More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_40593 on replicon NC_009042
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009042  PICST_40593  Dead-Box Protein 8, ATP-dependent helicase involved in rRNA processing  100 
 
 
445 aa  907    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04903  ATP-dependent RNA helicase dbp8 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B3H7]  51.86 
 
 
525 aa  449  1e-125  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.893043  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01540  conserved hypothetical protein  42.73 
 
 
619 aa  359  6e-98  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119572  Ddx49-related DEAD box helicase superfamily II protein  44.03 
 
 
417 aa  322  9.999999999999999e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.708695  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04233  ATP-dependent rRNA helicase rrp3 (EC 3.6.1.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B5E7]  41.47 
 
 
465 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.078552  normal  0.363381 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02850  ATP-dependent RNA helicase, putative  42.75 
 
 
484 aa  300  3e-80  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26724  predicted protein  42.71 
 
 
466 aa  291  2e-77  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.593125  normal  0.152821 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_28984  predicted protein  39.36 
 
 
433 aa  277  3e-73  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57234  ATP-dependent rRNA helicase RRP3  42.82 
 
 
396 aa  270  4e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0347564  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2985  DEAD/DEAH box helicase  40 
 
 
516 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0305282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2463  DEAD/DEAH box helicase-like  40.21 
 
 
500 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.710449  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2833  DEAD/DEAH box helicase-like  39.84 
 
 
503 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.900807  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2755  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.03 
 
 
472 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0813357  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4470  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.19 
 
 
564 aa  247  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.230893 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2292  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.46 
 
 
482 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.229861  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3974  putative ATP-dependent RNA helicase  38.96 
 
 
478 aa  245  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.522913  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4464  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.84 
 
 
501 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.59 
 
 
486 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0203924  hitchhiker  0.000949009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  39.2 
 
 
506 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.58 
 
 
559 aa  244  3e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1657  DEAD/DEAH box helicase  38.56 
 
 
483 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0121598  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1324  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.56 
 
 
498 aa  242  7e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.695587  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0418  DEAD/DEAH box helicase-like  38.98 
 
 
579 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  39.22 
 
 
492 aa  242  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1773  DEAD/DEAH box helicase-like  38.34 
 
 
477 aa  242  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.66 
 
 
487 aa  242  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1913  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.56 
 
 
505 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.857916 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0206  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.55 
 
 
466 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00471201  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2120  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.98 
 
 
521 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308058  decreased coverage  0.00839171 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0037  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.58 
 
 
460 aa  240  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3981  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.41 
 
 
557 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.124844  normal  0.0163927 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3967  DEAD/DEAH box helicase-like protein  36.41 
 
 
557 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4041  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.41 
 
 
557 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.82 
 
 
489 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2249  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.69 
 
 
498 aa  239  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1087  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.9 
 
 
467 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3878  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
486 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.3 
 
 
504 aa  237  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0999  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.02 
 
 
527 aa  236  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.431733  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0106  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.61 
 
 
484 aa  236  7e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.4 
 
 
484 aa  236  7e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4333  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.69 
 
 
482 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.341636 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2321  DEAD/DEAH box helicase-like  38.58 
 
 
487 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0225  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.53 
 
 
538 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1916  hypothetical protein  36.53 
 
 
575 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1259  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.79 
 
 
608 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  38.08 
 
 
506 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4353  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.76 
 
 
519 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.807247 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3984  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.76 
 
 
519 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.950119 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03693  ATP-dependent RNA helicase  37.01 
 
 
589 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.41 
 
 
494 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000813647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1478  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.76 
 
 
499 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0142934  hitchhiker  0.00960181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1643  superfamily II DNA/RNA helicase  35.96 
 
 
521 aa  234  2.0000000000000002e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000605464  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.4 
 
 
484 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0938  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.98 
 
 
482 aa  234  3e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.556655  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3342  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.96 
 
 
607 aa  234  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000502308  normal  0.0262189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3323  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.32 
 
 
465 aa  234  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.469232  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5063  DEAD/DEAH box helicase  34.02 
 
 
529 aa  234  3e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0933  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  37.98 
 
 
482 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0631  putative ATP-dependent RNA helicase 2  38.02 
 
 
494 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.640854  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.56 
 
 
591 aa  233  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0234  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.5 
 
 
511 aa  233  6e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.22 
 
 
504 aa  233  8.000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0233  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.76 
 
 
528 aa  232  9e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.714358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0219  DEAD/DEAH box helicase  33.76 
 
 
528 aa  232  9e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  33.76 
 
 
528 aa  232  9e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0247  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.76 
 
 
528 aa  232  9e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0704  ATP-dependent RNA helicase  37.47 
 
 
601 aa  232  9e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0267  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  33.76 
 
 
525 aa  232  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0221  DEAD/DEAH box helicase  33.76 
 
 
528 aa  232  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.983114  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0262  DEAD/DEAH box helicase  33.76 
 
 
533 aa  232  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0281  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  33.76 
 
 
525 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0722  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.32 
 
 
607 aa  232  1e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.017054  normal  0.720031 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2294  hypothetical protein  35.04 
 
 
589 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2267  hypothetical protein  35.04 
 
 
589 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0902  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.65 
 
 
474 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.282889  normal  0.164162 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_1703  nucleolar DEAD-box protein required for synthesis of 60S ribosomal subunits  34.99 
 
 
672 aa  230  3e-59  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.15 
 
 
540 aa  231  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.45 
 
 
462 aa  230  4e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.166251  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1112  DEAD/DEAH box helicase-like  35 
 
 
593 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.446454  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1051  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.24 
 
 
458 aa  230  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0480198  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0265  superfamily II DNA/RNA helicase  35.93 
 
 
485 aa  230  4e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  36.92 
 
 
422 aa  230  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11279  cold-shock deaD-box protein A deaD (ATP-dependent RNA helicase)  34.74 
 
 
563 aa  229  5e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1252  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.6 
 
 
479 aa  229  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.225431  normal  0.30978 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9893  predicted protein  37.55 
 
 
455 aa  229  6e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  34.95 
 
 
510 aa  229  6e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0924  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35 
 
 
599 aa  229  8e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1236  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.05 
 
 
408 aa  229  1e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  37.15 
 
 
540 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2431  ATP-dependent RNA helicase  38.8 
 
 
516 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1305  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.03 
 
 
602 aa  227  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4759  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.08 
 
 
537 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346691 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0304  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.79 
 
 
542 aa  227  3e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0042601  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1118  helicase, C-terminal:DbpA, RNA-binding:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  37.03 
 
 
606 aa  227  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.892999  normal  0.51461 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.34 
 
 
473 aa  227  3e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.31 
 
 
565 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1897  ATP-dependent RNA helicase  38.95 
 
 
530 aa  227  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.69 
 
 
479 aa  227  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1397  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.54 
 
 
533 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.796672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>