119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1186 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1186  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 		 549 aa  1092    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00000707508  normal  0.0119021 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 581 aa  257  4e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.566112  normal  0.522751 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21280  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.48 
 
 		 553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00165363  normal  0.165468 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3156  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.03 
 
 		 510 aa  231  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000974062  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1440  hypothetical protein  36.7 
 
 		 549 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2288  DNA-repair protein  33.86 
 
 		 562 aa  223  6e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1747  hypothetical protein  31.79 
 
 		 536 aa  217  5e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  31.65 
 
 		 527 aa  216  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3467  DNA-repair protein  31.59 
 
 		 528 aa  211  4e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  normal  0.0126488 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1523  hypothetical protein  32.85 
 
 		 522 aa  210  5e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1175  hypothetical protein  33.03 
 
 		 532 aa  204  4e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.24995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1192  hypothetical protein  33.03 
 
 		 529 aa  203  7e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1202  hypothetical protein  33.03 
 
 		 529 aa  203  7e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.344019  normal  0.0467691 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3240  hypothetical protein  31.59 
 
 		 524 aa  202  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.488053  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15750  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.36 
 
 		 589 aa  201  3.9999999999999996e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0334276  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4898  hypothetical protein  33.33 
 
 		 531 aa  196  1e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.834206  normal  0.0834013 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  31.89 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0994  hypothetical protein  32.18 
 
 		 527 aa  182  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1896  putative DNA-directed DNA polymerase  28.39 
 
 		 520 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.582074  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2945  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  29.27 
 
 		 505 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000000598538  decreased coverage  0.00000434939 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5241  hypothetical protein  30.3 
 
 		 535 aa  161  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0112063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  27.9 
 
 		 501 aa  64.7  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  26.04 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  25.12 
 
 		 462 aa  60.1  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  23.71 
 
 		 371 aa  59.3  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  25.45 
 
 		 358 aa  58.5  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  23.94 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  23.6 
 
 		 414 aa  58.2  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  24.91 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  22.14 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  28.15 
 
 		 507 aa  57.8  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  25.75 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  20.49 
 
 		 417 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  23.25 
 
 		 408 aa  55.8  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  25.93 
 
 		 364 aa  55.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  22.86 
 
 		 449 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  26.22 
 
 		 368 aa  55.5  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  22.96 
 
 		 369 aa  55.5  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 430 aa  54.7  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  24.11 
 
 		 431 aa  55.1  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  22.86 
 
 		 417 aa  55.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  23.61 
 
 		 403 aa  54.7  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  24.1 
 
 		 437 aa  53.9  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  26.86 
 
 		 380 aa  53.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  24.7 
 
 		 358 aa  53.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  20.86 
 
 		 423 aa  52.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  23.53 
 
 		 432 aa  52.4  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  21.23 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  23.53 
 
 		 375 aa  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  24.07 
 
 		 349 aa  52.8  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  25.08 
 
 		 381 aa  52.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  24.21 
 
 		 416 aa  52.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  24.81 
 
 		 399 aa  52  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  28.45 
 
 		 407 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  26.49 
 
 		 507 aa  51.6  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  24.82 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  23.57 
 
 		 359 aa  50.8  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  23.33 
 
 		 385 aa  50.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  25 
 
 		 436 aa  50.4  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  24.07 
 
 		 359 aa  50.4  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  21.36 
 
 		 428 aa  50.4  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  25 
 
 		 355 aa  50.4  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  27.63 
 
 		 373 aa  50.4  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  21.58 
 
 		 393 aa  49.7  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  22.78 
 
 		 352 aa  49.7  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4251  hypothetical protein  30.73 
 
 		 395 aa  49.3  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.380401 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  23.66 
 
 		 365 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  24.73 
 
 		 483 aa  48.5  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  23.15 
 
 		 425 aa  48.5  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  22.14 
 
 		 417 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  26.92 
 
 		 522 aa  48.5  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  23.67 
 
 		 378 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  23.67 
 
 		 378 aa  48.5  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  19.66 
 
 		 357 aa  48.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  22.8 
 
 		 379 aa  47.8  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  23.65 
 
 		 359 aa  47.8  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  23.72 
 
 		 352 aa  47.8  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  25.13 
 
 		 407 aa  47.4  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  27.24 
 
 		 529 aa  47.8  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  21.88 
 
 		 363 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  24.78 
 
 		 354 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  24.51 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  25.57 
 
 		 399 aa  47  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  22.9 
 
 		 417 aa  46.6  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  25.76 
 
 		 358 aa  47  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  24.07 
 
 		 357 aa  46.2  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  22.4 
 
 		 383 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  22.4 
 
 		 361 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  25.76 
 
 		 358 aa  45.8  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  25.52 
 
 		 418 aa  45.8  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  26.38 
 
 		 360 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  22.4 
 
 		 408 aa  46.2  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  23.91 
 
 		 384 aa  46.2  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  22.75 
 
 		 408 aa  45.8  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  24.71 
 
 		 472 aa  46.2  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  24.34 
 
 		 353 aa  45.4  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  25.33 
 
 		 358 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  25.33 
 
 		 358 aa  45.4  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 834 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  23.67 
 
 		 396 aa  45.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>