More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5377 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5377  hemin ABC-transport system permease  100 
 
 
333 aa  636    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0079296  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  48.43 
 
 
370 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  49.12 
 
 
347 aa  245  8e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  48.08 
 
 
354 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  44.06 
 
 
366 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  45.4 
 
 
330 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  45.83 
 
 
334 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  45.83 
 
 
334 aa  239  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  45.83 
 
 
334 aa  239  4e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  49.83 
 
 
343 aa  235  7e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  46.02 
 
 
358 aa  235  9e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  43.15 
 
 
371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  42.74 
 
 
368 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  46.54 
 
 
356 aa  232  6e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  47.37 
 
 
345 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  47.19 
 
 
340 aa  232  9e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  48.1 
 
 
345 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  42.18 
 
 
368 aa  231  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  46.02 
 
 
367 aa  230  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0179  transport system permease protein  46.79 
 
 
326 aa  229  4e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  43.99 
 
 
452 aa  228  8e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  40.59 
 
 
355 aa  228  8e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2167  transport system permease protein  47 
 
 
341 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0116294  normal  0.228639 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4204  transport system permease protein  50.87 
 
 
358 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.570844  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  43.19 
 
 
370 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  45.54 
 
 
338 aa  226  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7223  transport system permease protein  40.99 
 
 
351 aa  224  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2461  transport system permease protein  45.86 
 
 
334 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  46.55 
 
 
334 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2763  transport system permease protein  45.22 
 
 
334 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.902305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  43.04 
 
 
318 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  42.72 
 
 
330 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5428  transport system permease protein  46.22 
 
 
362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5434  transport system permease protein  46.22 
 
 
362 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.197656  normal  0.796306 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  45.69 
 
 
356 aa  219  7e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  45.07 
 
 
338 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1443  transport system permease protein  48.43 
 
 
365 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0618013  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1211  transport system permease protein  48.32 
 
 
329 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4799  transport system permease protein  51.58 
 
 
345 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000697014  hitchhiker  0.00165127 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  42.34 
 
 
354 aa  215  8e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0961  transport system permease protein  50.54 
 
 
343 aa  215  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2735  ABC transporter membrane spanning protein (hemin)  45.8 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  45.91 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3240  transport system permease protein  49.64 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2135  transport system permease protein  46.27 
 
 
357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370402  normal  0.644336 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1777  hemin ABC transporter, permease protein  48.41 
 
 
409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1755  heme transporter protein HuvC, transmembrane permease component  44.21 
 
 
345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00487431  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0343  hemin ABC transporter, permease protein  48.41 
 
 
373 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0436  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.41 
 
 
373 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1829  hemin ABC transporter, permease protein  48.41 
 
 
373 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.273852  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0828  hemin ABC transporter, permease protein  48.41 
 
 
373 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1119  hemin ABC transporter, permease protein  48.41 
 
 
373 aa  212  7e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.141906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  44.76 
 
 
365 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0181  transport system permease protein  44.84 
 
 
351 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816049  normal  0.0731846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0746  transport system permease protein  48.3 
 
 
345 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0337726  hitchhiker  0.0000000000140721 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2441  transport system permease protein  46.79 
 
 
342 aa  210  3e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00106696  normal  0.535476 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4835  transport system permease protein  45.32 
 
 
361 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3674  hemin ABC transporter, permease protein  50 
 
 
338 aa  208  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1943  transport system permease protein  43.18 
 
 
338 aa  208  1e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1049  transport system permease protein  50.9 
 
 
338 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3343  transport system permease protein  46.3 
 
 
338 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.300006  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  46.69 
 
 
340 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  43.25 
 
 
337 aa  207  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3619  transport system permease protein  47.43 
 
 
379 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0572  hemin transport system permease protein hmuU  49.83 
 
 
360 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0899796  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  36.61 
 
 
334 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1016  transport system permease protein  50.54 
 
 
338 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0947  transport system permease protein  45.99 
 
 
338 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0218  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  46.55 
 
 
362 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.49 
 
 
330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2093  hemin ABC transporter, permease protein  44.93 
 
 
338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0372  transport system permease protein  43.79 
 
 
429 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.72 
 
 
350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3335  transport system permease protein  47.8 
 
 
363 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.984854  hitchhiker  0.00152467 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0994  transport system permease protein  47.95 
 
 
346 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00447104  hitchhiker  0.000000000000206732 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5423  ABC transporter permease  52.82 
 
 
345 aa  198  9e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2323  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  42.41 
 
 
365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0471491  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62290  putative permease of ABC transporter  52.82 
 
 
327 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00186765  normal  0.421287 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0344  transport system permease protein  46.77 
 
 
362 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4775  transport system permease protein  47.32 
 
 
365 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.950564  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  37.46 
 
 
367 aa  196  6e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4686  transport system permease protein  52.1 
 
 
345 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165164  hitchhiker  0.0000000000187173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4552  transport system permease protein  51.19 
 
 
345 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00635879  hitchhiker  0.000000015041 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.54 
 
 
330 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2833  transport system permease protein  44.37 
 
 
329 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  40.34 
 
 
351 aa  193  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1489  transport system permease protein  40.88 
 
 
373 aa  193  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  40.41 
 
 
348 aa  192  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  43.96 
 
 
367 aa  192  6e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  40.82 
 
 
315 aa  192  6e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4688  transport system permease protein  47.06 
 
 
345 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235815 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5318  transport system permease protein  47.87 
 
 
365 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01537  ABC-type hemin transport system, pemease component  44.68 
 
 
378 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1731  vtamin B12-transporter permease  40.35 
 
 
351 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.334132 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2740  transport system permease protein  38.06 
 
 
333 aa  189  4e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  39.64 
 
 
315 aa  190  4e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  45.07 
 
 
325 aa  188  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  41.23 
 
 
380 aa  188  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4589  transport system permease protein  46.01 
 
 
350 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426385  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  39.25 
 
 
345 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>