More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1779 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  100 
 
 
762 aa  1527    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.34 
 
 
860 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0899  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  35.18 
 
 
798 aa  362  1e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.383263  normal  0.740662 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.43 
 
 
784 aa  337  7e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1704  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.33 
 
 
783 aa  330  8e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0286912  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1682  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.42 
 
 
783 aa  325  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1667  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.72 
 
 
795 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2675  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.37 
 
 
783 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923098  normal  0.0587505 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01854  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.19 
 
 
867 aa  316  9.999999999999999e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2627  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.49 
 
 
801 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1818  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.33 
 
 
765 aa  312  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0856288  normal  0.218544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1637  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.59 
 
 
761 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.594703  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2423  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.78 
 
 
773 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.395966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2827  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.19 
 
 
767 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0829289 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2493  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.32 
 
 
773 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105792  normal  0.137051 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.28 
 
 
802 aa  304  4.0000000000000003e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2803  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.41 
 
 
769 aa  300  8e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1556  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.85 
 
 
774 aa  298  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.38 
 
 
773 aa  297  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.13038 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1336  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.01 
 
 
765 aa  294  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62013 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.55 
 
 
812 aa  290  6e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.88 
 
 
772 aa  290  6e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  29.84 
 
 
735 aa  289  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.52 
 
 
841 aa  288  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  29.74 
 
 
735 aa  287  5e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.05 
 
 
822 aa  287  5e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1711  hypothetical protein  32.19 
 
 
737 aa  285  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0805358  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.57 
 
 
766 aa  284  3.0000000000000004e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2040  hypothetical protein  30.92 
 
 
763 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.03 
 
 
770 aa  283  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1702  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.1 
 
 
839 aa  282  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0283023 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  32.01 
 
 
825 aa  283  1e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1768  hypothetical protein  31.71 
 
 
763 aa  278  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.44185  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2666  hypothetical protein  30.19 
 
 
763 aa  273  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2578  hypothetical protein  29.36 
 
 
763 aa  273  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0251432  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.54 
 
 
800 aa  273  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.25 
 
 
851 aa  272  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01534  hypothetical protein  31.84 
 
 
752 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1159  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.44 
 
 
819 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1958  hypothetical protein  29.94 
 
 
763 aa  268  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001218  normal  0.195131 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003988  predicted hydrolase of the metallo-beta-lactamase superfamily  30.68 
 
 
752 aa  268  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.33 
 
 
776 aa  268  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5417  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.6 
 
 
830 aa  267  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560238  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.31 
 
 
840 aa  266  8e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.03 
 
 
778 aa  266  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1470  ComEC/rec2 family protein  31.14 
 
 
752 aa  266  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  31.4 
 
 
747 aa  264  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.25 
 
 
835 aa  262  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2209  hypothetical protein  31.92 
 
 
747 aa  262  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785174  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2715  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.84 
 
 
842 aa  261  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1693  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
842 aa  258  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.891985  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2581  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
856 aa  258  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.96 
 
 
839 aa  259  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2636  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
856 aa  259  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0667077  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1074  hypothetical protein  30.6 
 
 
754 aa  259  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.361238  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2198  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
856 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.975554  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3120  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
856 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1471  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
856 aa  258  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.300879  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  31.24 
 
 
846 aa  257  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2129  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.1 
 
 
829 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326593  normal  0.0900672 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00917  conserved inner membrane protein  30.66 
 
 
754 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578469  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2730  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.66 
 
 
754 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170872  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2683  hypothetical protein  30.66 
 
 
754 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.692344  normal  0.226957 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00924  hypothetical protein  30.66 
 
 
754 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.630751  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 
845 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.54 
 
 
845 aa  254  5.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1097  hypothetical protein  31.98 
 
 
756 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2564  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.61 
 
 
929 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0267783  normal  0.0941772 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2207  hypothetical protein  29.83 
 
 
754 aa  253  9.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.01066  normal  0.239269 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.88 
 
 
840 aa  252  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0736  putative competence-related protein  27.48 
 
 
768 aa  252  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0989  hypothetical protein  31.84 
 
 
737 aa  251  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1011  hypothetical protein  29.68 
 
 
754 aa  250  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00460048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1744  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.35 
 
 
806 aa  250  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.61 
 
 
829 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.35 
 
 
833 aa  249  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5966  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.75 
 
 
829 aa  249  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.814009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2111  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.75 
 
 
829 aa  249  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.261797  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1569  ComEC/Rec2-related protein  28.63 
 
 
801 aa  248  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  29.46 
 
 
847 aa  247  6.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1432  hypothetical protein  30.78 
 
 
754 aa  246  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687894  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1081  hypothetical protein  31.6 
 
 
737 aa  244  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.0474337 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2177  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.4 
 
 
740 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.589266  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1016  hypothetical protein  31.6 
 
 
737 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.619127  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2310  hypothetical protein  30.93 
 
 
793 aa  242  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.85 
 
 
799 aa  242  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3848  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.06 
 
 
738 aa  241  4e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1048  hypothetical protein  31.68 
 
 
737 aa  239  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.486822 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.5 
 
 
747 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27 
 
 
801 aa  238  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.43 
 
 
878 aa  236  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2608  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.41 
 
 
833 aa  235  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14730  DNA internalization-related competence protein ComA  31.63 
 
 
711 aa  234  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0603479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.88 
 
 
832 aa  231  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.34 
 
 
843 aa  231  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.03 
 
 
738 aa  229  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.31 
 
 
758 aa  227  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.882312  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.94 
 
 
766 aa  227  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.05 
 
 
737 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.95 
 
 
738 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>