93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1380 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1380  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 471 aa  918    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0611611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2823  polysaccharide biosynthesis protein  32.96 
 
 		 472 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  25.51 
 
 		 487 aa  93.2  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  23.3 
 
 		 483 aa  92.4  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 490 aa  87.4  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  23.45 
 
 		 493 aa  83.6  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  23.86 
 
 		 483 aa  80.1  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  27.36 
 
 		 498 aa  79  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  24.77 
 
 		 503 aa  77.4  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  25.8 
 
 		 503 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  25.8 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  25.8 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  25.8 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  25.8 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  25.12 
 
 		 479 aa  73.6  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  24.1 
 
 		 480 aa  70.1  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  25.73 
 
 		 502 aa  68.6  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  23.62 
 
 		 489 aa  68.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  23.8 
 
 		 492 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  23.8 
 
 		 492 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  22.89 
 
 		 492 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 487 aa  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  22.89 
 
 		 492 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  27.96 
 
 		 503 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  22.89 
 
 		 492 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  22.89 
 
 		 492 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  22.73 
 
 		 492 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 		 500 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  23.12 
 
 		 486 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  24.39 
 
 		 484 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  26.61 
 
 		 471 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  23.19 
 
 		 492 aa  63.5  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  23.17 
 
 		 493 aa  63.5  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  22.73 
 
 		 492 aa  63.2  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  22.64 
 
 		 520 aa  62.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  23.28 
 
 		 507 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  26.06 
 
 		 499 aa  62  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  22.11 
 
 		 475 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  22.38 
 
 		 476 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  21.31 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  22.95 
 
 		 484 aa  60.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  23.97 
 
 		 512 aa  60.5  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  22.26 
 
 		 494 aa  60.5  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3680  polysaccharide biosynthesis protein  24.23 
 
 		 515 aa  60.1  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 510 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  27.36 
 
 		 484 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3544  polysaccharide biosynthesis protein  24.53 
 
 		 530 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 		 502 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  19.65 
 
 		 497 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3348  polysaccharide biosynthesis protein  24.34 
 
 		 502 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  23.46 
 
 		 423 aa  57.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  22.99 
 
 		 508 aa  57.4  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  21.93 
 
 		 474 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  21.61 
 
 		 502 aa  55.8  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 500 aa  56.2  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  21.93 
 
 		 475 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  22.37 
 
 		 510 aa  55.8  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0429  polysaccharide biosynthesis protein  23.18 
 
 		 497 aa  55.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.67703  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3381  polysaccharide biosynthesis protein  23.36 
 
 		 494 aa  55.5  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0051743  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  21.85 
 
 		 510 aa  55.1  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  22.64 
 
 		 477 aa  54.3  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  21.74 
 
 		 492 aa  54.3  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  21.9 
 
 		 482 aa  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  25.57 
 
 		 502 aa  52.4  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  22.97 
 
 		 487 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  23.55 
 
 		 507 aa  52.4  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  24.26 
 
 		 479 aa  52.4  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0382  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 467 aa  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.399639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  18.14 
 
 		 504 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 		 507 aa  50.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  25.91 
 
 		 467 aa  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  23.66 
 
 		 503 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  23.17 
 
 		 488 aa  49.3  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  22.47 
 
 		 497 aa  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  20.98 
 
 		 483 aa  48.1  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3684  polysaccharide biosynthesis protein  25.36 
 
 		 490 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0592169  normal  0.904888 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  22.7 
 
 		 421 aa  47  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  27.52 
 
 		 504 aa  46.6  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 533 aa  46.6  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 490 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  21.59 
 
 		 505 aa  46.2  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1083  PST family polysaccharide exporter  19.14 
 
 		 467 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  22.49 
 
 		 500 aa  46.6  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  22.71 
 
 		 483 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  25.64 
 
 		 501 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0248  hypothetical protein  23.59 
 
 		 487 aa  45.1  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1044  hypothetical protein  25 
 
 		 506 aa  44.3  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  20.12 
 
 		 492 aa  43.9  0.006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  21.29 
 
 		 514 aa  43.9  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  24.79 
 
 		 501 aa  43.9  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0698  polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 449 aa  43.1  0.009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0788223  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2459  polysaccharide biosynthesis protein  22.42 
 
 		 415 aa  43.1  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  27.17 
 
 		 508 aa  43.1  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>