172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1320 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 475 aa  942    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  42.74 
 
 		 475 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  42.74 
 
 		 474 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  37.22 
 
 		 487 aa  320  5e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  36.47 
 
 		 479 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  34.51 
 
 		 490 aa  281  2e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1408  polysaccharide biosynthesis protein  36.12 
 
 		 482 aa  263  6e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  26.78 
 
 		 487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  27.66 
 
 		 486 aa  144  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  25.19 
 
 		 499 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  25.42 
 
 		 489 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  27.55 
 
 		 503 aa  140  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  26.13 
 
 		 476 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  26.94 
 
 		 510 aa  136  9e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  26.94 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  27.65 
 
 		 480 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  24.82 
 
 		 483 aa  133  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  26.22 
 
 		 508 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.24308 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  23.61 
 
 		 492 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  26.3 
 
 		 488 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  23.61 
 
 		 492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  23.82 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  23.82 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 507 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  24.13 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  23.61 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  24.13 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  25.9 
 
 		 504 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  28.43 
 
 		 483 aa  127  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  23.77 
 
 		 492 aa  128  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00691  hypothetical protein  22.41 
 
 		 452 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  26.78 
 
 		 504 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  23.41 
 
 		 492 aa  127  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  24.41 
 
 		 510 aa  126  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  23.52 
 
 		 503 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  23.52 
 
 		 510 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  23.52 
 
 		 510 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  28.3 
 
 		 509 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  23.52 
 
 		 510 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  23.52 
 
 		 510 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  27.32 
 
 		 482 aa  123  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 		 488 aa  120  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  25.6 
 
 		 483 aa  119  9e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  24.73 
 
 		 484 aa  118  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  24.67 
 
 		 497 aa  117  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3680  polysaccharide biosynthesis protein  25.99 
 
 		 515 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0892  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 484 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  24.84 
 
 		 502 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  24.1 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  26.3 
 
 		 503 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  26.74 
 
 		 504 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  24.56 
 
 		 493 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  23.34 
 
 		 483 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  24.66 
 
 		 501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 514 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  24.34 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  23.83 
 
 		 501 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  24.83 
 
 		 471 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1004  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0175607 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  26.85 
 
 		 507 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  26.76 
 
 		 504 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  23.8 
 
 		 494 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  23.97 
 
 		 493 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  22.12 
 
 		 505 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1942  polysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 491 aa  101  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  23.83 
 
 		 501 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  25.07 
 
 		 497 aa  100  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  23.98 
 
 		 498 aa  99.4  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  23.41 
 
 		 508 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  25.9 
 
 		 512 aa  99.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  23.57 
 
 		 484 aa  99  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  22.97 
 
 		 479 aa  98.2  3e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  24.28 
 
 		 503 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  23.82 
 
 		 502 aa  96.3  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  20.72 
 
 		 423 aa  95.5  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  23.67 
 
 		 520 aa  95.1  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  26.18 
 
 		 465 aa  95.1  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  25.99 
 
 		 509 aa  94.4  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  29.15 
 
 		 502 aa  94.4  5e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  24.32 
 
 		 508 aa  93.6  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  26.04 
 
 		 493 aa  93.2  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  23.93 
 
 		 484 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  23.35 
 
 		 492 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  24.18 
 
 		 448 aa  92.4  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  25.97 
 
 		 490 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  25.15 
 
 		 493 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 		 483 aa  89.4  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  23.44 
 
 		 492 aa  89.4  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  23.35 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  22.09 
 
 		 500 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  22.22 
 
 		 500 aa  88.6  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2347  polysaccharide biosynthesis protein  23.99 
 
 		 499 aa  87.8  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  22.48 
 
 		 421 aa  87.8  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1044  hypothetical protein  27.13 
 
 		 506 aa  87.8  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 500 aa  87.8  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  25.32 
 
 		 497 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  22.1 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  23.53 
 
 		 502 aa  84.3  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  21.78 
 
 		 575 aa  81.6  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>