More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2981 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  100 
 
 		 353 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  65.19 
 
 		 332 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  63.35 
 
 		 347 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  66.67 
 
 		 347 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  62.28 
 
 		 340 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  66.35 
 
 		 328 aa  389  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  62.24 
 
 		 336 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  62.58 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  63.96 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  60.25 
 
 		 346 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  63.01 
 
 		 338 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  59.75 
 
 		 346 aa  355  5e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2417  transport system permease protein  63.01 
 
 		 339 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  63.93 
 
 		 342 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2057  transport system permease protein  63.32 
 
 		 338 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.441726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  55.52 
 
 		 346 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3391  ABC Fe3+-siderophores transporter, inner membrane subunit  62.26 
 
 		 344 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.581639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3037  transport system permease protein  62.26 
 
 		 344 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  51.34 
 
 		 345 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  53.7 
 
 		 346 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  53.4 
 
 		 346 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  51.38 
 
 		 340 aa  306  2.0000000000000002e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  48.48 
 
 		 338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  54.1 
 
 		 356 aa  277  2e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  50.16 
 
 		 340 aa  276  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  43.45 
 
 		 351 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  43.11 
 
 		 348 aa  219  7.999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  39.83 
 
 		 369 aa  217  2.9999999999999998e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  38.55 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.02 
 
 		 367 aa  203  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17620  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  44.25 
 
 		 354 aa  202  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  38.16 
 
 		 381 aa  202  7e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2654  transport system permease protein  45.8 
 
 		 382 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00408489  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  39.5 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  40.88 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  33.62 
 
 		 350 aa  194  3e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  38.01 
 
 		 352 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  38.24 
 
 		 350 aa  190  4e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  41.23 
 
 		 360 aa  189  8e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  40.77 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  32.86 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1121  transport system permease protein  38.72 
 
 		 372 aa  186  6e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0471477  hitchhiker  0.00000000101745 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  37.07 
 
 		 358 aa  186  7e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  33.14 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  39.2 
 
 		 353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  40.51 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2821  transport system permease protein  37.88 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  45.96 
 
 		 338 aa  184  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  38 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  39.08 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  38.54 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  33.62 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  42.2 
 
 		 346 aa  182  8.000000000000001e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23970  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.28 
 
 		 369 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.597722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.64 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  41.18 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0417  transport system permease protein  38.46 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  38.77 
 
 		 345 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  31.55 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  40.99 
 
 		 353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  35 
 
 		 362 aa  180  4e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  41.81 
 
 		 356 aa  179  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  38.48 
 
 		 371 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  40.48 
 
 		 363 aa  179  7e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.07 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  40.78 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  41.46 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  36.79 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  39.86 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  38.15 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  35.92 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2211  transport system permease protein  40.8 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  36.27 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  41.46 
 
 		 343 aa  176  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  36.64 
 
 		 356 aa  175  8e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.12 
 
 		 346 aa  175  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2233  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  33.63 
 
 		 339 aa  174  9.999999999999999e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0722413  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  36.56 
 
 		 452 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  33.43 
 
 		 373 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  34.63 
 
 		 357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1300  transport system permease protein  45.66 
 
 		 348 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1594  transport system permease protein  36.4 
 
 		 344 aa  172  1e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.511685  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0757  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  35.15 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.534132  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  36.16 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  37.53 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  37.19 
 
 		 361 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  38.7 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  37.79 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0510  iron compounds ABC transporter, permease protein  36.75 
 
 		 339 aa  169  4e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  43.31 
 
 		 350 aa  170  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  39.3 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  32.08 
 
 		 360 aa  169  5e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0534  transport system permease protein  32.82 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3203  putative transmembrane ABC transporter protein,permease  39.27 
 
 		 354 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1283  transport system permease protein  34.95 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.48 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  40.48 
 
 		 334 aa  169  7e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  41.69 
 
 		 370 aa  169  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  36.02 
 
 		 352 aa  169  9e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>