More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1637 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2827  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  48.31 
 
 		 767 aa  679    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0829289 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  42.42 
 
 		 812 aa  635    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1667  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  47.43 
 
 		 795 aa  649    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2675  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  48.4 
 
 		 783 aa  655    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923098  normal  0.0587505 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1682  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  48.28 
 
 		 783 aa  652    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1637  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  100 
 
 		 761 aa  1521    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.594703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1556  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  47.55 
 
 		 774 aa  647    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2423  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  47.19 
 
 		 773 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.395966 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2493  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  47.19 
 
 		 773 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105792  normal  0.137051 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1704  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  48.15 
 
 		 783 aa  650    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0286912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1818  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  48.5 
 
 		 765 aa  691    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0856288  normal  0.218544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  47.62 
 
 		 773 aa  670    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.13038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2803  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  46.7 
 
 		 769 aa  625  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1336  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  42.5 
 
 		 765 aa  542  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.62013 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2389  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  37.58 
 
 		 831 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00142105  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0899  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33 
 
 		 798 aa  329  1.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.383263  normal  0.740662 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.02 
 
 		 762 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2578  hypothetical protein  31.42 
 
 		 763 aa  301  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0251432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2666  hypothetical protein  31.42 
 
 		 763 aa  301  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1958  hypothetical protein  31.3 
 
 		 763 aa  300  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001218  normal  0.195131 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.54 
 
 		 860 aa  296  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2209  hypothetical protein  34.17 
 
 		 747 aa  291  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785174  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  34.83 
 
 		 784 aa  286  9e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2310  hypothetical protein  33.71 
 
 		 793 aa  283  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2207  hypothetical protein  31.6 
 
 		 754 aa  279  1e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.01066  normal  0.239269 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1470  ComEC/rec2 family protein  32.92 
 
 		 752 aa  277  4e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1011  hypothetical protein  31.33 
 
 		 754 aa  276  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00460048  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.98 
 
 		 841 aa  276  1.0000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1768  hypothetical protein  32.51 
 
 		 763 aa  273  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.44185  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1074  hypothetical protein  29.97 
 
 		 754 aa  272  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.361238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1711  hypothetical protein  29.59 
 
 		 737 aa  271  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0805358  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1097  hypothetical protein  32.21 
 
 		 756 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003988  predicted hydrolase of the metallo-beta-lactamase superfamily  30.11 
 
 		 752 aa  268  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00917  conserved inner membrane protein  31.38 
 
 		 754 aa  267  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578469  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2730  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.38 
 
 		 754 aa  267  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2040  hypothetical protein  29.7 
 
 		 763 aa  267  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00924  hypothetical protein  31.38 
 
 		 754 aa  267  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.630751  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2683  hypothetical protein  31.38 
 
 		 754 aa  267  5e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.692344  normal  0.226957 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0989  hypothetical protein  32.21 
 
 		 737 aa  267  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2200  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  41.88 
 
 		 873 aa  264  4e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1081  hypothetical protein  32.36 
 
 		 737 aa  263  8e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.0474337 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1048  hypothetical protein  32.36 
 
 		 737 aa  263  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.486822 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.14 
 
 		 770 aa  262  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1016  hypothetical protein  32.21 
 
 		 737 aa  260  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.619127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01534  hypothetical protein  29.58 
 
 		 752 aa  259  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1702  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.36 
 
 		 839 aa  257  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0283023 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1432  hypothetical protein  31.74 
 
 		 754 aa  254  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.84 
 
 		 766 aa  251  4e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2627  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.62 
 
 		 801 aa  249  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1022  recombination protein 2  29.8 
 
 		 808 aa  249  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.949854  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.66 
 
 		 778 aa  247  6e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.09 
 
 		 839 aa  243  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.72 
 
 		 802 aa  240  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  29.78 
 
 		 847 aa  239  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.54 
 
 		 840 aa  236  8e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1744  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.62 
 
 		 806 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01854  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.09 
 
 		 867 aa  233  8.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  32.06 
 
 		 825 aa  233  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0736  putative competence-related protein  28.63 
 
 		 768 aa  233  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.93 
 
 		 840 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.44 
 
 		 822 aa  227  6e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.3 
 
 		 835 aa  227  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1473  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.79 
 
 		 738 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1508  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.54 
 
 		 737 aa  224  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.12 
 
 		 776 aa  223  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.62 
 
 		 845 aa  222  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  27.36 
 
 		 735 aa  221  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25480  putative competence protein  31.63 
 
 		 741 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  27.84 
 
 		 735 aa  220  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2177  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.42 
 
 		 740 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.589266  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.07 
 
 		 878 aa  220  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.33 
 
 		 747 aa  218  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.18 
 
 		 772 aa  216  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1159  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.94 
 
 		 819 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00785752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.81 
 
 		 737 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.38 
 
 		 800 aa  213  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.38 
 
 		 799 aa  212  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2564  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.36 
 
 		 929 aa  211  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0267783  normal  0.0941772 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.72 
 
 		 832 aa  211  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  30.14 
 
 		 747 aa  210  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.61 
 
 		 766 aa  209  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.07 
 
 		 738 aa  209  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.38 
 
 		 860 aa  207  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1569  ComEC/Rec2-related protein  27.65 
 
 		 801 aa  206  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.32 
 
 		 801 aa  204  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5417  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 		 830 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.95 
 
 		 851 aa  202  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5966  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.94 
 
 		 829 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.814009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2111  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.94 
 
 		 829 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.261797  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2129  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.3 
 
 		 829 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326593  normal  0.0900672 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.39 
 
 		 948 aa  198  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.74 
 
 		 845 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3848  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.41 
 
 		 738 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.81 
 
 		 861 aa  196  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.54 
 
 		 843 aa  196  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.24 
 
 		 829 aa  193  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1611  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  33.43 
 
 		 741 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804409  normal  0.12587 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.45 
 
 		 738 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  30.38 
 
 		 846 aa  188  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.96 
 
 		 833 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.130557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>