More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1354 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_1354  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 660 aa  1353    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0575606  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2673  type III restriction protein res subunit  46.61 
 
 		 665 aa  593  1e-168  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.142011  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0944  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  28.86 
 
 		 502 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.219014 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1936  type III restriction protein res subunit  27.48 
 
 		 551 aa  81.3  0.00000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0298009  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  31.58 
 
 		 444 aa  67  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_1703  nucleolar DEAD-box protein required for synthesis of 60S ribosomal subunits  33.33 
 
 		 672 aa  67  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1743  DNA repair helicase RAD25  25.86 
 
 		 531 aa  66.6  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.763617 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  21.99 
 
 		 1051 aa  66.2  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1686  type III restriction enzyme, res subunit  22.59 
 
 		 698 aa  65.9  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.025526  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2099  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  26.87 
 
 		 427 aa  65.9  0.000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2871  cold-shock dead-box protein A  31.93 
 
 		 673 aa  65.1  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.975529  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 		 905 aa  65.1  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.68416 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  25.5 
 
 		 590 aa  64.7  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1762  type III restriction enzyme, res subunit  28.68 
 
 		 451 aa  63.9  0.000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  23.98 
 
 		 466 aa  63.2  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2005  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.46 
 
 		 589 aa  63.2  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.343146 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3185  type III restriction protein res subunit  23.68 
 
 		 466 aa  63.5  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00158  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.64 
 
 		 690 aa  62.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  29.2 
 
 		 696 aa  62.8  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2052  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 489 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  27.1 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1733  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.17 
 
 		 712 aa  62.8  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.555065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  23.6 
 
 		 1033 aa  62.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4437  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  25.06 
 
 		 951 aa  62.4  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.118841 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.83 
 
 		 460 aa  62  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2026  type III restriction protein res subunit  24.64 
 
 		 489 aa  62  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1307  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.25 
 
 		 657 aa  61.6  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.398232  normal  0.396333 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1492  helicase domain protein  26.15 
 
 		 969 aa  61.6  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4175  type III restriction protein res subunit  24.74 
 
 		 479 aa  61.6  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.776953  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2928  DEAD/DEAH box helicase domain protein  24.21 
 
 		 545 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0079  type III restriction protein res subunit  23.65 
 
 		 499 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288486 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  23.74 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1910  type III restriction enzyme, res subunit  22.33 
 
 		 1043 aa  61.2  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1769  type III restriction enzyme, res subunit  24.23 
 
 		 464 aa  60.8  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  32.58 
 
 		 952 aa  60.8  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0659  type III restriction protein res subunit  24.46 
 
 		 531 aa  60.8  0.00000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0951  Type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.12396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.5 
 
 		 447 aa  60.8  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1618  DEAD/DEAH box helicase-like  23.35 
 
 		 447 aa  60.8  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01670  conserved hypothetical protein  28.72 
 
 		 1528 aa  60.5  0.00000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17070  DNA/RNA helicase, superfamily II  23.04 
 
 		 1031 aa  60.1  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1893  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.59 
 
 		 581 aa  60.1  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0980839  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2641  helicase-like protein  31.19 
 
 		 831 aa  60.1  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.619117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.7 
 
 		 451 aa  60.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0067  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.97 
 
 		 626 aa  59.7  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.62 
 
 		 465 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0329  ATP-dependent DNA helicase RecG  22.79 
 
 		 691 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0231565 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2162  helicase-like protein  26.63 
 
 		 1065 aa  59.3  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1942  type III restriction enzyme, res subunit  23.9 
 
 		 469 aa  59.3  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.823738  normal  0.0282791 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18210  DNA/RNA helicase, superfamily II  28.8 
 
 		 614 aa  59.3  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.461192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0346  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.6 
 
 		 696 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5219  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.56 
 
 		 692 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.220014  normal  0.443316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4592  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.74 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000346665 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2113  ATP-dependent helicase  23.7 
 
 		 873 aa  58.9  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.706735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0179  DEAD/DEAH box helicase  33.65 
 
 		 679 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.970165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  32.29 
 
 		 949 aa  58.9  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3218  DEAD/DEAH box helicase-like  33.65 
 
 		 691 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0450  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.36 
 
 		 696 aa  58.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1123  helicase domain protein  29.33 
 
 		 966 aa  58.5  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0214668  normal  0.0288722 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0299  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.06 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000265949  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2015  type III restriction protein res subunit  24.13 
 
 		 488 aa  58.2  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0063  Type III restriction enzyme, res subunit  31.82 
 
 		 962 aa  58.2  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4213  ATP-dependent DNA helicase RecG  22.84 
 
 		 693 aa  58.2  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0640  helicase-like  32.8 
 
 		 972 aa  58.2  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.060382 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0603  DEAD/DEAH box helicase-like protein  26.97 
 
 		 591 aa  58.2  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.365924 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_40593  Dead-Box Protein 8, ATP-dependent helicase involved in rRNA processing  33 
 
 		 445 aa  58.2  0.0000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  28.12 
 
 		 453 aa  58.2  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2843  type III restriction protein res subunit  22.84 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.109265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  29.6 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0066  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.27 
 
 		 414 aa  57.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1709  type III restriction protein res subunit  24.34 
 
 		 494 aa  57.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.17082  normal  0.0133576 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.6 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57234  ATP-dependent rRNA helicase RRP3  29.59 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0347564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.6 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  28.45 
 
 		 552 aa  57.8  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.6 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.52 
 
 		 581 aa  57.4  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5310  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.31 
 
 		 692 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0017  helicase/SNF2 family domain protein  25.33 
 
 		 801 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1826  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.27 
 
 		 659 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00351087 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0353  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.57 
 
 		 691 aa  57.4  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_19237  predicted protein  31.25 
 
 		 710 aa  57.4  0.0000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.554541  normal  0.150728 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0542  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.98 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.337517  normal  0.833057 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2116  ATP-dependent helicase  34.31 
 
 		 914 aa  57.4  0.0000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200911  normal  0.796736 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2023  DEAD/DEAH box helicase domain protein  27.27 
 
 		 651 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995582  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  30.83 
 
 		 449 aa  57  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  27.35 
 
 		 589 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  27.35 
 
 		 589 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02650  conserved hypothetical protein  30.77 
 
 		 808 aa  56.6  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4397  ATP-dependent DNA helicase RecG  21.77 
 
 		 691 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.338064 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0344  ATP-dependent DNA helicase RecG  24.36 
 
 		 696 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3507  ATP-dependent DNA helicase RecG  23.16 
 
 		 691 aa  57  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1574  DEAD/DEAH box helicase-like  27.37 
 
 		 706 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.6 
 
 		 427 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  34.38 
 
 		 953 aa  57  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  32.03 
 
 		 848 aa  56.6  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0900  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.93 
 
 		 787 aa  57  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00172468  normal  0.0499652 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4496  ATP-dependent DNA helicase RecG  22.64 
 
 		 693 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4366  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.69 
 
 		 687 aa  57  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  34.38 
 
 		 953 aa  57  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>