142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2371 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2371  RimK domain protein ATP-grasp  100 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646066  decreased coverage  0.000117185 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4961  hypothetical protein  41.23 
 
 		 328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0913  RimK domain protein ATP-grasp  46.6 
 
 		 310 aa  192  8e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0304393 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1753  RimK domain protein ATP-grasp  36.67 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2122  hypothetical protein  34.55 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2528  hypothetical protein  27.72 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03513  hypothetical protein  29.22 
 
 		 333 aa  99.4  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5021  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.49 
 
 		 339 aa  99  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.548903  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1835  RimK domain protein ATP-grasp  35.65 
 
 		 313 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1840  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.33 
 
 		 313 aa  91.3  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3330  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.08 
 
 		 311 aa  86.7  5e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00052776 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0326  RimK domain protein ATP-grasp  25 
 
 		 328 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.967856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4917  RimK domain-containing protein ATP-grasp  29.78 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.278599  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1948  hypothetical protein  29.7 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5450  RimK domain protein ATP-grasp  28.12 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1722  RimK domain protein ATP-grasp  27.24 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.841906  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1806  hypothetical protein  30.24 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3706  hypothetical protein  29.09 
 
 		 319 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107564 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.33 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0192  hypothetical protein  28.89 
 
 		 321 aa  72.4  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2651  hypothetical protein  30.11 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2425  hypothetical protein  27.64 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0304721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0610  hypothetical protein  29.61 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1829  hypothetical protein  27.62 
 
 		 352 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.151817  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2877  hypothetical protein  29.73 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2583  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.86 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.549073  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2213  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.86 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.262107 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4350  RimK domain-containing protein ATP-grasp  29.87 
 
 		 367 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1618  hypothetical protein  25.11 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0803612  normal  0.0682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  25.75 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  25.21 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.76 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  23.93 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0325  RimK domain protein ATP-grasp  28.04 
 
 		 325 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  26.32 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.41 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  26.07 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  25.58 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.61 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.08 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  25.12 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1619  hypothetical protein  25.38 
 
 		 325 aa  55.8  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0869358  normal  0.0689517 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  25.65 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.97 
 
 		 295 aa  54.7  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.5 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.73 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  28.09 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  25 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  24.91 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  24.91 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  23.08 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  23.32 
 
 		 286 aa  53.5  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  27.04 
 
 		 301 aa  53.1  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  23.7 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  27.06 
 
 		 304 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.06 
 
 		 304 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.35 
 
 		 301 aa  52.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.77 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  25.58 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  31.68 
 
 		 340 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  24.79 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.36 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.67 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.4 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  25.2 
 
 		 293 aa  50.4  0.00004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  25.64 
 
 		 264 aa  50.1  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.2 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  26.72 
 
 		 299 aa  49.7  0.00007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31 
 
 		 314 aa  49.7  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  26.73 
 
 		 301 aa  49.3  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  26.13 
 
 		 303 aa  49.3  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.22 
 
 		 471 aa  48.9  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  26.13 
 
 		 303 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  26.54 
 
 		 309 aa  48.9  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  23.85 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.61 
 
 		 302 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.62 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.61 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.61 
 
 		 302 aa  47.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  22.91 
 
 		 301 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  22.91 
 
 		 301 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  26.07 
 
 		 328 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  22.91 
 
 		 301 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  26.07 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  23.44 
 
 		 292 aa  46.2  0.0006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  22.91 
 
 		 301 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.07 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.27 
 
 		 300 aa  46.6  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  26.07 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.01 
 
 		 301 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.18 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.18 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.18 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  23.91 
 
 		 301 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  22.52 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0482  glutathione synthetase  27.87 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.580777  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  24.64 
 
 		 338 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  25.13 
 
 		 292 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1175  hypothetical protein  26.7 
 
 		 267 aa  45.4  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.521808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  26.99 
 
 		 302 aa  45.8  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>