 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  40.36 
 
 		 355 aa  249  7e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  49.5 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  45.67 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  52.98 
 
 		 365 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  43.67 
 
 		 330 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  43.67 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  48.1 
 
 		 365 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  40.36 
 
 		 452 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  46.71 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  48.28 
 
 		 356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  45.52 
 
 		 343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  46.69 
 
 		 345 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  48.8 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  47.55 
 
 		 358 aa  241  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  46.34 
 
 		 345 aa  240  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.79 
 
 		 350 aa  239  5.999999999999999e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  39.27 
 
 		 330 aa  237  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  39.27 
 
 		 330 aa  237  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  46.42 
 
 		 329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  42.26 
 
 		 338 aa  235  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  50.63 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  50.63 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  50.63 
 
 		 373 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.68 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  46.91 
 
 		 342 aa  233  3e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  50.31 
 
 		 373 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  49.37 
 
 		 409 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  50.31 
 
 		 373 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.21 
 
 		 390 aa  232  7.000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  47.9 
 
 		 360 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  40.77 
 
 		 360 aa  229  4e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  46.49 
 
 		 362 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  49.66 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  49.66 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  45.43 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  43.26 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  47.79 
 
 		 379 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  36.75 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  45.19 
 
 		 429 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  43.26 
 
 		 334 aa  223  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  40.9 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  44.98 
 
 		 365 aa  222  7e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  47.9 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.37 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  41.54 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  38.17 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  48.6 
 
 		 357 aa  219  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2093  hemin ABC transporter, permease protein  46.23 
 
 		 338 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  40.71 
 
 		 315 aa  219  7.999999999999999e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  49.66 
 
 		 345 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  40.99 
 
 		 333 aa  218  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  44.56 
 
 		 340 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  37.97 
 
 		 367 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  42.14 
 
 		 345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  43.11 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  45.65 
 
 		 350 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  45.55 
 
 		 378 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  42.52 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  43.36 
 
 		 338 aa  213  4.9999999999999996e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  48.64 
 
 		 361 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3079  transport system permease protein  47.99 
 
 		 353 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21025  normal  0.33846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0218  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  51.05 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  40.79 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  41.5 
 
 		 383 aa  210  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  44.76 
 
 		 338 aa  210  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  44.33 
 
 		 367 aa  209  7e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  45 
 
 		 363 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  44.76 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.61 
 
 		 356 aa  207  2e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2123  transport system permease protein  38.82 
 
 		 366 aa  206  4e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.24416  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  41.72 
 
 		 343 aa  206  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.09 
 
 		 334 aa  206  6e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.09 
 
 		 334 aa  206  6e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2410  transport system permease protein  44.44 
 
 		 360 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.442744  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  35.09 
 
 		 361 aa  205  9e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  42.57 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  40.07 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  42.57 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  49.18 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>