274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3370 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3370  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  100 
 
 		 410 aa  833    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
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NC_007802  Jann_2809  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  47.39 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.29652  normal  1 
 
 
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NC_009952  Dshi_1389  putative deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.61 
 
 		 405 aa  294  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.359515  normal  1 
 
 
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NC_009484  Acry_0617  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  47.28 
 
 		 396 aa  271  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.07426  n/a   
 
 
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NC_009091  P9301_15471  DNA photolyase-like protein  34.88 
 
 		 382 aa  239  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.111669  n/a   
 
 
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NC_008816  A9601_15621  DNA photolyase-like protein  34.54 
 
 		 384 aa  236  7e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.299984  n/a   
 
 
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NC_008817  P9515_15221  DNA photolyase-like protein  36.05 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.408051  n/a   
 
 
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NC_007577  PMT9312_1458  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  34.83 
 
 		 384 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.89887  n/a   
 
 
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NC_008819  NATL1_15661  DNA photolyase-like protein  31.93 
 
 		 371 aa  199  6e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.652082 
 
 
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NC_007335  PMN2A_0728  putative DNA photolyase  31.05 
 
 		 371 aa  193  5e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.947552  n/a   
 
 
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NC_009523  RoseRS_0011  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  41.67 
 
 		 270 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.161683  normal  0.149093 
 
 
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NC_011831  Cagg_1589  DNA photolyase FAD-binding  40.89 
 
 		 271 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009767  Rcas_4249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  41.94 
 
 		 270 aa  126  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007604  Synpcc7942_1867  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  36.94 
 
 		 293 aa  121  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.107933  normal  1 
 
 
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NC_007516  Syncc9605_0218  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  39.9 
 
 		 303 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007513  Syncc9902_0245  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.88 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.51093  n/a   
 
 
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NC_010524  Lcho_1249  deoxyribodipyrimidine photolyase-like protein  39.05 
 
 		 420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
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NC_007413  Ava_0940  deoxyribodipyrimidine photo-lyase family protein  35 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.798898  normal  1 
 
 
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NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.72 
 
 		 454 aa  93.2  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 		 480 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.37 
 
 		 482 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.29 
 
 		 477 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.39 
 
 		 497 aa  90.9  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 		 480 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.83 
 
 		 475 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.69 
 
 		 453 aa  88.6  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.87 
 
 		 479 aa  88.6  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
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NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.39 
 
 		 481 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
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NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.38 
 
 		 477 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.78 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.77 
 
 		 519 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
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NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.77 
 
 		 519 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.77 
 
 		 442 aa  85.1  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.9 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.9 
 
 		 488 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
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NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.61 
 
 		 469 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014210  Ndas_4333  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.42 
 
 		 435 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.652268 
 
 
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NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.38 
 
 		 475 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
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NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.47 
 
 		 456 aa  84.3  0.000000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.72 
 
 		 473 aa  84  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
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NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.8 
 
 		 459 aa  83.6  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.940834 
 
 
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NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.77 
 
 		 500 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.32 
 
 		 493 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.33 
 
 		 479 aa  83.2  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.65 
 
 		 493 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.32 
 
 		 493 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  29.36 
 
 		 468 aa  82.8  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.77 
 
 		 519 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.51 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.84 
 
 		 478 aa  82  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
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NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.36 
 
 		 487 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
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NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.53 
 
 		 421 aa  81.6  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.33 
 
 		 481 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.71 
 
 		 449 aa  80.9  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
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NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 		 486 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
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NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.59 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.1 
 
 		 473 aa  80.9  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_4047  Deoxyribodipyrimidine photolyase-like  29.73 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00445605  normal  0.106433 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 		 505 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.61 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.61 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.84 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.61 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.16 
 
 		 463 aa  80.5  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.92 
 
 		 493 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.92 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.96 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 		 499 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.27 
 
 		 512 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.75 
 
 		 476 aa  80.1  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
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NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.29 
 
 		 476 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
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NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.85 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.1 
 
 		 470 aa  79.7  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.47 
 
 		 487 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.09 
 
 		 490 aa  79.3  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.53 
 
 		 473 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  27.44 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.51 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.71 
 
 		 476 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.83 
 
 		 451 aa  78.6  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 		 473 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.568717 
 
 
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NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.16 
 
 		 500 aa  78.2  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
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NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 		 473 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.65 
 
 		 476 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.86 
 
 		 425 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.29 
 
 		 476 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 		 473 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
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NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.73 
 
 		 477 aa  78.2  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
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NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.44 
 
 		 474 aa  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
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NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.45 
 
 		 481 aa  77  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.49 
 
 		 476 aa  77  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.94 
 
 		 518 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.28 
 
 		 499 aa  77  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.941968 
 
 
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NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.49 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.49 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.49 
 
 		 469 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  28.49 
 
 		 476 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.44 
 
 		 487 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.44 
 
 		 487 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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