121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1083 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 484 aa  968    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02464  probable polysaccharide transport protein  55.28 
 
 		 488 aa  551  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0454325  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  26.14 
 
 		 487 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  21.86 
 
 		 503 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  25.25 
 
 		 474 aa  116  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  25.25 
 
 		 475 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  26.54 
 
 		 490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  25.49 
 
 		 483 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  22.85 
 
 		 508 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  26.21 
 
 		 494 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  22.92 
 
 		 505 aa  99  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  21.25 
 
 		 489 aa  99  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  25.24 
 
 		 493 aa  98.2  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 		 477 aa  96.3  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  23.57 
 
 		 475 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  22.46 
 
 		 487 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  24.85 
 
 		 488 aa  90.5  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  25.56 
 
 		 499 aa  89.7  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  22.07 
 
 		 479 aa  86.7  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1408  polysaccharide biosynthesis protein  25.47 
 
 		 482 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  25.37 
 
 		 508 aa  84  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00691  hypothetical protein  24.8 
 
 		 452 aa  84  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  22.42 
 
 		 486 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  22.58 
 
 		 492 aa  80.5  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  22.11 
 
 		 487 aa  78.6  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  24.04 
 
 		 476 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  24.49 
 
 		 500 aa  77  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  22.88 
 
 		 479 aa  74.3  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 510 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 510 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 503 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 510 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  22.54 
 
 		 483 aa  73.9  0.000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  20.73 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  21.57 
 
 		 484 aa  72.4  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  22.84 
 
 		 492 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  22.08 
 
 		 465 aa  70.9  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2291  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 488 aa  70.9  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  22.02 
 
 		 500 aa  70.5  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  21.08 
 
 		 501 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  20.28 
 
 		 498 aa  70.5  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  21.88 
 
 		 471 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  23.46 
 
 		 482 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  24.85 
 
 		 512 aa  69.7  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  25.08 
 
 		 510 aa  69.7  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  25.08 
 
 		 510 aa  69.7  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0382  polysaccharide biosynthesis protein  27.14 
 
 		 467 aa  68.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.399639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  21.2 
 
 		 507 aa  68.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 503 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  21.73 
 
 		 501 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0143  polysaccharide biosynthesis protein  25.25 
 
 		 477 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.712292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 492 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 492 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 492 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  22.61 
 
 		 492 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 492 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  22.61 
 
 		 492 aa  67.8  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  21.93 
 
 		 492 aa  67.4  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  20.77 
 
 		 501 aa  66.6  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  24.35 
 
 		 509 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  22.34 
 
 		 492 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  23.66 
 
 		 483 aa  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  23.96 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  22.34 
 
 		 492 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  21.56 
 
 		 488 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  22.22 
 
 		 508 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  21.92 
 
 		 480 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3680  polysaccharide biosynthesis protein  22.04 
 
 		 515 aa  62  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  23.31 
 
 		 493 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  22.71 
 
 		 498 aa  62  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  21.58 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  24.24 
 
 		 504 aa  61.2  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2823  polysaccharide biosynthesis protein  19.77 
 
 		 472 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  23.38 
 
 		 500 aa  60.5  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1044  hypothetical protein  24.36 
 
 		 506 aa  60.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  23.33 
 
 		 507 aa  60.1  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  23.48 
 
 		 493 aa  60.1  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 488 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  22.03 
 
 		 467 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  22.96 
 
 		 492 aa  58.9  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1004  polysaccharide biosynthesis protein  23.58 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0175607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 502 aa  58.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0429  polysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 497 aa  57.8  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.67703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  23.74 
 
 		 507 aa  55.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4807  polysaccharide biosynthesis protein  22.96 
 
 		 476 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2587  polysaccharide biosynthesis protein  20.73 
 
 		 508 aa  55.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  22.12 
 
 		 502 aa  54.3  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  21.3 
 
 		 424 aa  53.9  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  21.82 
 
 		 497 aa  53.5  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3122  polysaccharide biosynthesis protein  19.09 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1380  polysaccharide biosynthesis protein  27.36 
 
 		 471 aa  52.8  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0611611  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  22.04 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3684  polysaccharide biosynthesis protein  20.84 
 
 		 490 aa  51.6  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0592169  normal  0.904888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  21.6 
 
 		 497 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3381  polysaccharide biosynthesis protein  21.84 
 
 		 494 aa  51.2  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0051743  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2888  polysaccharide biosynthesis protein  23.34 
 
 		 494 aa  50.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0315028 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  23.03 
 
 		 483 aa  50.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2347  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 499 aa  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3039  polysaccharide biosynthesis protein  20.42 
 
 		 482 aa  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>