102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03513 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03513  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  702    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4961  hypothetical protein  27.34 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2371  RimK domain protein ATP-grasp  29.22 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646066  decreased coverage  0.000117185 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0913  RimK domain protein ATP-grasp  28.44 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0304393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1840  RimK domain-containing protein ATP-grasp  31.98 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5021  RimK domain-containing protein ATP-grasp  29.95 
 
 		 339 aa  71.6  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.548903  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1753  RimK domain protein ATP-grasp  29.23 
 
 		 313 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1722  RimK domain protein ATP-grasp  22.32 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.841906  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3330  RimK domain-containing protein ATP-grasp  25.23 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00052776 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3706  hypothetical protein  26.14 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107564 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1806  hypothetical protein  25.49 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2425  hypothetical protein  24.02 
 
 		 318 aa  64.7  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0304721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2122  hypothetical protein  25.27 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5450  RimK domain protein ATP-grasp  25.84 
 
 		 325 aa  63.5  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4917  RimK domain-containing protein ATP-grasp  24.69 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.278599  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0326  RimK domain protein ATP-grasp  25.63 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.967856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2528  hypothetical protein  30.68 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0325  RimK domain protein ATP-grasp  25 
 
 		 325 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0610  hypothetical protein  25.22 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1948  hypothetical protein  26.11 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.88 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  24.76 
 
 		 458 aa  56.2  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  30.7 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  30.7 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  30.7 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  30.7 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  30.7 
 
 		 300 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0192  hypothetical protein  25.7 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  25.86 
 
 		 310 aa  54.7  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1835  RimK domain protein ATP-grasp  27.18 
 
 		 313 aa  54.7  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.82 
 
 		 300 aa  55.1  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.85 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  29.66 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  26.23 
 
 		 301 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  29.06 
 
 		 301 aa  53.1  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.68 
 
 		 299 aa  53.1  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2651  hypothetical protein  25.66 
 
 		 319 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  52  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  27.03 
 
 		 301 aa  51.6  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.81 
 
 		 300 aa  51.2  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.83 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  22.27 
 
 		 292 aa  50.8  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  28.1 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  26.89 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  27.97 
 
 		 301 aa  50.4  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  23.05 
 
 		 292 aa  50.1  0.00005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  25.47 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  30.25 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  30.25 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  30.25 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.25 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.78 
 
 		 301 aa  49.7  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  27.43 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1618  hypothetical protein  23.71 
 
 		 327 aa  49.7  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0803612  normal  0.0682 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  27.59 
 
 		 301 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  27.59 
 
 		 301 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  27.03 
 
 		 300 aa  49.3  0.00009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  30.25 
 
 		 301 aa  49.3  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  29.31 
 
 		 300 aa  49.3  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.83 
 
 		 302 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.83 
 
 		 302 aa  49.3  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2877  hypothetical protein  24.5 
 
 		 319 aa  49.3  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1619  hypothetical protein  23.33 
 
 		 325 aa  48.9  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0869358  normal  0.0689517 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 302 aa  49.3  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  21.9 
 
 		 456 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.45 
 
 		 300 aa  49.3  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  25.64 
 
 		 301 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  25 
 
 		 301 aa  48.5  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  24.19 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.16 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  27.43 
 
 		 300 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  22.8 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  20.95 
 
 		 459 aa  47.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  25 
 
 		 282 aa  47.4  0.0004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.06 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  29.06 
 
 		 301 aa  47  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  25.86 
 
 		 301 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.86 
 
 		 301 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.44 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  24.31 
 
 		 267 aa  45.4  0.001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3770  S6 modification enzyme RimK  31.91 
 
 		 302 aa  45.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  26.5 
 
 		 302 aa  44.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  24.18 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  26.96 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.62 
 
 		 301 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  25.86 
 
 		 303 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  25 
 
 		 303 aa  44.3  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.15 
 
 		 282 aa  43.9  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  25 
 
 		 301 aa  43.5  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>