84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1660 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1660  phage terminase GpA  100 
 
 		 680 aa  1415    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.284129 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2658  prophage LambdaMc01, terminase, large subunit  29.95 
 
 		 656 aa  236  8e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0265  prophage LambdaW1, terminase large subunit, putative  27.94 
 
 		 608 aa  231  5e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0853  bacteriophage-like protein  29.05 
 
 		 660 aa  230  5e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0455431 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3209  terminase GpA  29.41 
 
 		 651 aa  230  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0731  putative phage terminase large subunit  28.68 
 
 		 626 aa  227  6e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0597  prophage LambdaW4, terminase large subunit, putative  26.79 
 
 		 607 aa  218  4e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.201542  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3042  terminase, large subunit, putative  28.11 
 
 		 678 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32998  normal  0.381128 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1042  Phage terminase GpA  29.55 
 
 		 665 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0571086  normal  0.208633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6601  putative phage terminase large subunit  27.05 
 
 		 677 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2579  phage terminase GpA  28.48 
 
 		 618 aa  194  4e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1322  phage terminase GpA  28.52 
 
 		 618 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0526731 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2820  phage terminase GpA  28.31 
 
 		 618 aa  192  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2748  phage terminase GpA  28.81 
 
 		 618 aa  192  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00692747 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1203  phage terminase GpA  27.18 
 
 		 614 aa  190  7e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2050  phage terminase GpA  28.31 
 
 		 618 aa  189  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184089 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0810  phage terminase GpA  26.63 
 
 		 614 aa  189  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00486859 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1257  phage terminase GpA  28.64 
 
 		 618 aa  189  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268782 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0598  terminase GpA  27.12 
 
 		 720 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2899  phage terminase GpA  28.31 
 
 		 618 aa  185  2.0000000000000003e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1195  terminase GpA  26.2 
 
 		 680 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.992301  normal  0.0460399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3858  terminase GpA  25.62 
 
 		 692 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2311  Phage terminase large subunit (gp15)  25.95 
 
 		 671 aa  166  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5775  terminase GpA  25.58 
 
 		 689 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3412  terminase, large subunit  25.6 
 
 		 674 aa  163  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1170  terminase GpA  24.46 
 
 		 684 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1688  terminase GpA  28.18 
 
 		 699 aa  163  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0279  terminase GpA  25.54 
 
 		 692 aa  159  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3176  phage terminase GpA  25.59 
 
 		 693 aa  157  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.693881 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4922  terminase GpA  26.01 
 
 		 616 aa  153  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0380287 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1779  phage terminase GpA  24.75 
 
 		 593 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0453691  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2514  terminase GpA  23.42 
 
 		 604 aa  152  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1877  phage terminase GpA  26.07 
 
 		 662 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0131  phage terminase GpA  24.58 
 
 		 592 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2309  phage terminase GpA  24.11 
 
 		 605 aa  143  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0780  terminase GpA  25.12 
 
 		 665 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.366774 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3601  phage terminase GpA  24.96 
 
 		 665 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2392  phage terminase GpA  24.58 
 
 		 587 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1675  phage terminase GpA  24.48 
 
 		 660 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0784  phage terminase GpA  24.96 
 
 		 665 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0205779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0753  phage terminase GpA  25.04 
 
 		 665 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1302  phage terminase GpA  25.49 
 
 		 650 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.656027 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1173  terminase GpA  24.38 
 
 		 650 aa  130  8.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1454  phage terminase large subunit (GpA)  23.47 
 
 		 642 aa  130  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3337  phage terminase GpA  23.66 
 
 		 1179 aa  130  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.27063  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1108  terminase GpA  26.42 
 
 		 639 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1889  terminase GpA  24.46 
 
 		 675 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0378909  hitchhiker  0.0000599128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3252  phage terminase GpA  25.17 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1286  phage terminase large subunit (GpA)  23.42 
 
 		 642 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0414  phage-related terminase large subunit  23.84 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1153  phage-related terminase large subunit  23.84 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2193  phage terminase GpA  26.45 
 
 		 685 aa  124  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.457009  hitchhiker  0.0000566612 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2257  phage terminase GpA  26.05 
 
 		 725 aa  124  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.305557  normal  0.307973 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2815  phage terminase large subunit  22.92 
 
 		 643 aa  122  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.326238 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0672  Phage terminase GpA  27.11 
 
 		 725 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2091  terminase GpA  23.64 
 
 		 641 aa  117  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.11571  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10036  DNA packaging protein  23.64 
 
 		 641 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.722543  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00731  hypothetical protein  23.64 
 
 		 641 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.634997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1620  phage terminase large subunit  23.53 
 
 		 641 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1783  phage terminase large subunit  23.36 
 
 		 641 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2094  Phage terminase large subunit (GpA)  23.31 
 
 		 708 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0401019  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0832  phage terminase large subunit (GpA)  23.7 
 
 		 529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.325192  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4687  terminase GpA  23.14 
 
 		 698 aa  105  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2042  terminase GpA  24.42 
 
 		 641 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.324943  normal  0.0895639 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01978  hypothetical protein  23.31 
 
 		 635 aa  102  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1506  phage terminase GpA  22.74 
 
 		 711 aa  84.7  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.397253  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2230  phage terminase large subunit (GpA)  21.79 
 
 		 654 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0692  phage terminase large subunit  23.36 
 
 		 709 aa  77.4  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000410433 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1140  phage terminase large subunit  23.88 
 
 		 713 aa  77.4  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1861  phage terminase large subunit  24.15 
 
 		 707 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000286067 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3136  phage terminase large subunit  24.15 
 
 		 707 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000155862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3205  phage terminase large subunit  24.15 
 
 		 707 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1068  phage terminase large subunit  23.57 
 
 		 713 aa  74.3  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000112902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1405  phage terminase large subunit  23.57 
 
 		 713 aa  74.3  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000837607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4146  terminase GpA  23.71 
 
 		 692 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2463  terminase GpA  23.49 
 
 		 690 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0896  phage terminase large subunit  23.83 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3066  putative phage terminase GpA  23.1 
 
 		 700 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267291  hitchhiker  0.000127261 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3357  phage terminase GpA  22.72 
 
 		 720 aa  61.2  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27922 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6527  terminase GpA  23.04 
 
 		 697 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289331  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3781  putative phage terminase large subunit  22.6 
 
 		 720 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2131  hypothetical protein  29.68 
 
 		 703 aa  59.3  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1056  phage terminase GpA  20.58 
 
 		 641 aa  57.4  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.172605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3640  metal dependent phosphohydrolase  24.58 
 
 		 320 aa  43.9  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>