138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2888 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2888  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 494 aa  989    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0315028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  27.68 
 
 		 493 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  26.02 
 
 		 482 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  23.44 
 
 		 490 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  25.81 
 
 		 483 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  23.49 
 
 		 483 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  24.55 
 
 		 487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  24.08 
 
 		 487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  26.67 
 
 		 507 aa  110  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  26.91 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  26.7 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  26.03 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  26.7 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  28.21 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  26.7 
 
 		 492 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  26.7 
 
 		 492 aa  101  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  26.7 
 
 		 492 aa  101  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  26.7 
 
 		 492 aa  101  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  26.03 
 
 		 492 aa  100  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  25.76 
 
 		 505 aa  99.4  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  26.06 
 
 		 488 aa  99  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  25.71 
 
 		 489 aa  98.2  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  28.47 
 
 		 501 aa  97.8  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  25.54 
 
 		 510 aa  97.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  25.54 
 
 		 510 aa  97.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  26.27 
 
 		 493 aa  97.1  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 		 509 aa  97.1  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  25.54 
 
 		 503 aa  97.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  25.54 
 
 		 510 aa  97.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  25.54 
 
 		 510 aa  97.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  27.21 
 
 		 501 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  25.06 
 
 		 497 aa  96.3  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  24.29 
 
 		 502 aa  95.5  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  28.52 
 
 		 509 aa  94.7  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  23.37 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  25.86 
 
 		 488 aa  92  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  29.02 
 
 		 503 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  25.56 
 
 		 484 aa  91.3  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  28.15 
 
 		 510 aa  90.1  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  22.73 
 
 		 503 aa  90.1  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  23.32 
 
 		 476 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  24.75 
 
 		 501 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  25.44 
 
 		 514 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  24.47 
 
 		 504 aa  88.2  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  27.61 
 
 		 494 aa  88.2  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  24.43 
 
 		 510 aa  88.2  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 510 aa  87.4  5e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  29.67 
 
 		 490 aa  87.4  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  24.47 
 
 		 504 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 479 aa  86.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  25.56 
 
 		 480 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  25.15 
 
 		 508 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  21.63 
 
 		 483 aa  81.6  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  28.06 
 
 		 492 aa  81.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  22.19 
 
 		 499 aa  80.1  0.00000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1408  polysaccharide biosynthesis protein  25.27 
 
 		 482 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  26.78 
 
 		 497 aa  79.7  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.482446 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 		 503 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3544  polysaccharide biosynthesis protein  25.64 
 
 		 530 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  22.01 
 
 		 508 aa  77.8  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  23.7 
 
 		 475 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  21.91 
 
 		 483 aa  77.4  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  20.15 
 
 		 487 aa  76.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  24.02 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  25.05 
 
 		 504 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2414  polysaccharide biosynthesis protein  25.63 
 
 		 492 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0777  polysaccharide biosynthesis protein  21.65 
 
 		 504 aa  73.9  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1004  polysaccharide biosynthesis protein  25.24 
 
 		 514 aa  73.6  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0175607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3680  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  23.43 
 
 		 484 aa  72.8  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  23.64 
 
 		 508 aa  73.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  22.25 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  27.15 
 
 		 502 aa  72.4  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4055  polysaccharide biosynthesis protein  26.52 
 
 		 469 aa  70.9  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  28.68 
 
 		 575 aa  70.9  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0892  polysaccharide biosynthesis protein  23.99 
 
 		 484 aa  70.9  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  22.51 
 
 		 475 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  22.51 
 
 		 474 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1083  polysaccharide biosynthesis protein  23.34 
 
 		 484 aa  67.8  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.945146  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  25.14 
 
 		 502 aa  67  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0032  polysaccharide biosynthesis protein  22.42 
 
 		 487 aa  67  0.0000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.166793 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  22.19 
 
 		 448 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3528  polysaccharide biosynthesis protein  22.49 
 
 		 481 aa  66.6  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000418203  normal  0.0383935 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  19.82 
 
 		 479 aa  66.6  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  24.65 
 
 		 471 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  22.16 
 
 		 498 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  21.01 
 
 		 502 aa  63.2  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  24.21 
 
 		 504 aa  62.4  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  26.89 
 
 		 512 aa  62.4  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8492  polysaccharide biosynthesis protein  22.92 
 
 		 533 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.941649 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  23.87 
 
 		 500 aa  61.6  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2965  polysaccharide biosynthesis protein  21.45 
 
 		 500 aa  62  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  21.28 
 
 		 424 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  23.38 
 
 		 483 aa  61.6  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  24.22 
 
 		 498 aa  60.8  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  26.51 
 
 		 507 aa  61.2  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1190  polysaccharide biosynthesis protein  21.82 
 
 		 490 aa  60.8  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02594  possible polysaccharide export protein  23.44 
 
 		 493 aa  60.8  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1209  polysaccharide biosynthesis protein  23.2 
 
 		 492 aa  60.1  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  24.12 
 
 		 520 aa  60.1  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>