More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4830 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  100 
 
 		 341 aa  647    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  58.46 
 
 		 348 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  56.01 
 
 		 352 aa  348  7e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  51.64 
 
 		 336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  55.97 
 
 		 327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  52.66 
 
 		 343 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  55.59 
 
 		 340 aa  289  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  53.33 
 
 		 343 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  47.2 
 
 		 346 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  46.82 
 
 		 347 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  43.3 
 
 		 334 aa  245  6e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  43.08 
 
 		 363 aa  244  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  41.98 
 
 		 363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  41.9 
 
 		 351 aa  235  7e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  52.31 
 
 		 346 aa  235  7e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  52.52 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  47.93 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  51.96 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  51.96 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.78 
 
 		 371 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  46.49 
 
 		 371 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  46.49 
 
 		 371 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.63 
 
 		 334 aa  232  8.000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  42.63 
 
 		 334 aa  232  8.000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  46.49 
 
 		 371 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  46.49 
 
 		 352 aa  232  9e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  46.49 
 
 		 352 aa  232  9e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  47.15 
 
 		 351 aa  231  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  46.2 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  41.52 
 
 		 345 aa  227  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  42.26 
 
 		 348 aa  226  4e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  40.59 
 
 		 381 aa  224  2e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  44.07 
 
 		 361 aa  223  4e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  40.12 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  42.65 
 
 		 328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  46.04 
 
 		 361 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  41.02 
 
 		 332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  38.95 
 
 		 380 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5059  transport system permease protein  48.55 
 
 		 358 aa  218  7.999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213403  normal  0.344774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  42.99 
 
 		 375 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  42.73 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  38.6 
 
 		 337 aa  216  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  41.07 
 
 		 362 aa  216  5e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  41 
 
 		 367 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  42.14 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  43.34 
 
 		 360 aa  215  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1720  hypothetical protein  37.54 
 
 		 350 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  39.77 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  41.85 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  39.77 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  39.77 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  40.5 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.64 
 
 		 347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  41.12 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  39.07 
 
 		 368 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  41.16 
 
 		 372 aa  211  2e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  47.35 
 
 		 338 aa  210  2e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  47.3 
 
 		 353 aa  210  4e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.39 
 
 		 346 aa  208  8e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  36.39 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  35.59 
 
 		 330 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  39.78 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.2 
 
 		 367 aa  207  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  40.06 
 
 		 381 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  35.1 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  39.48 
 
 		 383 aa  207  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  43.64 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35.44 
 
 		 356 aa  206  4e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  39.94 
 
 		 356 aa  206  5e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  45.02 
 
 		 361 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  38.66 
 
 		 353 aa  206  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  41.53 
 
 		 354 aa  205  7e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  39.39 
 
 		 382 aa  205  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  42.28 
 
 		 347 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  40.29 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  43.01 
 
 		 370 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0785  transport system permease protein  42.02 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  41.1 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  41.1 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  40.06 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  41.1 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  46.29 
 
 		 353 aa  202  6e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  37.36 
 
 		 350 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  37.08 
 
 		 375 aa  200  3e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  43.79 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  42.56 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  42.81 
 
 		 338 aa  199  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  38.14 
 
 		 360 aa  198  9e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  45.02 
 
 		 365 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  41.09 
 
 		 346 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  41.52 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  43.88 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  41.64 
 
 		 346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  34.46 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  39.53 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  41.64 
 
 		 355 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  40.31 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  35.82 
 
 		 354 aa  196  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  39.08 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3332  transport system permease protein  39.53 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>