86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3042 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3042  terminase, large subunit, putative  100 
 
 		 678 aa  1408    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32998  normal  0.381128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1195  terminase GpA  86.47 
 
 		 680 aa  1201    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.992301  normal  0.0460399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3412  terminase, large subunit  80.67 
 
 		 674 aa  1047    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2579  phage terminase GpA  42.4 
 
 		 618 aa  435  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2748  phage terminase GpA  42.5 
 
 		 618 aa  431  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00692747 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2050  phage terminase GpA  42.33 
 
 		 618 aa  432  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1322  phage terminase GpA  42.55 
 
 		 618 aa  431  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0526731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2820  phage terminase GpA  42.21 
 
 		 618 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0853  bacteriophage-like protein  41.08 
 
 		 660 aa  412  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0455431 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2658  prophage LambdaMc01, terminase, large subunit  40.26 
 
 		 656 aa  396  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1257  phage terminase GpA  40.57 
 
 		 618 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268782 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2899  phage terminase GpA  40.57 
 
 		 618 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481651 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3209  terminase GpA  40.1 
 
 		 651 aa  395  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0265  prophage LambdaW1, terminase large subunit, putative  38.5 
 
 		 608 aa  389  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0731  putative phage terminase large subunit  38.75 
 
 		 626 aa  388  1e-106  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0597  prophage LambdaW4, terminase large subunit, putative  38.35 
 
 		 607 aa  389  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.201542  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0810  phage terminase GpA  37.64 
 
 		 614 aa  360  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00486859 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1170  terminase GpA  37.76 
 
 		 684 aa  357  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1203  phage terminase GpA  36.05 
 
 		 614 aa  312  1e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4922  terminase GpA  34.54 
 
 		 616 aa  311  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0380287 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0414  phage-related terminase large subunit  33.28 
 
 		 650 aa  286  8e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1153  phage-related terminase large subunit  33.28 
 
 		 650 aa  286  8e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1173  terminase GpA  33.28 
 
 		 650 aa  283  6.000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1302  phage terminase GpA  32.37 
 
 		 650 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.656027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0598  terminase GpA  30.97 
 
 		 720 aa  266  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2514  terminase GpA  31.56 
 
 		 604 aa  261  4e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1779  phage terminase GpA  31.86 
 
 		 593 aa  260  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0453691  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3858  terminase GpA  30.05 
 
 		 692 aa  259  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5775  terminase GpA  30.02 
 
 		 689 aa  256  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0279  terminase GpA  30.34 
 
 		 692 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0131  phage terminase GpA  32.77 
 
 		 592 aa  252  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2309  phage terminase GpA  31.47 
 
 		 605 aa  248  3e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1042  Phage terminase GpA  31.01 
 
 		 665 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0571086  normal  0.208633 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0672  Phage terminase GpA  29.85 
 
 		 725 aa  243  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2392  phage terminase GpA  31.72 
 
 		 587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2094  Phage terminase large subunit (GpA)  31.07 
 
 		 708 aa  241  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0401019  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1877  phage terminase GpA  30.78 
 
 		 662 aa  241  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3176  phage terminase GpA  33.12 
 
 		 693 aa  237  6e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1688  terminase GpA  29.7 
 
 		 699 aa  234  5e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4687  terminase GpA  32.27 
 
 		 698 aa  228  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1108  terminase GpA  30.11 
 
 		 639 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3337  phage terminase GpA  31.38 
 
 		 1179 aa  216  9e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.27063  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2257  phage terminase GpA  30.33 
 
 		 725 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.305557  normal  0.307973 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6601  putative phage terminase large subunit  29.69 
 
 		 677 aa  212  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1660  phage terminase GpA  28.11 
 
 		 680 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.284129 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00731  hypothetical protein  29.62 
 
 		 641 aa  192  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.634997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1620  phage terminase large subunit  29.45 
 
 		 641 aa  192  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047658 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10036  DNA packaging protein  29.62 
 
 		 641 aa  192  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.722543  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2091  terminase GpA  29.62 
 
 		 641 aa  191  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.11571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1783  phage terminase large subunit  29.45 
 
 		 641 aa  191  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1286  phage terminase large subunit (GpA)  30.12 
 
 		 642 aa  191  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1454  phage terminase large subunit (GpA)  29.55 
 
 		 642 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2815  phage terminase large subunit  29.72 
 
 		 643 aa  177  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.326238 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2311  Phage terminase large subunit (gp15)  26.64 
 
 		 671 aa  174  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01978  hypothetical protein  27.13 
 
 		 635 aa  172  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3601  phage terminase GpA  27.45 
 
 		 665 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0780  terminase GpA  27.33 
 
 		 665 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.366774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0784  phage terminase GpA  27.3 
 
 		 665 aa  169  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0205779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0753  phage terminase GpA  27.3 
 
 		 665 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2230  phage terminase large subunit (GpA)  27.87 
 
 		 654 aa  163  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3252  phage terminase GpA  28.47 
 
 		 634 aa  160  6e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2042  terminase GpA  27.71 
 
 		 641 aa  158  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.324943  normal  0.0895639 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1675  phage terminase GpA  26.95 
 
 		 660 aa  157  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0896  phage terminase large subunit  26.28 
 
 		 700 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3136  phage terminase large subunit  26.53 
 
 		 707 aa  141  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000155862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3205  phage terminase large subunit  26.53 
 
 		 707 aa  141  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1861  phage terminase large subunit  26.53 
 
 		 707 aa  141  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000286067 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0832  phage terminase large subunit (GpA)  26.82 
 
 		 529 aa  141  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.325192  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1506  phage terminase GpA  25.86 
 
 		 711 aa  139  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.397253  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2193  phage terminase GpA  27.23 
 
 		 685 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.457009  hitchhiker  0.0000566612 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0692  phage terminase large subunit  25.77 
 
 		 709 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000410433 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1140  phage terminase large subunit  26.14 
 
 		 713 aa  130  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1889  terminase GpA  31.15 
 
 		 675 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0378909  hitchhiker  0.0000599128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1068  phage terminase large subunit  25.98 
 
 		 713 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000112902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1405  phage terminase large subunit  25.98 
 
 		 713 aa  127  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000837607 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3066  putative phage terminase GpA  26.48 
 
 		 700 aa  127  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267291  hitchhiker  0.000127261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4146  terminase GpA  25.76 
 
 		 692 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1056  phage terminase GpA  25.32 
 
 		 641 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6527  terminase GpA  25.68 
 
 		 697 aa  108  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289331  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3357  phage terminase GpA  26.72 
 
 		 720 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27922 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3781  putative phage terminase large subunit  27.2 
 
 		 720 aa  107  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2463  terminase GpA  25.64 
 
 		 690 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3430  terminase GpA  23.94 
 
 		 748 aa  67.8  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1355  Bacteriophage tail assembly protein-like protein  26 
 
 		 565 aa  55.8  0.000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00357201  hitchhiker  0.000000000207538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6670  hypothetical protein  26.09 
 
 		 330 aa  54.3  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03899  product of A truncated bacteriophage gene protein  50.88 
 
 		 97 aa  43.9  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.670346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>