More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1968 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  100 
 
 		 365 aa  690    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  73.42 
 
 		 365 aa  459  9.999999999999999e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  74.09 
 
 		 361 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2349  transport system permease protein  75.35 
 
 		 361 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.055128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2410  transport system permease protein  75.36 
 
 		 360 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.442744  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  54.21 
 
 		 370 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  50.69 
 
 		 371 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  47.78 
 
 		 366 aa  297  2e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  53.4 
 
 		 361 aa  293  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  47.15 
 
 		 370 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  58.61 
 
 		 365 aa  292  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  51.03 
 
 		 354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  51.37 
 
 		 358 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  49.31 
 
 		 358 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  51.51 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  48.54 
 
 		 354 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  54.23 
 
 		 356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4193  transport system permease protein  51.99 
 
 		 362 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0724971  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  46.71 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  53.01 
 
 		 379 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  40.33 
 
 		 368 aa  262  6e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  45.4 
 
 		 345 aa  260  3e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  49.82 
 
 		 356 aa  260  3e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  44.51 
 
 		 345 aa  258  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  44.51 
 
 		 343 aa  257  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  47.41 
 
 		 357 aa  256  6e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  55.49 
 
 		 350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  47.37 
 
 		 367 aa  253  3e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  52.67 
 
 		 362 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  45.65 
 
 		 338 aa  250  3e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  47.04 
 
 		 452 aa  250  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  49.65 
 
 		 334 aa  249  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  47.12 
 
 		 368 aa  249  5e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  44.6 
 
 		 340 aa  249  6e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  46.2 
 
 		 347 aa  249  6e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  48.11 
 
 		 334 aa  249  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  48.11 
 
 		 334 aa  249  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  48.11 
 
 		 334 aa  249  7e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  50.53 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  44.31 
 
 		 338 aa  243  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  42.6 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  49.83 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  46.18 
 
 		 362 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  46.18 
 
 		 362 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  48.1 
 
 		 351 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.55 
 
 		 337 aa  239  5e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09840  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  49.16 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.125008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  44.41 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  51.72 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  43.98 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2874  transport system permease protein  45.22 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  43.52 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  44.48 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  41.47 
 
 		 315 aa  235  8e-61  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  45.62 
 
 		 345 aa  235  9e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  43.48 
 
 		 340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  45.74 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  51.58 
 
 		 342 aa  232  8.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.97 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  46.46 
 
 		 343 aa  229  6e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  48.79 
 
 		 367 aa  228  1e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  37.72 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  47.59 
 
 		 338 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  43.1 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  47.59 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  38.1 
 
 		 330 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  48.06 
 
 		 334 aa  226  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  46.31 
 
 		 338 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  46.31 
 
 		 338 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  48.83 
 
 		 338 aa  225  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  48.62 
 
 		 345 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  45.65 
 
 		 338 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  41.84 
 
 		 373 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  45.05 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  37.72 
 
 		 330 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  36.86 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37.74 
 
 		 363 aa  219  7e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  45.12 
 
 		 380 aa  219  7e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  46.64 
 
 		 334 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  41.01 
 
 		 338 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  40.82 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  48.48 
 
 		 365 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  36.1 
 
 		 346 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  36.5 
 
 		 356 aa  216  7e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  44.08 
 
 		 333 aa  215  8e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 409 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  47.03 
 
 		 363 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  49.17 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1831  transport system permease protein  45.13 
 
 		 376 aa  215  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  49.17 
 
 		 373 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  42.76 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  38.82 
 
 		 383 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0603  transport system permease protein  41.62 
 
 		 316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.39796  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  40.06 
 
 		 345 aa  213  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3079  transport system permease protein  45.61 
 
 		 353 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.21025  normal  0.33846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  52.96 
 
 		 346 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  42.52 
 
 		 378 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>