More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3031 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3031  transport system permease protein  100 
 
 		 337 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  60.06 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2075  ABC-type Fe3+-siderophore transport system permease component  57.27 
 
 		 333 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2329  transport system permease protein  55.26 
 
 		 348 aa  351  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0154  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  52.53 
 
 		 351 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1462  transport system permease protein  52.56 
 
 		 339 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.868  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  49.36 
 
 		 341 aa  294  1e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  50.48 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  50.48 
 
 		 327 aa  293  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  49.36 
 
 		 333 aa  291  1e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2005  transport system permease protein  51.06 
 
 		 349 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0934692  normal  0.372795 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0529  transport system permease protein  51.86 
 
 		 342 aa  275  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.550834  normal  0.720175 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3703  transport system permease protein  43.63 
 
 		 341 aa  257  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.912274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1213  transport system permease protein  46.67 
 
 		 327 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0536991  hitchhiker  0.0000000935619 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1495  ABC transporter, permease protein, FecCD family  46.57 
 
 		 341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2064  transport system permease protein  48.47 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  44.91 
 
 		 336 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  41.72 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  44.87 
 
 		 338 aa  248  8e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  44.25 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1514  transport system permease protein  42.3 
 
 		 335 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  40.88 
 
 		 344 aa  240  2e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  42.35 
 
 		 372 aa  240  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  43.45 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  44.04 
 
 		 331 aa  239  6.999999999999999e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  42.9 
 
 		 348 aa  236  6e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  40.36 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  42.09 
 
 		 349 aa  233  5e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  43.9 
 
 		 340 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  41.19 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1542  transport system permease protein  39.87 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  43.67 
 
 		 337 aa  227  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  39.33 
 
 		 362 aa  226  3e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  41.38 
 
 		 336 aa  226  6e-58  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  47.48 
 
 		 354 aa  225  7e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  40.12 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  38.65 
 
 		 350 aa  222  8e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  42.45 
 
 		 349 aa  222  9e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  42.55 
 
 		 356 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  45.65 
 
 		 368 aa  217  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  42.41 
 
 		 341 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0279  ABC transporter permease  43.5 
 
 		 326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.590868  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  42.59 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  44.72 
 
 		 349 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  44.68 
 
 		 340 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  44.55 
 
 		 349 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  37.62 
 
 		 347 aa  212  9e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  46.25 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  36.86 
 
 		 346 aa  211  2e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  41.52 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  35.31 
 
 		 344 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  43.04 
 
 		 349 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  43.57 
 
 		 358 aa  206  5e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  36.61 
 
 		 340 aa  205  8e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  37.78 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  49.29 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  38.34 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  40.69 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  38.41 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  38.79 
 
 		 336 aa  196  6e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  45.82 
 
 		 322 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  44.9 
 
 		 353 aa  196  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3222  transport system permease protein  46.95 
 
 		 358 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47150  transport system permease protein  44.1 
 
 		 334 aa  192  8e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  39.81 
 
 		 339 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  42.12 
 
 		 331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  36.2 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  36.79 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  35.83 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0418  transport system permease protein  45.43 
 
 		 350 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.0414709 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  36.26 
 
 		 361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  39.24 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  36.61 
 
 		 339 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  40.31 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  38.79 
 
 		 359 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  40.7 
 
 		 355 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  37.85 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  41.03 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  34.2 
 
 		 367 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  36.66 
 
 		 363 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  39.5 
 
 		 346 aa  169  4e-41  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.62 
 
 		 346 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1266  transport system permease protein  37.68 
 
 		 344 aa  169  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.594883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  35.4 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1606  transport system permease protein  34.97 
 
 		 368 aa  169  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000330558 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  32.3 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  39.64 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  40.21 
 
 		 354 aa  169  8e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  37.9 
 
 		 354 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  37.37 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  38.93 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  40.93 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  39.93 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  35.31 
 
 		 452 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  39.5 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  37.93 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  37.59 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  32.3 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  38.27 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>