More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0120 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0120  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
364 aa  729    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1188  extracellular solute-binding protein  79.04 
 
 
381 aa  551  1e-156  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0139  extracellular solute-binding protein  70.42 
 
 
374 aa  543  1e-153  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0201839 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0149  extracellular solute-binding protein  69.07 
 
 
380 aa  493  9.999999999999999e-139  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.489376  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  43.58 
 
 
360 aa  268  8e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  35.57 
 
 
364 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  35.88 
 
 
362 aa  170  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.91 
 
 
345 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  33.53 
 
 
371 aa  167  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0310  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 
369 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.84 
 
 
347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  34.74 
 
 
364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 
364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1751  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 
364 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6328  extracellular solute-binding protein  34.44 
 
 
364 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.545502  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.44 
 
 
364 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.33 
 
 
363 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  33.33 
 
 
369 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0561958 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1675  extracellular solute-binding protein  34.14 
 
 
364 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  32.87 
 
 
366 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  31.25 
 
 
345 aa  159  6e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1509  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
364 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  32.72 
 
 
357 aa  159  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.95 
 
 
345 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1948  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.12 
 
 
373 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  32.13 
 
 
357 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.59 
 
 
366 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  32.79 
 
 
363 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.41 
 
 
369 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  34.6 
 
 
365 aa  157  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  32.16 
 
 
365 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  32.23 
 
 
365 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0346  extracellular solute-binding protein  32.1 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  33.63 
 
 
367 aa  155  7e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 
371 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  32.71 
 
 
366 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1279  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 
366 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.49233 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.59 
 
 
406 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.75 
 
 
372 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  31.44 
 
 
343 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1692  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.52 
 
 
369 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  31.14 
 
 
343 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  33.63 
 
 
367 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  31.14 
 
 
452 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  32.49 
 
 
373 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2905  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
371 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1958  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  31.23 
 
 
369 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  32.59 
 
 
409 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
363 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  33.14 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 
367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1131  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 
366 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.72 
 
 
369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3043  extracellular solute-binding protein  31.43 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
364 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  32.9 
 
 
362 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
364 aa  153  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  32.15 
 
 
347 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.23 
 
 
356 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 
359 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  36.17 
 
 
396 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  31.78 
 
 
364 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  33.14 
 
 
484 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3009  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
366 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274617  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
373 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 
370 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.75 
 
 
343 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0946  extracellular solute-binding protein  33.03 
 
 
366 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0407  extracellular solute-binding protein family 1  32.6 
 
 
365 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000173672 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  31.87 
 
 
341 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1368  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.94 
 
 
370 aa  150  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2225  extracellular solute-binding protein family 1  32.55 
 
 
371 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  32.93 
 
 
372 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1264  transcription factor jumonji, JmjC  31.75 
 
 
366 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2135  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
368 aa  149  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  30.97 
 
 
349 aa  149  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1094  extracellular solute-binding protein  33.44 
 
 
366 aa  149  9e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.799805  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4949  extracellular solute-binding protein family 1  32.76 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.597771  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6638  extracellular solute-binding protein family 1  30.48 
 
 
372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0283  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2730  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.55 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1563  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.55 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0344  extracellular solute-binding protein  33.43 
 
 
365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.574749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  32.33 
 
 
369 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5241  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2645  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.55 
 
 
369 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3097  extracellular solute-binding protein  32.15 
 
 
387 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0218628  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7683  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.94 
 
 
373 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.370067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5240  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 
364 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 
396 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2918  extracellular solute-binding protein  32.15 
 
 
387 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000482793  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1199  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
366 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000384833  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  30.39 
 
 
370 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  31.95 
 
 
371 aa  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>