More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3257 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 		 336 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  94.64 
 
 		 340 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  75.65 
 
 		 335 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  71.15 
 
 		 347 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  71.43 
 
 		 332 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  74.92 
 
 		 339 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  74.6 
 
 		 338 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  76.85 
 
 		 338 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  73.4 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  73.08 
 
 		 328 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  64.38 
 
 		 353 aa  401  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  69.01 
 
 		 342 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  63.86 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  60.55 
 
 		 346 aa  358  7e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  59.94 
 
 		 346 aa  354  1e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  58.2 
 
 		 346 aa  345  7e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  67.52 
 
 		 344 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  67.52 
 
 		 344 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  57.1 
 
 		 345 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  55.62 
 
 		 340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  55.31 
 
 		 346 aa  318  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  55 
 
 		 346 aa  318  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  49.54 
 
 		 338 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  50.5 
 
 		 340 aa  277  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  52.35 
 
 		 356 aa  265  8e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  47.84 
 
 		 351 aa  227  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  45.15 
 
 		 340 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  42.25 
 
 		 369 aa  224  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.79 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41.72 
 
 		 367 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  40.88 
 
 		 348 aa  213  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  47.67 
 
 		 382 aa  212  9e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  38.36 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  42.68 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  43.56 
 
 		 355 aa  205  9e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  40.91 
 
 		 381 aa  202  5e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2583  transport system permease protein  46.13 
 
 		 373 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  39.63 
 
 		 360 aa  200  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  39.75 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  44.33 
 
 		 363 aa  199  7e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  39.88 
 
 		 351 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  43.97 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.94 
 
 		 337 aa  196  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  39.27 
 
 		 346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  40.07 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23970  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.07 
 
 		 369 aa  195  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.597722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.9 
 
 		 346 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  42.86 
 
 		 353 aa  193  3e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  42.81 
 
 		 332 aa  192  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  39.75 
 
 		 358 aa  192  5e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  41.1 
 
 		 352 aa  192  6e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  36.34 
 
 		 356 aa  192  8e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  43.06 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  40.21 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  46.13 
 
 		 356 aa  190  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  41.1 
 
 		 353 aa  191  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40.99 
 
 		 371 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  39.94 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.26 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  43.26 
 
 		 334 aa  189  5.999999999999999e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  41.3 
 
 		 350 aa  189  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  44.38 
 
 		 389 aa  188  9e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  40.28 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.55 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  33.23 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  35.44 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3342  iron(III) dicitrate transport system permease protein FecD  36.91 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  33.03 
 
 		 343 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  42.86 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  34.53 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  42.35 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  37.76 
 
 		 355 aa  186  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  41.7 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  38.87 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  38.48 
 
 		 345 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  37.28 
 
 		 375 aa  183  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  38.87 
 
 		 364 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  37.06 
 
 		 341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  40 
 
 		 370 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1300  transport system permease protein  48.22 
 
 		 348 aa  182  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1427  transport system permease protein  42.73 
 
 		 364 aa  182  9.000000000000001e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.735096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  39.58 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  35.92 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  37.97 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  36.68 
 
 		 344 aa  180  2e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  43 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  37.18 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  38.28 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  41.49 
 
 		 347 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2080  transport system permease protein  39.93 
 
 		 368 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5059  transport system permease protein  42.12 
 
 		 358 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213403  normal  0.344774 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.09 
 
 		 373 aa  179  7e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  37.09 
 
 		 376 aa  178  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  37.85 
 
 		 372 aa  178  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  35.13 
 
 		 360 aa  178  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  40.77 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.62 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  37.15 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  38.99 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1482  transport system permease protein  36.84 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>