262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4047 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



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Alignment on homolog gene

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4047  Deoxyribodipyrimidine photolyase-like  100 
 
 
371 aa  723    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00445605  normal  0.106433 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1589  DNA photolyase FAD-binding  37.39 
 
 
271 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0245  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.68 
 
 
298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.51093  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0011  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  35.84 
 
 
270 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.161683  normal  0.149093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  36.28 
 
 
270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0940  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  31.11 
 
 
278 aa  109  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.798898  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0218  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  31.86 
 
 
303 aa  104  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1867  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  32.53 
 
 
293 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.107933  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  32.84 
 
 
420 aa  84  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3370  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  29.73 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.75 
 
 
480 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.55 
 
 
477 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.57 
 
 
475 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.57 
 
 
475 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.2 
 
 
479 aa  77  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1458  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  24.89 
 
 
384 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.89887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.85 
 
 
481 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15221  DNA photolyase-like protein  26.47 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.408051  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  33.53 
 
 
468 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.71 
 
 
477 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.58 
 
 
480 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.76 
 
 
477 aa  72.8  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.34 
 
 
454 aa  72.8  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.34 
 
 
453 aa  72.4  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15471  DNA photolyase-like protein  25.74 
 
 
382 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.111669  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15621  DNA photolyase-like protein  25.74 
 
 
384 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.299984  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.95 
 
 
482 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.32 
 
 
482 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.3 
 
 
463 aa  70.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.82 
 
 
500 aa  70.9  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.5 
 
 
481 aa  70.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.11 
 
 
488 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.05 
 
 
505 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.19 
 
 
470 aa  70.1  0.00000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.94 
 
 
497 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.18 
 
 
452 aa  69.3  0.00000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.53 
 
 
518 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.94 
 
 
492 aa  68.9  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.9 
 
 
493 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.74 
 
 
493 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.67 
 
 
493 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  30.53 
 
 
472 aa  68.6  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2809  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  30.89 
 
 
403 aa  68.2  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29652  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.02 
 
 
499 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.51 
 
 
487 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.86 
 
 
519 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.02 
 
 
505 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.86 
 
 
519 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.29 
 
 
472 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  23.04 
 
 
478 aa  67  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.93 
 
 
486 aa  66.6  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.61 
 
 
469 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  35.59 
 
 
473 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.59 
 
 
472 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  35.59 
 
 
456 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.99 
 
 
525 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.55 
 
 
475 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.59 
 
 
472 aa  66.6  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.59 
 
 
472 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.29 
 
 
472 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.3 
 
 
487 aa  66.2  0.0000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.92 
 
 
473 aa  66.2  0.0000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.3 
 
 
487 aa  66.2  0.0000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.29 
 
 
472 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0728  putative DNA photolyase  26.7 
 
 
371 aa  66.2  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.947552  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.3 
 
 
487 aa  66.2  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15661  DNA photolyase-like protein  26.7 
 
 
371 aa  66.2  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.652082 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0288  DNA photolyase FAD-binding  31.68 
 
 
465 aa  66.2  0.0000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.155544  normal  0.119697 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.82 
 
 
469 aa  66.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.05 
 
 
470 aa  65.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.5 
 
 
499 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  23.53 
 
 
478 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.85 
 
 
487 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.27 
 
 
477 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.41 
 
 
483 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.35 
 
 
471 aa  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.41 
 
 
500 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1588  hypothetical protein  38.06 
 
 
157 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.46 
 
 
483 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.02 
 
 
486 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.01 
 
 
454 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.27 
 
 
481 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.27 
 
 
481 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.21 
 
 
470 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.29 
 
 
483 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.98 
 
 
451 aa  64.3  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.31 
 
 
500 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.1 
 
 
512 aa  64.3  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.02 
 
 
478 aa  63.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.57 
 
 
475 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.86 
 
 
519 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.58 
 
 
478 aa  63.5  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.86 
 
 
468 aa  63.5  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.7 
 
 
493 aa  63.5  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.46 
 
 
487 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
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NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.65 
 
 
482 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.18 
 
 
499 aa  63.5  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
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NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.31 
 
 
475 aa  63.2  0.000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
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NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.92 
 
 
497 aa  63.2  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.93 
 
 
483 aa  62.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
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