More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2552 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2552  transport system permease protein  100 
 
 		 363 aa  694    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.822821  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  48.66 
 
 		 344 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  41.38 
 
 		 368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  40.63 
 
 		 344 aa  251  1e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3469  transport system permease protein  47.42 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2017  transport system permease protein  39.94 
 
 		 369 aa  246  3e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  39.82 
 
 		 339 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  44.8 
 
 		 336 aa  238  8e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4152  transport system permease protein  45.72 
 
 		 349 aa  236  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0212216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_28  iron ion transport system, inner membrane component  38.64 
 
 		 347 aa  235  9e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260829  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  39.94 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  44.51 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3843  transport system permease protein  45.43 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  39.6 
 
 		 372 aa  232  6e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  38.11 
 
 		 338 aa  232  7.000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0028  transport system permease protein  40.92 
 
 		 354 aa  232  8.000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0445  transport system permease protein  41.72 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2222  transport system permease protein  38.32 
 
 		 346 aa  229  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.205591  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  39.04 
 
 		 348 aa  227  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0497  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  38.51 
 
 		 354 aa  226  3e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.760715  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35.36 
 
 		 356 aa  226  4e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24720  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  36.29 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  41.11 
 
 		 343 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0891  ABC transporter permease  38.32 
 
 		 324 aa  226  6e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.194642  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4300  transport system permease protein  45.29 
 
 		 349 aa  226  6e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  34.65 
 
 		 359 aa  225  9e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1533  hexapaptide repeat-containing transferase  36.87 
 
 		 335 aa  225  1e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.804151  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1425  transport system permease protein  47.14 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2846  transport system permease protein  51.96 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1169  transport system permease protein  51.2 
 
 		 324 aa  222  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  39.08 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01860  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.85 
 
 		 358 aa  218  1e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0684072 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1695  transport system permease protein  41.18 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0857998  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1373  transport system permease protein  49.22 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5521  transport system permease protein  45.96 
 
 		 341 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1656  transport system permease protein  44.34 
 
 		 354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0636963  normal  0.143618 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1287  response regulator  39.69 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.023456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26440  iron(III) ABC transporter-permease protein  47.09 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4263  transport system permease protein  37.96 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000122038  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  39.49 
 
 		 367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2393  iron ABC transporter, permease protein  34.53 
 
 		 359 aa  211  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1994  transport system permease protein  37.46 
 
 		 331 aa  211  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  36.2 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1043  hypothetical protein  38.3 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.696998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0813  HmuU protein  38.51 
 
 		 336 aa  209  9e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00319044  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1676  transport system permease protein  41.95 
 
 		 349 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  43.1 
 
 		 355 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  34.88 
 
 		 347 aa  207  2e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2735  transport system permease protein  42.25 
 
 		 353 aa  203  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1202  ABC transporter permease  39.3 
 
 		 326 aa  202  6e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.820499  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1614  ABC transporter permease  37.99 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47150  transport system permease protein  45.37 
 
 		 334 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1424  transport system permease protein  40.12 
 
 		 350 aa  200  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.320274  normal  0.156715 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.19 
 
 		 337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1986  transport system permease protein  38.98 
 
 		 340 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  38.73 
 
 		 363 aa  197  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  43.37 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  40.61 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0248  transport system permease protein  45.36 
 
 		 331 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  40.88 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  39.46 
 
 		 350 aa  194  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1948  iron(III) ABC transporter, permease protein  43.06 
 
 		 326 aa  194  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0628531 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  42.27 
 
 		 363 aa  193  3e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1538  transport system permease protein  35.74 
 
 		 341 aa  193  5e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0881  corrinoid ABC transporter permease  42.66 
 
 		 380 aa  193  5e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  41.99 
 
 		 369 aa  191  2e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4649  transport system permease protein  43.2 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000978499 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  38.84 
 
 		 351 aa  189  5e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3222  transport system permease protein  41.36 
 
 		 358 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  43.25 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  43.25 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  43.25 
 
 		 334 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3606  transport system permease protein  43.26 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.438147  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.89 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.89 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  41.02 
 
 		 348 aa  187  3e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1895  transport system permease protein  35.59 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00113354  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.64 
 
 		 361 aa  186  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1205  transport system permease protein  39.1 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150198 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1490  ABC transporter, permease protein, FecCD family  39.1 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1546  ABC transporter, inner membrane subunit  37.34 
 
 		 387 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  42.65 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  34.48 
 
 		 346 aa  183  3e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2479  transport system permease protein  43.82 
 
 		 340 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.158013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.41 
 
 		 371 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  37.35 
 
 		 346 aa  184  3e-45  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0865  transport system permease protein  41.26 
 
 		 322 aa  183  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  38.84 
 
 		 452 aa  182  7e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0232  transport system permease protein  37.06 
 
 		 346 aa  182  7e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.691146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  40.6 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  36.8 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.96 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0954  transport system permease protein  36.22 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492896  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.91 
 
 		 356 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.33 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2493  corrinoid ABC transporter permease  43.77 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  36.78 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  41.98 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  41.69 
 
 		 338 aa  180  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>