More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2479 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  100 
 
 		 340 aa  638    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  81.76 
 
 		 340 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  59.12 
 
 		 322 aa  311  6.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  53.99 
 
 		 349 aa  309  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  53.82 
 
 		 349 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  56.44 
 
 		 341 aa  308  8e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  55.74 
 
 		 349 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  49.84 
 
 		 344 aa  296  4e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  51.3 
 
 		 372 aa  287  2e-76  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  47.83 
 
 		 331 aa  287  2e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  47.3 
 
 		 369 aa  285  8e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  47.95 
 
 		 332 aa  280  2e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  55.78 
 
 		 353 aa  279  5e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  47.71 
 
 		 343 aa  276  4e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  51.64 
 
 		 349 aa  276  5e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  54.74 
 
 		 339 aa  275  9e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  50.96 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  45.87 
 
 		 336 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  48.08 
 
 		 354 aa  265  5.999999999999999e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  48.38 
 
 		 337 aa  263  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  50.79 
 
 		 350 aa  261  1e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  50.97 
 
 		 331 aa  258  7e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  53.11 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48 
 
 		 362 aa  253  3e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  46.21 
 
 		 346 aa  250  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  47.81 
 
 		 326 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  50.54 
 
 		 354 aa  247  2e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  45.37 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  44.9 
 
 		 368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  41.74 
 
 		 350 aa  241  2e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  42.01 
 
 		 335 aa  239  5.999999999999999e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  45.93 
 
 		 341 aa  236  3e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  43.52 
 
 		 344 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  39.76 
 
 		 347 aa  236  6e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  45.93 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  41.42 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  45.54 
 
 		 358 aa  223  4e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  39.81 
 
 		 359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  43 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0418  transport system permease protein  53.44 
 
 		 350 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  45.83 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  47.3 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1514  transport system permease protein  42.67 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  39.94 
 
 		 348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3031  transport system permease protein  45.08 
 
 		 337 aa  215  7e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  43.21 
 
 		 336 aa  215  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  38.82 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3222  transport system permease protein  45.87 
 
 		 358 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  43.06 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  43.06 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  39.65 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  37.66 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2329  transport system permease protein  40.13 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  38.8 
 
 		 340 aa  209  4e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1462  transport system permease protein  44.11 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.868  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0529  transport system permease protein  46.03 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.550834  normal  0.720175 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  41.03 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1542  transport system permease protein  40 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  41.7 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2075  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  42.98 
 
 		 333 aa  207  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  43.77 
 
 		 363 aa  206  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  41.32 
 
 		 338 aa  206  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  49.45 
 
 		 356 aa  204  3e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0154  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.79 
 
 		 351 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47150  transport system permease protein  46.96 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2005  transport system permease protein  43.51 
 
 		 349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0934692  normal  0.372795 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  35.86 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2064  transport system permease protein  40.12 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3703  transport system permease protein  39.68 
 
 		 341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.912274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  40.24 
 
 		 345 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  38.49 
 
 		 324 aa  195  8.000000000000001e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  41.46 
 
 		 339 aa  195  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  40.48 
 
 		 339 aa  192  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  45.62 
 
 		 354 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  42.35 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  44.58 
 
 		 324 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  37.39 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.96 
 
 		 330 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  41.79 
 
 		 452 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  36.49 
 
 		 375 aa  181  1e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  43.06 
 
 		 346 aa  182  1e-44  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  37.54 
 
 		 361 aa  180  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  36.62 
 
 		 355 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.38 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  34.27 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  33.64 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.32 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0279  ABC transporter permease  37.85 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.590868  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1213  transport system permease protein  40.78 
 
 		 327 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0536991  hitchhiker  0.0000000935619 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1495  ABC transporter, permease protein, FecCD family  43.66 
 
 		 341 aa  176  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  37.98 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  37.98 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  40.19 
 
 		 367 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  36.84 
 
 		 315 aa  173  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  39.19 
 
 		 338 aa  170  4e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3694  transport system permease protein  40.41 
 
 		 325 aa  169  5e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  35.55 
 
 		 367 aa  169  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  32.54 
 
 		 348 aa  169  8e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.6 
 
 		 350 aa  168  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  38.63 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>