More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0066 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0066  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
414 aa  844    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0542  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.44 
 
 
411 aa  555  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.337517  normal  0.833057 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1819  ATP-dependent RNA helicase protein  64.43 
 
 
413 aa  542  1e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.832853  normal  0.103099 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.42 
 
 
578 aa  350  3e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.42 
 
 
577 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.56 
 
 
581 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.74 
 
 
415 aa  341  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.74 
 
 
383 aa  340  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  43.88 
 
 
574 aa  340  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.53 
 
 
423 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44.09 
 
 
496 aa  339  4e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.05 
 
 
599 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0954  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.44 
 
 
453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.756474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.48 
 
 
550 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.78 
 
 
571 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.75 
 
 
526 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.75 
 
 
525 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.75 
 
 
515 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.18 
 
 
471 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048644  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.75 
 
 
525 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.15 
 
 
418 aa  335  9e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.15 
 
 
418 aa  335  9e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.77 
 
 
601 aa  334  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.61 
 
 
456 aa  333  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.74 
 
 
506 aa  332  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.53 
 
 
560 aa  333  5e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  44.91 
 
 
462 aa  332  8e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.11 
 
 
437 aa  331  2e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.53 
 
 
565 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  42.28 
 
 
463 aa  330  2e-89  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2618  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.44 
 
 
439 aa  330  3e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000143919  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.69 
 
 
514 aa  330  3e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.98 
 
 
491 aa  330  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.41 
 
 
494 aa  329  6e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.24 
 
 
418 aa  328  8e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  42.78 
 
 
540 aa  328  8e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  43.84 
 
 
535 aa  328  9e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.8 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.24 
 
 
598 aa  328  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.8 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.8 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.8 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.73 
 
 
480 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.72 
 
 
479 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.72 
 
 
455 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.43 
 
 
549 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.72 
 
 
480 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.8 
 
 
453 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  45.72 
 
 
454 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.48 
 
 
485 aa  327  2.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.13 
 
 
418 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.72 
 
 
454 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.63 
 
 
485 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  327  3e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  43.63 
 
 
485 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.63 
 
 
485 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  43.51 
 
 
418 aa  327  3e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.64 
 
 
497 aa  327  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.84 
 
 
578 aa  327  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  44.44 
 
 
484 aa  326  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  44 
 
 
540 aa  326  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.84 
 
 
549 aa  326  5e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.51 
 
 
482 aa  326  6e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
454 aa  325  7e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
486 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  44.44 
 
 
486 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.97 
 
 
492 aa  325  8.000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
486 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.41 
 
 
455 aa  324  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.67 
 
 
418 aa  323  2e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  44.82 
 
 
579 aa  324  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.24 
 
 
418 aa  324  2e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.41 
 
 
477 aa  324  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.87 
 
 
513 aa  322  7e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  43.28 
 
 
477 aa  322  8e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  42.18 
 
 
446 aa  322  9.000000000000001e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  43.28 
 
 
488 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.01 
 
 
515 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.01 
 
 
515 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.38 
 
 
473 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.12 
 
 
448 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.36 
 
 
477 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1595  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.43 
 
 
428 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000842121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.09 
 
 
476 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  41.49 
 
 
424 aa  320  3e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.44 
 
 
511 aa  319  5e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1632  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.11 
 
 
447 aa  319  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000930018  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.69 
 
 
443 aa  319  5e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0914  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.91 
 
 
447 aa  319  6e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131359  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  39.45 
 
 
629 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.94 
 
 
451 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  42.74 
 
 
639 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  43.24 
 
 
426 aa  318  1e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  46.07 
 
 
543 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>