114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2347 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2347  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 499 aa  989    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  30.87 
 
 		 507 aa  156  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  28.18 
 
 		 512 aa  156  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  22.74 
 
 		 502 aa  103  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  24.86 
 
 		 490 aa  102  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0248  hypothetical protein  25.59 
 
 		 487 aa  98.6  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  26.22 
 
 		 486 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 		 484 aa  96.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  25.15 
 
 		 509 aa  95.9  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  27.42 
 
 		 508 aa  90.1  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  24.62 
 
 		 487 aa  87.8  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  25.41 
 
 		 520 aa  87.8  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  24.52 
 
 		 479 aa  87.4  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  24.23 
 
 		 503 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  28.38 
 
 		 489 aa  84.3  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  24.57 
 
 		 476 aa  84  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0892  polysaccharide biosynthesis protein  24.04 
 
 		 484 aa  83.2  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  23.67 
 
 		 503 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  25.38 
 
 		 493 aa  82  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  24.78 
 
 		 488 aa  81.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  23.99 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  24.59 
 
 		 483 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  26.16 
 
 		 492 aa  80.9  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  23.72 
 
 		 475 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  23.72 
 
 		 474 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  24.84 
 
 		 490 aa  78.6  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  24.55 
 
 		 494 aa  78.2  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  21.94 
 
 		 487 aa  76.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  25.2 
 
 		 482 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1187  polysaccharide biosynthesis protein  21.62 
 
 		 488 aa  75.1  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  27.35 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  24.08 
 
 		 492 aa  74.3  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  23.71 
 
 		 492 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  22.67 
 
 		 479 aa  72.8  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  20.61 
 
 		 487 aa  72.8  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  24.02 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  25.45 
 
 		 483 aa  72  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  24.02 
 
 		 492 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  24.02 
 
 		 492 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  24.02 
 
 		 492 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  24.02 
 
 		 492 aa  71.2  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  24.02 
 
 		 492 aa  71.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  23.4 
 
 		 510 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  23.4 
 
 		 510 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  23.4 
 
 		 510 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 467 aa  70.9  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  23.4 
 
 		 510 aa  70.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  22.72 
 
 		 483 aa  70.5  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  23.2 
 
 		 502 aa  70.1  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  23.4 
 
 		 503 aa  70.1  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  24.22 
 
 		 465 aa  69.7  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.16434 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  23.72 
 
 		 492 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3544  polysaccharide biosynthesis protein  23.68 
 
 		 530 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3847  PST family polysaccharide export protein  23.8 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  26.1 
 
 		 448 aa  67.8  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  22.49 
 
 		 492 aa  67.4  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  22.02 
 
 		 501 aa  67  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  24.26 
 
 		 510 aa  67  0.0000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  24.26 
 
 		 510 aa  67  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  26.95 
 
 		 480 aa  67  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  25.65 
 
 		 498 aa  66.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0143  polysaccharide biosynthesis protein  25.31 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.712292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  22.19 
 
 		 488 aa  64.3  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  22.41 
 
 		 484 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  23.99 
 
 		 503 aa  62  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  20.74 
 
 		 501 aa  61.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0832  polysaccharide biosynthesis protein  24.33 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  22.94 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  22.94 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  21.47 
 
 		 493 aa  59.7  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  21.21 
 
 		 505 aa  59.7  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1942  polysaccharide biosynthesis protein  23.71 
 
 		 491 aa  58.9  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  22.11 
 
 		 483 aa  59.3  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  23.75 
 
 		 507 aa  58.5  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  24.61 
 
 		 421 aa  56.2  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  20.74 
 
 		 501 aa  56.6  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  22.46 
 
 		 423 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2913  polysaccharide biosynthesis protein  23.5 
 
 		 458 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.953336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 		 492 aa  53.5  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3346  polysaccharide biosynthesis protein  23.05 
 
 		 472 aa  53.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.176331  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  22 
 
 		 497 aa  52.8  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4055  polysaccharide biosynthesis protein  26.1 
 
 		 469 aa  53.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  21.62 
 
 		 498 aa  52.8  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02464  probable polysaccharide transport protein  19.83 
 
 		 488 aa  52.4  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0454325  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  21.91 
 
 		 504 aa  52.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  21.47 
 
 		 514 aa  50.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1083  PST family polysaccharide exporter  21.71 
 
 		 467 aa  50.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 		 484 aa  50.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  23.03 
 
 		 483 aa  50.4  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  23.16 
 
 		 575 aa  49.7  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  22.44 
 
 		 504 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0382  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 467 aa  49.3  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.399639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  20.59 
 
 		 507 aa  49.7  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2459  polysaccharide biosynthesis protein  21.14 
 
 		 415 aa  49.3  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1055  hypothetical protein  22.48 
 
 		 508 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  22.77 
 
 		 533 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 497 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  21.98 
 
 		 502 aa  48.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  20.27 
 
 		 510 aa  47.8  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3684  polysaccharide biosynthesis protein  20.97 
 
 		 490 aa  47  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0592169  normal  0.904888 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>