More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0825 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_1503  extracellular ligand-binding receptor  84.65 
 
 
482 aa  679    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.128913  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0825  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
392 aa  788    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0316  extracellular ligand-binding receptor  65.9 
 
 
392 aa  510  1e-143  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1805  extracellular ligand-binding receptor  64.96 
 
 
463 aa  500  1e-140  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0295  extracellular ligand-binding receptor  37.6 
 
 
425 aa  223  6e-57  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00215274  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 
447 aa  189  9e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
450 aa  178  1e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1576  extracellular ligand-binding receptor  31.49 
 
 
427 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0597639  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
451 aa  171  2e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0556  histidine kinase  32.79 
 
 
826 aa  166  8e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.241536 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
449 aa  166  8e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0716  Extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 
824 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1775  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 
433 aa  159  8e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000602209 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1587  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 
426 aa  156  7e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0504  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
416 aa  152  8e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.273135 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
397 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1701  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
435 aa  144  2e-33  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.58174 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2456  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
409 aa  142  7e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2659  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
752 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2043  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
415 aa  93.2  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000117628  normal  0.0195109 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
391 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
391 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  25.89 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.28 
 
 
384 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
384 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1186  branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.02 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.62825  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  25.76 
 
 
372 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.77 
 
 
404 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  25.76 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.76 
 
 
380 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0926  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
394 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0415964  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29060  amino acid-binding protein  26.11 
 
 
414 aa  74.3  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.987763  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
380 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
380 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
380 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.44 
 
 
376 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
399 aa  73.2  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
380 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
380 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
380 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3401  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
381 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.526257  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  24.44 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.44 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.79 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.69 
 
 
378 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.72 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1272  extracellular ligand-binding receptor  28.43 
 
 
399 aa  72.4  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.570271  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.34 
 
 
377 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
376 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.78 
 
 
396 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
381 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1568  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
394 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93601  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0603  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
401 aa  70.1  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2923  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  28.92 
 
 
394 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
373 aa  70.1  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0957  Extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
415 aa  69.7  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3932  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
394 aa  69.7  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0701  Extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
377 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0183935  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 
381 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.08 
 
 
376 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
381 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
460 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1861  periplasmic binding protein of ABC transporter for natural amino acids  26.63 
 
 
421 aa  67.8  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1149  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
442 aa  67.4  0.0000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.07 
 
 
402 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0104  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
422 aa  66.6  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.22 
 
 
393 aa  66.6  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  22.77 
 
 
388 aa  66.2  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0110  Extracellular ligand-binding receptor  25.47 
 
 
380 aa  66.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
401 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6166  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 
375 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644445  normal  0.0557295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1522  putative periplasmic ligand-binding protein  24.84 
 
 
395 aa  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.371953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 
377 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.44 
 
 
376 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1976  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
412 aa  65.1  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.448031  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
380 aa  64.7  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 
373 aa  63.9  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 
381 aa  63.5  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
393 aa  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
375 aa  63.5  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 
404 aa  63.5  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4926  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
396 aa  63.2  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000560657  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
386 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 
386 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
401 aa  62.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2873  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
440 aa  61.6  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.435547  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 
378 aa  62  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
380 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  23.6 
 
 
368 aa  61.2  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>