47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3706 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3706  hypothetical protein  100 
 
 		 319 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2651  hypothetical protein  64.78 
 
 		 319 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1722  RimK domain protein ATP-grasp  54.81 
 
 		 320 aa  358  7e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.841906  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0610  hypothetical protein  36.08 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1948  hypothetical protein  32.72 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5021  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.11 
 
 		 339 aa  159  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.548903  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4917  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.91 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.278599  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3330  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.19 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00052776 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2425  hypothetical protein  34.6 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0304721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2877  hypothetical protein  30.63 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5450  RimK domain protein ATP-grasp  30.38 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1806  hypothetical protein  34.7 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0496  hypothetical protein  30.28 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0326  RimK domain protein ATP-grasp  32.81 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.967856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0192  hypothetical protein  30.82 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1618  hypothetical protein  29.5 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0803612  normal  0.0682 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0325  RimK domain protein ATP-grasp  29.91 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1619  hypothetical protein  26.48 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0869358  normal  0.0689517 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1829  hypothetical protein  28.62 
 
 		 352 aa  109  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.151817  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1753  RimK domain protein ATP-grasp  30.98 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2122  hypothetical protein  30.89 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1840  RimK domain-containing protein ATP-grasp  29.17 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1835  RimK domain protein ATP-grasp  26.75 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2371  RimK domain protein ATP-grasp  29.09 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646066  decreased coverage  0.000117185 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4350  RimK domain-containing protein ATP-grasp  28.81 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0913  RimK domain protein ATP-grasp  25.67 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0304393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03513  hypothetical protein  26.14 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4961  hypothetical protein  29.47 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  30.39 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0690  hypothetical protein  26.36 
 
 		 639 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.94 
 
 		 299 aa  52  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.15 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.93 
 
 		 295 aa  51.2  0.00003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  23.45 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  27.7 
 
 		 299 aa  49.3  0.00009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  24.3 
 
 		 282 aa  49.3  0.00009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.46 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  23.83 
 
 		 283 aa  47.4  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21920  RimK-like protein  29.25 
 
 		 279 aa  47  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0852539  normal  0.847097 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  25 
 
 		 302 aa  46.6  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  25 
 
 		 302 aa  46.6  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.88 
 
 		 299 aa  46.2  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.27 
 
 		 306 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  25.26 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  26.73 
 
 		 333 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0763  alpha-L-glutamate ligase  36.71 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.708688  normal  0.325873 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  23.36 
 
 		 267 aa  43.1  0.007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>