120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0024 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_0024    100 
 
 		 462 bp  916    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  92 
 
 		 1764 bp  67.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  86.76 
 
 		 1713 bp  63.9  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  95 
 
 		 1068 bp  63.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2189  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  85.33 
 
 		 2190 bp  61.9  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  88.14 
 
 		 3735 bp  61.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  91.3 
 
 		 2169 bp  60  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  97.06 
 
 		 1989 bp  60  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.89 
 
 		 2853 bp  60  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0192  diguanylate cyclase  90 
 
 		 1389 bp  60  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  89.58 
 
 		 1593 bp  56  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  85.94 
 
 		 1458 bp  56  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  94.44 
 
 		 1230 bp  56  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  85.29 
 
 		 3444 bp  56  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4472  diguanylate cyclase  96.88 
 
 		 1131 bp  56  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.87848 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  96.88 
 
 		 1953 bp  56  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  87.5 
 
 		 957 bp  56  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2078  sensory box protein  89.36 
 
 		 2403 bp  54  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  89.36 
 
 		 2403 bp  54  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2338  sensory box protein  89.36 
 
 		 2403 bp  54  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0368  diguanylate cyclase  88.24 
 
 		 4023 bp  54  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0370806  normal  0.0163356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3126  diguanylate cyclase  92.31 
 
 		 1026 bp  54  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45065  normal  0.164882 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  92.31 
 
 		 951 bp  54  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  89.36 
 
 		 2619 bp  54  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  89.36 
 
 		 2619 bp  54  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3252  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  89.36 
 
 		 2619 bp  54  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  96.77 
 
 		 786 bp  54  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  89.36 
 
 		 2619 bp  54  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2370  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  89.36 
 
 		 2619 bp  54  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5498  diguanylate cyclase  88.24 
 
 		 1116 bp  54  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.260434  normal  0.0817101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3968  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  86.44 
 
 		 2664 bp  54  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.552435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1934  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.31 
 
 		 2079 bp  54  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0947  diguanylate cyclase  90.7 
 
 		 2145 bp  54  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.903588  normal  0.0137275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.24 
 
 		 1710 bp  54  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.24 
 
 		 2583 bp  54  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.24 
 
 		 1725 bp  54  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  90.7 
 
 		 933 bp  54  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0415    92.31 
 
 		 708 bp  54  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.604077  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  89.13 
 
 		 1632 bp  52  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.12 
 
 		 2193 bp  52  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  88 
 
 		 1314 bp  52  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  94.12 
 
 		 1692 bp  52  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  88 
 
 		 1632 bp  52  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  96.67 
 
 		 2277 bp  52  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2936  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  87.04 
 
 		 1686 bp  52  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  92.11 
 
 		 1374 bp  52  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  94.12 
 
 		 885 bp  52  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  94.12 
 
 		 1299 bp  52  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  88 
 
 		 2199 bp  52  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  88 
 
 		 3042 bp  52  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0910  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.48 
 
 		 2145 bp  52  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  92.11 
 
 		 1374 bp  52  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0498  diguanylate cyclase  90.48 
 
 		 1233 bp  52  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.195529  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  89.13 
 
 		 948 bp  52  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  85.96 
 
 		 3744 bp  50.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4347  GGDEF domain-containing protein  96.55 
 
 		 2877 bp  50.1  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3549  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  96.55 
 
 		 2883 bp  50.1  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.708242  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  93.94 
 
 		 1152 bp  50.1  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4292  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.94 
 
 		 2319 bp  50.1  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.832066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3314  hypothetical protein  84.06 
 
 		 1980 bp  50.1  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.164525  normal  0.326737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6880  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  96.55 
 
 		 2334 bp  50.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296113  decreased coverage  0.00757929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6947  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  96.55 
 
 		 2877 bp  50.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  85.96 
 
 		 3744 bp  50.1  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4300  diguanylate cyclase  85.96 
 
 		 1743 bp  50.1  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.630013  normal  0.078005 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  100 
 
 		 2898 bp  50.1  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  93.94 
 
 		 2043 bp  50.1  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3545  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  87.76 
 
 		 1812 bp  50.1  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6322  diguanylate cyclase with GAF sensor  87.76 
 
 		 2049 bp  50.1  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.314546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  85.25 
 
 		 2538 bp  50.1  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  86.79 
 
 		 2292 bp  50.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  87.76 
 
 		 726 bp  50.1  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  87.76 
 
 		 708 bp  50.1  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  93.94 
 
 		 1068 bp  50.1  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  93.75 
 
 		 999 bp  48.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90 
 
 		 2103 bp  48.1  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  90 
 
 		 2055 bp  48.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  88.64 
 
 		 1095 bp  48.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0914  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.75 
 
 		 1971 bp  48.1  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0360964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  90 
 
 		 1680 bp  48.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4011    93.75 
 
 		 2650 bp  48.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0666458  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1453  diguanylate cyclase  93.75 
 
 		 1116 bp  48.1  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  87.5 
 
 		 1917 bp  48.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.75 
 
 		 2229 bp  48.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0534462  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  93.75 
 
 		 2637 bp  48.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  84.38 
 
 		 2667 bp  48.1  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  85 
 
 		 2196 bp  48.1  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.166463 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  93.75 
 
 		 2649 bp  48.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6436  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  87.5 
 
 		 4245 bp  48.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.013222 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  93.75 
 
 		 2649 bp  48.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90 
 
 		 2064 bp  48.1  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6470  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  85.71 
 
 		 1755 bp  48.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.527259 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  85.71 
 
 		 2085 bp  48.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  93.75 
 
 		 2649 bp  48.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4708  diguanylate cyclase  85 
 
 		 720 bp  48.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  100 
 
 		 2295 bp  46.1  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  86.27 
 
 		 2439 bp  46.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  89.74 
 
 		 1137 bp  46.1  0.009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.55 
 
 		 936 bp  46.1  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  91.43 
 
 		 1068 bp  46.1  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  84.75 
 
 		 2568 bp  46.1  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>